自明治維新以後，日本主要是移植英國和法國的哲學，井上開始大量介紹德國的哲學。他把德國的古典唯心主義哲學與中國的儒學、印度的佛教等相結合，企圖建立自己的唯心主義哲學體系。他的基本哲學思想是"現象即實在"論。他認爲，實在和現象是相即的，即互相包含、融合的，現象和實在是同一存在的兩方面，現象本身即是實在，現象和實在是不能分的，把兩者加以區分是人的主觀推斷;正如客觀世界具有現象和實在兩方面一樣，主觀世界也具有現象和實在兩方面;人只能認識現象而不能認識實在;世界的真相存在於超越現象與實在之差別境界。按照井上的觀點，人可以通過內在的直觀，間接地、近似地獲得實在觀念。井上的哲學是唯心主義的，有的哲學史家認爲，他的唯心主義不象西方一些唯心主義那樣純粹。
在倫理思想上，井上提倡國家主義的國民道德論，宣傳忠君愛國一致、忠孝一體。其具體體現在1891年的《敕語衍義序》中。他聲稱，君主比如心意，臣民比如四肢百骸，孝於父母，友于兄弟，歸根結柢還是爲了國家，自己的身體應該獻給國家，爲君父犧牲。
井上哲次郎的“現象即實在論”認爲“雖然理論上分別思考現象與實在，但實際上是兩者同體不離，二無一致的”。在認識與實在關係上他認爲實在是不可認識的，而只能靠內部直觀獲得，並且無法檢驗和證明。關於主觀、客觀與實在的關係。他認爲實在既不是主觀也不是客觀，但要把握實在還需從主觀、客觀出發。“實在是沒有主觀、客觀的差別的……是把兩方面合二爲一的”，他把這叫“一如的實在”，也就是“終極的實在”、“世界的本體”。而這隻能靠內部直觀來把握，實際上是不可知的。
井上哲次郎也是留學歐洲經過歐洲近代思想薰陶的學者，但在他的內心，也潛藏着迎合舊儒學倫理復活的要求。井上哲次郎及其追隨者，如宇野哲人等，在歐洲留學期間，都熱衷於德國俾斯麥、斯坦因、蓋乃斯德的國家集權主義學說。由他們所構成的早期中國哲學研究，在本質上與國家體制粘着在一起，這一學派的主要學者，大都聚集在東京帝國大學內，他們以東京帝國大學“支那哲學文學研究室”爲中心，建立“東亞學術研究會”，發行刊物《漢學》，由此構成的學派，我們稱之爲“官學體制學派”。
於此同時，在民間還存在着一些和政府聯繫不是很緊密的學者，他們試圖以西方的學術概念來解釋和建立中國的哲學史研究，以松本文三郎、遠藤隆吉爲代表，稱之爲“私學體系學派”。
