瘋癲文明
《瘋癲與文明》(Histoire de la folie à l'âge classique - Folie et deraison)是1961年出版的，它是福柯的第一部重要的書，是他在瑞典教法語時寫的。它討論了歷史上瘋狂這個概念是如何發展的。
福柯的分析始於中世紀，他描寫了當時人們如何將麻風病人關起來。從這裏開始他探討了15世紀愚人船的思想和17世紀法國對監禁的突然興趣。然後他探討了瘋狂是如何被看做一種女人引起的病的，當時有人認爲女人的子宮在她們的身體周圍環繞可以引起瘋狂。後來瘋狂被看做是靈魂的疾病，最後，隨着西格蒙德·弗洛伊德瘋狂被看做是一種精神病。
福柯還用了許多時間來探討人們是怎樣對待瘋子的，從將瘋子接受爲社會秩序的一部分到將他們看做必須關閉起來的人。他也研究了人們是怎樣試圖治療瘋狂的，尤其他探討了菲利普·皮內爾和塞繆爾·圖克的例子。他斷定這些人使用的方法是殘暴和殘酷的。圖克比如對瘋子進行懲罰，一直到他們學會了來模仿普通人的作爲，實際上他是用恐嚇的方式來讓他們的行爲像普通人。與此類似的，皮內爾使用厭惡療法，包括使用冷水浴和緊身服。在福柯看來，這種療法是使用重複的暴行直到病人將審判和懲罰的形式內化了。
臨牀醫學
《臨牀醫學的誕生》(Naissance de la clinique: une archéologie du regard médical)是福柯的第二部重要的書，1963年出版。它延續了《瘋癲與文明》的討論，概括了醫學，尤其是臨牀醫學和醫院的發展。
詞與物
《詞與物》(Les Mots et les choses: une archéologie des sciences humaines)出版於1966年，它主要的論點在於每個歷史階段都有一套異於前期的知識形構規則(福柯稱之爲認識型(épistémè))，而現代知識型的特徵則是以“人”做爲研究的中心。既然“人”的概念並非先驗的存在，而是晚近知識型形塑的結果，那麼它也就會被抹去，如同海邊沙灘上的一張臉。這本書的問世使福柯成爲一位知名的法國知識分子，但也因爲“人之死”的結論而飽受批評。讓·保羅·薩特就曾基於此點批判此書爲小資產階級的最後壁壘。
這部著作力圖構建一種“人文科學考古學”，它“旨在測定在西方文化中，人的探索從何時開始，作爲知識對象的人何時出現。” 福柯使用“知識型”這一新術語指稱特定時期知識產生、運動以及表達的深層框架。通過對文藝復興以來知識型轉變流動的考察，福柯指出，在各個時期的知識型之間存在深層斷裂。此外，由於語言學具有解構流淌於所有人文學科中語言的特殊功能，因此在人文科學研究中，語言學都處於一個十分特殊的位置：透過對語言的研究，知識型從深藏之處顯現出來。
這本書“妙語連珠，深奧晦澀，充滿智慧” ，然而就是這樣一本十足的學術論着，甫經出版即成爲供不應求的暢銷書：第一版由法國最著名的伽利瑪出版社於1966年10月出版，印了3500冊，年底即告售磬，次年6月再版5000冊，7月：3000，9月：3500，11月：3500;67年3月：4000，11月：5000……，據說到80年代爲止，《詞與物》僅在法國就印刷了逾10萬冊。對這本書的評價也同樣戲劇，評論意見幾乎截然二分，不是大加稱頌，就是憤然聲討，兩造的領軍人物也個個了得：被譽爲“知識分子良心”的大哲學家薩特聲稱這本書“要建構一種新的意識形態，即資產階級所能修築的抵禦馬克思主義的最後一道堤壩”，法國共產黨的機關雜誌也連續發表批駁文章;不過更有意思的是，這一次，天主教派的知識分子們同似乎該不共戴天的共產黨人們站到了同一條戰線裏：雖然進攻的方式有所不同，但在反對這一點上，兩派倒是心有期期。但福柯這一方的陣容也毫不遜色：喬治·岡圭朗(Georges Canguilhem)拍案而起，他於1967年發表長文痛斥“薩特一夥”對《詞與物》的指責，並指出爭論的焦點其實並不在於意識形態，而在於福柯所開創的是一條嶄新的思想系譜之路，這恰恰又是固守“人本主義”或“人道主義”的薩特等所不願意看到並樂意加以剷除的。
