蘇秉琦在重建中國史前史的過程中，已經感覺到要完成這一課題的艱難程度。但是，他在重建中國史前史中吸取的經典著作的思想、明確的“文明起源”的概念，以及形成的有關中國文明起源的一些新的認識，卻拓寬了他的研究思路，爲他重建中國古史框架鋪平了道路;同時，也爲他構建中國國史框架模式，找到了理論依據。所以，1991年之後，他在重建中國史前史的同時，又考慮了重建中國古史框架，進而探索中國國史問題。
重建中國史前史、重建中國古史框架、構建中國國史框架模式，是蘇秉琦在20世紀90年代通過開展中國文明起源研究而發生的其學術研究的三步跳躍。這三次跳躍，使蘇秉琦的學術思想形成了一個完整的體系。
1.蘇秉琦對“上萬年的文明啓步”的認識過程：“上萬年的文明啓步”是蘇秉琦的古史框架中的重要內容之一，他對此認識有一個反覆的過程。
這種思想最早是在1991年8月談《文明發端玉龍故鄉——談查海遺址》時表達的，如“查海遺址出土的十多件玉器，都是真玉，說明對玉的認識鑑別已有相當高的水平，玉的加工是高級加工，使用超越了作爲工具和裝飾品，而賦予社會意義，除一件玉錛以外，塊、匕都是特殊用品，成套，而且集中出土。……查海玉器已解決了三個問題，一是對玉材的認識，二是對玉的專業化加工，三是對玉的專用。社會分工導致社會分化，所以是文明起步。”蘇秉琦在這裏是通過對玉器的出現來考察文明起步的。
這種思想早在1991年四五月間論述《關於重建中國史前史的思考》中已經萌發，則不過那時是作爲從氏族社會向國家發展的轉折證據提出的。如在該文中談“從氏族社會到國家出現的歷史”時指出：“阜新查海的玉器距今8000年左右，全是真玉(軟玉)，對玉料的鑑別已達到相當高的水平。玉器的社會功能已超越一般裝飾品，附加上社會意識，成爲統治者或上層人物‘德’的象徵。沒有社會分工生產不出玉器，沒有社會分工也不需要禮制性的玉器。因此，遼西一帶的社會分化早於中原。”
蘇秉琦主要通過對查海遺址距今8000年玉器的考察，針對玉器出現而提出的文明起步的思想，至1992年9月間論述《迎接中國考古學的新世紀》一文中明確提出“上萬年的文明啓步”概念時，根據新公佈的資料，將農業的出現作爲上萬年文明啓步的依據，此時的“上萬年的文明啓步”的思想是針對農業的出現而言的。如“農業的出現就是文明的根，文明的起源。這一起源可以追溯到一萬年前到(一萬)兩千年前。證據是河北徐水南莊頭髮現了自一萬年前至(一萬)兩千年前的連續的文化堆積，並測出了可信的連續的碳十四年代數據。在一萬年前的遺存中已顯現出石器的專業分化。這時期其他遺址(如虎頭樑)的尖狀器具備了多種安柄的形式，甚至連類似‘曲內’、‘直內’的石器也出現了。它們與後來‘勾兵’、‘刺兵’、鏟、鋤之類的金屬武器、工具應具有源流關係。說明一萬年前人們已掌握了對付自然的新型工具和新的技術，文明已經啓步。”
蘇秉琦將農業的出現、新型石工具的產生作爲“上萬年的文明啓步”的思想，在1994年1月寫《國家起源與民族文化傳統(提綱)》時，即他的學術體系最終形成之際，又作了重新闡述。如他在該文中談民族文化傳統問題時概括了三項內容，其中第二項是上萬年的文明啓步。“‘國家大事唯祀與戎’，兵器、禮器是它們的物化標誌，玉器是決不亞於青銅器的禮器。八千年前的玉器已發現多處，它們的原始應不下萬年，它們的形制，有的直接延續到商周。”蘇秉琦在此時是將玉器作爲禮器來看待，並推測玉器起源於距今萬年左右。所以，他又堅持了原來的看法，將玉器的出現作爲“上萬年的文明啓步”。
這種認識上的反覆，可能與他堅持認爲遼河流域的社會發展比海河流域的早一個節拍、海河流域又比中原地區早一個節拍的思想有關。因爲發現距今萬年以前文化遺存的河北徐水南莊頭遺址的地理位置位於海河流域。
2.蘇秉琦對“由氏族向國家進化的轉折”的認識過程
