他一生著述頗豐，輯有《本事方》(又名《類證普濟本事方》)10卷、《續本事方》10卷(均收入《四庫全書》)。著有《傷寒百證歌》5卷、《傷寒發微論》2卷、《傷寒九十論》(合稱《許氏傷寒論著三種》)、《治法》、《辨證》、《翼傷寒論》、《仲景脈法三十六圖》等書。
許叔微是宋代研究《傷寒論》的大家之一，對辨證施治理論多有闡述和補充。他說：“傷寒治法，先要明表裏虛實。能明此四字，則仲景三百九十七法，可坐而定也。”在其學術思想中較突出的是對脾腎關係的理解，認爲腎是一身之根抵，脾胃乃生死之所繫，二者之中又當以腎爲主，補脾“常須暖補腎氣”。這一見解對後世進一步研究脾腎關係和臨牀座用，很有啓發。《傷寒百證歌》，是以歌訣體裁將仲景方論編成100證，以便後學記習，遇有“有證無方”者，就以《千金》等所載之方補上;有議論不足者，多取《巢氏病源》及朱弘、孫尚、孫用和等人言論加以發揮。《傷寒發微論》共22論。第一論列舉傷寒72證，詳加闡釋。第二論以下多爲作者心得的零散札記。《傷寒九十論》，每論首記病例症狀及治療經過，加以評論，頗似今日之病案討論。《普濟本事方》是“漫集已試之方及所得心意，錄以傳遠”的著作，按病分爲23門，收錄300餘方;每方首列主治、方名及藥味分量，次錄治法、服法，後附一二個病例，並加評述。其中關於言氣撅不可作中風候、益腎宜用滋補之品以及區別腸風、髒毒、血痔的不同等論點都頗有見地。
1143年，64歲的許叔微，將“已試之方，及所得新意，錄以傳遠，題爲《普濟本事方》”，全書10卷，爲23門，包括中風肝膽筋骨諸風，心小腸脾胃病，肺腎病等髒髒常見病，及其他內科雜病，外科、婦科、兒科、五官科、傷寒時疫，旁及鍼灸，靡不悉備，每門分列數證，證下系方若干，共收錄330餘方，每方均簡述主證、病因、病機、用藥、炮製及服法，或載醫論、病案、灸治、煨治法等內容。是書文字簡明，輯方切於臨牀，爲許氏多年“刻意方書”所積累的驗方彙編，書中用醫案醫話形式寫就論證73則，見解精闢，如認爲驚悸多魘，通夕不寐症屬肝不藏魄，不治心而治肝;對陰毒證由淺入深分爲始得、漸深、沉困三候，以正元散、玉女散、灼艾臍中等方藥分治;言氣厥不可作中風候;益腎宜用滋補之品;治積以所惡者攻之，以所喜者誘之，對積證依病情分爲酒、肉、血、氣、水、涎、食七類，分別治療;鑑別腸風、髒毒、血痔之不同的論點皆頗有見地。取名“本事”，意其所記皆爲親身體驗的事實。此書是歷史上第一部比較完備的方劑專書，在當時的醫藥界起到了振衰繼微的作用，對後世影響深遠，該書許多方爲後世醫家吸取或借鑑，如治療中風的豨薟丸被《壽世保元》、《蘭臺軌範》、《成方切用》等書收錄;治療腸風的槐花散流傳至今，已成爲治療痔疾的名方。
1149年。許叔微70歲，已是桑榆之年，仍手不釋卷，不廢耕耘，將平生運用經方的案例整理編撰成書，定名《傷寒九十論》，書中選擇了九十個不同的傷寒病案，記載詳細而真實，包括了十一例死亡病案，每例之後以《內經》、《難經》、《傷寒論》、《諸病源候論》等醫籍爲基礎，結合個人的見解加以剖析;案案皆用仲景法，又靈活變通，遇《傷寒論》中有論無方時，選《千金要方》、《活人書》等書補入，如治熱入血室用小柴胡加地黃湯;用大柴胡湯治二陽合病;主張大黃爲傷寒之要藥，生用有力，不需酒洗;論傷寒慎用丸藥;桂枝湯中的赤芍白芍辨等論皆高出前人，反映了許氏較高的理論水平與治療技藝。書中提出“十劑”的方劑理論，對後世影響深遠。此書是許氏研讀《傷寒論》並實踐於臨牀的經驗總結，既裨補仲景，又啓迪後學。後世的《經方實驗錄》即仿此例。它不僅僅最早的傷寒醫案專集，也是我國第一部醫案專著，是書在醫案學發展史上以及仲景學術臨牀應用方面均有不容忽視的開創意義。
