內閣大臣的建議是寫在一張紙上，貼在奏章上面，這叫做“票擬”。而皇帝用紅字做批示，稱爲“批紅”。按照規定，皇帝僅僅批寫幾本，大多數的“批紅”由司禮監的太監按照皇帝的意思代筆。以往，按大明祖制，太監讀書識字是被嚴令禁止的。大明宣宗不僅改了這個規矩，而且在他的鼓勵下，宮裏還成立了專門的太監學堂。後人猜測：明宣宗這一做法，其目的就是讓太監牽制內閣的權力。久而久之，一種奇怪的政治格局出現了。
明朝內廷、外廷的機構完全對稱。外有內閣，內有司禮監，外有三法司，內有東廠、錦衣衛，外廷有派往地方的總督、巡撫，而內廷派往地方的也有鎮守太監、守備太監等等。這樣，內廷、外廷相互制約，才能確保皇帝的決策地位。但是，這也造成了內外兩大政治勢力的爭權奪利。
北京紫禁城東部的這片建築在大明朝叫做文淵閣。明朝的內閣就設在這裏。在明朝萬曆年間，內閣首輔張居正讓這個紫禁城裏最不起眼的房子成爲聲名顯赫的所在。在文淵閣辦公的內閣成爲實際上的政務決策者。
表面上，例行的政務流程似乎並沒有改變，但決策權卻出現了轉移。張居正做到這點，理由是：首先，當時的大明萬曆皇帝還是個孩子，張居正身爲皇帝的老師，很容易影響皇帝的決策。再者，萬曆帝的“批紅”是在司禮監馮保指導下完成，而馮保跟張居正關係密切。內閣首相張居正把自己的意見授意他人，寫成奏章，再由自己“票擬”贊同。幼年皇帝的批紅自然毫無問題。
就這樣，大臣的“奏章”，閣臣的“票擬”，皇帝的 “批紅”，由內閣首輔張居正一手操控，達到空前一致。他的新政也就毫無障礙地順利推進。其實張居正的新政推行的並不是十分順利，改革必定面臨利益衝突的爭鬥，而張本人、馮保、萬曆(實際上是萬曆生母)三個權力體系代表者協作，尤其是萬曆年幼，馮保、張居正素有交情，二人不對峙，使得張居正掌閣初期擁有絕對的權力，可是萬曆成人之後，情況則有了變化。 自明朝初期以來，明朝的政務中心就在紫禁城這幾個地方轉換，權力的交替，左右着明朝的國運。宮闈重重之中、爭權奪權的陰謀時有發生。
通過明朝幾代皇帝的努力，明朝曾經形成了一套完整的內閣政務體系，它在權力平衡方面堪稱完善。