蘇秉琦對“由氏族向國家發展轉折”的認識，是在開展重建中國史前史中提出來的，並伴隨着他的學術體系的形成，對“上萬年的文明啓步”認識的變化，對其認識也有變化。
其最初的認識是在1991年四五月間論述《關於重建中國史前史的思考》一文中談從氏族社會到國家出現的歷史時提出的。如“半坡、姜寨聚落可以說已達到了氏族制度發展的頂點。
也正是在半坡、姜寨所處的時代發生了氏族社會的轉折，即由繁榮的頂點走向衰落、解體的轉折”，他還從聚落形態與埋葬制度的變化、尖底瓶應是一種祭器或禮器、彩陶無疑是社會分工的產物等角度進行了論證。
蘇秉琦的這一認識，顯然與1986年、1987年探索中華文明火花爆發形式的研究成果有關。而至1992年9月論述《迎接中國考古學的新世紀》時，明確說明距今6000年是從氏族向國家發展的轉折點。如在該文中論述20世紀五六十年代對仰韶文化研究時指出：“之所以特別看重距今6000年這個界標，因爲它是該區從氏族向國家發展的轉折點。這並不是說距今6000年前已出現了國家，而是說氏族社會發展到鼎盛，由此轉而衰落，文明因素出現，開始了文明、國家起源的新曆程。距今6000年，社會生產技術有許多突破，社會一旦出現了真正的大分工，隨着就會有大分化，人有了文、野、貴、賤之分。酉瓶和繪有動、植物紋樣的彩陶並不是日常使用的汲水罐、盛飯盆之類，而是適應專業神職人員出現的宗教上的特需、特供。再從聚落形態上看，姜寨所揭露的那個聚落平面是屬於距今6000年前的。”
蘇秉琦在此時明確提出了距今6000年是從氏族向國家發展的轉折點，而在該文中論述國家起源與發展階段三部曲時，將農業的出現、新型工具的產生作爲“上萬年的文明啓步”的前提下，又提出遼西地區從氏族向國家發展的轉折點是在距今七八千年。如他指出：“七八千年前的阜新查海和赤峯地區興隆窪的原始文化所反映的社會發展已到了由氏族向國家進化的轉折點，特別是查海、興隆窪都發現了選用真玉精製玉器，它絕非氏族成員人人可以佩戴的一般飾物。正是在這一時代，玉被賦予社會意義，被人格化了。”
蘇秉琦將遼西地區由氏族向國家發展的轉折點的時間定在距今七八千年，比中原地區的轉折點早一二千年，也是出於他堅持認爲遼河流域的社會發展比中原地區的早的思想有關。在這種思想指導下，他對遼西紅山文化後期的社會性質也就形成了新的認識。
3.蘇秉琦對紅山文化後期的社會性質認識的變化
紅山文化：牛河梁中部積石冢全景
蘇秉琦對紅山文化後期以“壇、廟、冢”等遺存爲代表的文化遺存性質的認識，自1983年7月以來，有過多次提升。其中，在1985年10月7日論述《遼西古文化古城古國》一文中認爲，它“是中國早到五千年前的、反映原始公社氏族部落制發展已達到產生基於公社又凌駕於公社之上的高一級的形式”;在1986年7月前後寫定的《談“晉文化”考古》一文中認爲，它“是燕山北側史前‘北方古文化’發展到最高水平的標誌(‘火花’)”;在1986年8月18日談《中華文明的新曙光》一文中，在1985年10月的認識基礎之上，又多了一句“這一發現把中華文明史提前了1000年”;在1986年10月5日論述《文化與文明》一文中，將它作爲一種中華文明的火花;在1991年四五月間論述《關於重建中國史前史的思考》一文中僅提到：“8000年前阜新查海玉器以及其後紅山文化‘壇、廟、冢’的發現，是遼河流域前導地位最有力的證明。”至1992年9月論述《迎接中國考古學的新世紀》一文中，圍繞他對建立中國古史框架的闡述，將紅山文化“壇、廟、冢”等遺存的文化性質確定爲早期城邦式原始國家，即古國。如他在該文中論述“古國——方國——帝國”三部曲時指出：燕山南北地帶“五六千年間的紅山文化，特別是在它的後期，社會發展上出現飛躍。證據是凌源、建平、喀左三縣交界地帶的壇、廟、冢和成批成套的玉質禮器，特別是那座直徑60米、高7～8米，頂部有冶銅坩鍋殘片的‘金字塔’，以及三縣交界處在方圓數十平方公里的範圍內只有宗教祭祀遺址而缺乏居住遺址的情況，以及赤峯小河西發現的一平方華里的‘城址’等，都表明，不論當時有無‘城圈’，社會確已進入了早期城邦式原始國家的階段”。這是蘇秉琦首次將紅山文化後期以“壇、廟、冢”等遺存爲代表的文化遺存作爲古國來認識。