不管怎樣，《詞與物》爲福柯帶來了巨大聲望。不久，福柯又一次離開了法國，前往突尼斯大學就任哲學教授。福柯在突尼斯度過了1968年5月運動的風潮。這是一個“革命”的口號和行動時期遍及歐洲乃至世界的時期，突尼斯爆發了一系列學生運動，福柯投身於其中，發揮了相當的影響。此後，他的身影和名字也一再出現於法國國內一次又一次的遊行、抗議和請願書中。
知識考古學
《知識考古學》(L'Archéologie du Savoir)出版於1969年，這是福柯對方法論的討論，他寫了這部書來回答別人對《詞與物》的反應。
規訓與懲罰
《規訓與懲罰》(Surveiller et punir: naissance de la prison)出版於1975年。它討論了現代化前的公開的、殘酷的統治(比如通過死刑或酷刑)漸漸轉變爲隱藏的、心理的統治。福柯提到自從監獄被髮明以來它被看做是唯一的對犯罪行徑的解決方式。
福柯在這部書中的主要觀點是對罪犯的懲罰與犯罪是一個相互關係——兩者互爲前提條件。
福柯將現代社會比做邊沁的《全景監獄》(Panopticon)，一小批看守可以監視一大批囚犯，但他們自己卻不被看到。
傳統帝王通過凌遲罪犯、斬首示衆，以肉體的展示來宣示自身統馭的權威，這種直接曝入施力者與受力者的角色，16世紀進入古典時代，福柯以兩個歷史事件作爲典範，說明規訓手段的方式與樣貌完全不同以往。其一是鼠疫肆虐於歐洲，爲了讓發生鼠疫的地區災情不致繼續擴散，指示每戶人家關緊門戶，閉居自身住所，不可在未經許可下到公共空間溜搭，街道上只有持槍的軍人以及固定時間出來巡察、點名，透過書寫登記，記錄每個居民的存亡交付市長進行重新審覈，規訓方式從原來展示威嚇，至現代轉變成用科學知識、科層制度進行各種分配安置，顯示規訓手段的改變。
福柯無意解釋罪犯是怎麼來的，或是爲何會有犯罪的行爲等等起源或事件發生的原因等問題。他要強調某種機制存在於那邊，原本只是要將一羣擾亂社會秩序者關起來，然這件單純事情開始被關注，研究爲何這羣人這麼不同，觀察顱骨大小、小時候是否被虐待，開始產生心理學、人口學、犯罪學這些學問，爲“罪犯”這個身份附加更多的意涵，也同時加以主體化罪犯，試圖讓人正視強調這命題。再從這套認識，於監獄中透過反覆操練、檢查審覈、再操練，不只是要矯正犯人，並要犯人認清自己是個罪犯，是擁有偏差行爲的“不正常”人，所以你自己要努力矯正自己，監獄、警察都是在“幫助”你做這件事情。也就是說，這套機制中的受力者既是主體又是客體，不只告訴罪犯你必須做什麼，還會要求時時問自己這樣做對不對，並且如何爲自己的這個罪犯身份，懺悔和自我審查。
性史
《性史》(Histoire de la sexualité)一共分三卷(本計劃六卷)，第一卷《求知意志》(La volonté de savoir)，也是最常被引用的那一卷，是1976年出版的，其主題是最近的兩個世紀中性在權力統治中所起的作用。針對對於弗洛伊德等提出的維多利亞時代的性壓抑，福柯提出置疑，指出性在17世紀並沒有壓抑，相反得到了激勵和支持。社會構建了各種機制去強調和引誘人們談論性。性與權力和話語緊密地結合在了一起。第二卷《快感的享用》(L'Usage des plaisirs)和第三卷《關注自我》(Le Souci de soi)是在福柯死前不久於1984年出版的。其主要內容是古希臘人和古羅馬人對性的觀念，關注一種“倫理哲學”。此外福柯還基本上寫好了一部第四卷，其內容是基督教統治時期對肉體與性的觀念和對基督教的影響，但因爲福柯特別拒絕在他死後出版任何書籍， 家人根據他的遺願至今未出版它的完整版本。
教程
除了1977年休假了一年之外，從1971年1月開始，一直到1984年6月逝世爲止，福柯在法蘭西學院進行了一週一次的教學課程。當時的講稿和錄音皆有留存，且正陸續出版中。此外，福柯在1983年曾於柏克萊加州大學以英文做了六場講課，後來以福柯說真話(FEARLESS SPEECH)的書名出版。
