嚴用和的學術思想主要反映於其著《濟生方》中，該書內容豐富，既有論，又有方，分別外感和內傷雜病，旁及外、婦、五官諸疾。但以雜病爲側重點。
重視臟腑辨證。詳究脈因證治
嚴氏以臟腑學說爲基礎，從人體生理、病理特性來分析病因病機，按照虛實寒熱各型證候，作爲立法疏方的依據。特別是“臟腑虛實論治”各篇，對辨證及治法尤多闡發，如“肝膽虛實論治”篇，先論肝膽的生理特點及病因。繼則論述肝膽寒熱虛實的病證表現及治法，他從臟腑功能出發，闡其常而識其變，對臟腑病變的發生、發展、轉歸及治法等。論述得非常精闢扼要，提綱挈領，使人一目瞭然，故後人評價嚴氏方論“微言精要，信爲司命繩墨”，比較切當。嚴氏在辨證施治過程中，還強調脈因證治的完整性，如“便血評治”篇指出：“脈來浮弱，按之帶芤者是下血也。”其病因“多因過飽，飲酒無度，房室勞損。榮衛氣虛，風冷易入，邪熱易蘊，留注大腸，則爲下血”，其證“血色鮮者風也;色如小豆汁者寒也;濁而色黯者熱也”，其治“風則散之，熱則清之，寒則溫之，虛則補之”。這種脈因證治“四者不失”的觀點，體現了中醫“辨證求因”、“審因論治”的特點。
重視生化之源，補脾兼主補腎
嚴氏很強調顧護脾胃正氣，他說;“夫人受天地之中以生，莫不以胃爲主。蓋胃受水谷，脾主運化，生血生氣，以充四體者也。”認爲脾胃“沖和”不可傷，傷則爲病。諄諄告誡用藥注意“不壞睥胃”。在強調脾胃的同時，嚴氏更重視腎的作用，如他論“補真丸”時說：“房勞過度，真陽衰虛，坎火不溫，不能上蒸脾土，沖和失布，中州不運。…“古人云補腎不如補脾，餘謂補脾不若補腎，腎氣若壯。丹田火經上蒸脾土，脾土溫和，中焦自治，膈開能食矣。”這是對命門腎中真火學說的繼承和發展，對明代命門學說的發展產生了一定影響。又如論“遺濁”時說;“心受病者令人遺精白濁-腎受病者亦令人遺精白濁。此皆心腎不交，關鍵不牢之故也。”這是“心腎不變”說的始見，亦體現了嚴氏重視先天之本的觀點。
氣道貴乎通順，治病善於調氣
嚴氏認爲“人之氣道貴乎順，順則津液流通”。故治雜病把調氣放在重要地位。如治療中風，指出“若內因七情而得之者，法當調氣，不當治風，外因六淫而得之者，亦先當調氣，然後依所感之氣隨正治之，此良法也”。對於痰飲·亦主張“順氣爲先，分導次之”。又如治療泄瀉。提出“七情傷感所致，兼以調氣藥，隨證主治，則不失其機要矣”。善用芳香理氣藥，如丁香、木香、沉香、檀香、砂仁等，既能通達氣機，又能醒脾悅胃，是其長處。
在辯證、制方、用藥方面的貢獻
嚴氏於辨證論治，亦有不少創見，如指出水腫須與蠱脹鑑別，“蠱脹腹滿而不腫，水腫面目四肢俱腫。治蠱以水藥，治水以蠱藥，非其治也”，治水腫主張以實脾溫腎爲主，縱陽水實證，亦宜用清平之藥，反對峻劑攻逐，如鴨頭丸治陽水，僅取葶藶之緩下，配豬苓、防己之淡滲。葶藶丸中用牽牛亦是半生半炒，以緩其性，可見他用藥之一絲不苟。又如治痢疾，嚴氏反對早用固澀斷下藥，指出：“嘆世之人初感此病，往往便用罌粟殼、石榴皮、訶子肉、豆蔻輩以止澀之，殊不知痢疾多因飲食停滯於腸胃所由致，…“必以導滌腸胃，次正根本，然後辨其風冷暑溼而爲之。”同樣對咳嗽的治療，亦力戒早投烏梅、罌粟殼之類收斂止咳藥。以免閉門留寇。另外，嚴氏還十分講究藥物炮製，如巴豆除用巴豆霜入藥處，常用他藥伴炒取其性，如治疝的金鈴子散，巴豆與川楝子同炒去巴豆用楝子;治積聚的香棱丸。與莪術同炒用莪術;卻痛散巴豆與良姜同炒用良姜，足見嚴氏用藥之精細，甚得制方之妙。
嚴氏還注重制方之法度，指出：“間有藥用羣隊，必使剛柔相濟。佐使合宜。用一剛劑，專而易效，須當用一柔劑，以制其剛，庶幾剛柔相濟，不特取效之速，亦可使之無後患也。”所以他制方往往剛柔相濟。動靜結合。陰陽相須，如歸睥湯之用木香。補而不滯，鱉甲地黃湯之用肉桂。滋而不膩，又如治療血證，不專事止血，多參以溫化祛瘀之品，或入薑汁。或入錦紋。或入蔥汁，或入乳香，使止血而無留瘀之弊。可見其制方之嚴謹。