蘇秉琦對紅山文化後期社會性質認識的多次提升，最初是與他提出“中華五千年文明曙光”有關，而此時則是與他建立古史框架，即國家起源與發展階段三部曲有關。
4.蘇秉琦對陶寺文化的社會發展階段的認識過程
山西襄汾陶寺文化遺存是蘇秉琦晚年學術研究的重要對象之一。對陶寺文化社會發展階段的認識，是形成他學術體系的極爲重要的一個環節。蘇秉琦晚年的許多學術活動大都是圍繞陶寺文化遺存的研究而進行的。自1979年以來，他兩次赴陶寺遺址考察，在近20篇論述中談到陶寺文化遺存問題。並伴隨着他開展中國文明起源研究、重建中國史前史和古史框架、形成學術體系的學術發展過程，他對陶寺文化社會發展階段的認識，也有一個逐漸深化、提高的過程。
陶寺遺址，在正式發掘之前就引起了蘇秉琦的關注，並在1979年春他考察陶寺遺址時，就遺址的分期、特徵等問題，向發掘者做了重要提示，認爲陶寺遺址不同一般。而他對陶寺文化遺存的正式論述，則是始於陶寺遺址第一階段發掘獲取重要成果之後的1985年3月6日，在“中國考古學會第五次年會”閉幕式講話中，提醒大家重視早於距今四千年前重要發現時談到了陶寺。後於1985年11月7日他在侯馬召開的“晉文化研究會”上談《晉文化問題》時指出：“……從陶寺起，方進入‘晉文化’正文。它是獨一無二的，是北方、中原兩大文化區文化匯合點上相互撞擊發生裂變形成的一顆新星。‘磬和鼓’的組合不是一般民樂器類，它們是擺在廳堂或更隆重場所，作爲禮儀性質的設施，其他如朱繪龍紋盤、成套朱黑漆木器、刀俎等都如此。它們是社會發展到較高階段，文化發展到較高水平的產物。它們是中原夏商周古典文化出現前的一個歷史時期。”又於1985年11月14、15日他第二次考察了陶寺遺址之後，在侯馬作關於陶寺文化特點、資料整理與報告編寫、晉南考古課題的長篇報告時指出：“陶寺遺址的發現，爲中國考古學增添了重要的一頁。儘管暫時還沒有挖到城，還沒有發現城牆或大型夯土建築基礎，我仍然認爲，這裏就是一處古城。道理很簡單：一般的村落遺址不會有那樣的墓羣，達不到那樣高的水平。……特磬同鼉鼓是配套的，演奏時可以和聲。不能視同一般的樂器，這是陳於廟堂之上的高級樂器，莊嚴的禮器。普通的村莊，怎麼能有這樣的重器?鼉鼓、特磬的出現，突出地表明瞭陶寺遺址的規格和水平。”他還於1986年7月前後寫定的《談“晉文化”考古》一文中指出：“陶寺遺址的文化特徵因素明顯區別于山西省境內同時期其他遺址，它所反映的社會發展水平是國內其他同時期遺址所難於比擬的。”
以上是蘇秉琦在開展中國文明起源研究之前對陶寺文化遺存社會發展階段(水平)的認識，主要認爲陶寺是一處古城遺址，社會發展到了較高階段，文化發展到了較高水平，但沒有給予定性。而通過開展中國文明起源研究，他對陶寺文化遺存的認識有了明顯的加深。
中華文化六大區系論
蘇秉琦發表的《關於仰韶文化的若干問題》、《關於考古學文化的區系類型問題》(殷瑋璋執筆)、《考古類型學的新課題》等學術論文，就一些考古學文化的淵源、特徵、發展途徑等問題作了嘗試性分析，對中國新石器時代文化的區域分佈的格局、系統等問題，提出了創見，並對此賦予研究方法的意義，在考古學界有廣泛影響。最著名的他的中華文化六大區系論，他把中華文化分爲六個區域：
1、陝豫晉鄰黃地區 2、山東以及鄰省一部分地區 3、湖北和鄰近地區(漢水中游區、鄂西區、鄂東區) 4、長江中下游地區(寧鎮區、太湖區、寧紹區) 5、以鄱陽湖——珠江三角洲爲中軸的南方地區(贛北區、北江區、珠江三角洲) 6、以長城地帶爲中心的北方地區(昭盟中心區、河套區和隴東中心區)
