內閣
1380年朱元璋罷中書省，廢丞相，親理政務，但是力不從心，故設立四輔官來輔佐政事，但這項制度效能不彰，1382年七月被廢。十一月，仿宋制，置華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣諸大學士，又設文華殿大學士，以輔導太子，品秩皆爲正五品。朱棣登基後，特派解縉、胡廣、楊榮等入午門值文淵閣，參預機務，由此成立內閣。內閣只爲皇帝的顧問，奏章的批答爲皇帝的專責。內閣大學士一職多以碩德宿儒或朝中大臣擔任，只照皇帝意旨寫出，稱“傳旨當筆”。明仁宗增置謹身殿大學士。宣宗時期，由於楊溥、楊士奇、楊榮等三楊入閣，宣宗批准內閣在奏章上以條旨陳述己見，稱爲“票擬”制度。明初，內閣無實權。之後內閣地位逐漸升高，權限逐漸增大，到明世宗時，內閣終躍至六部之上。嘉靖以後，朝位班次，俱列六部之上。自此，內閣成了中央最高的的決策機構。
六部明朝在中央和南京各設置吏、戶、禮、工、刑、兵六部，與前代相比，明朝最初在每部增加尚書侍郎各一。胡惟庸案之後，朱元璋廢丞相之職，六部因此地位得到了提高。每部只設一個尚書，兩個侍郎，原有的各科尚書降爲郎中。各部尚書和侍郎的官階也上升。其中以吏部最爲重要，戶部人員最多。禮部與工部地位較低，而在南京六部除兵部 、戶部外，其他四部基本沒有沒有實權，是被排擠出中央的官員的“養老之地”。
監察機構朱元璋爲吳王時，始置御史臺，設左、右御史大夫各一名。1380年，罷御史臺。1382年更置都察院，設監察都御史八人。分監察御史爲浙江、河南、山東、北平、山西、陝西、湖廣、福建、江西、廣東、廣西、四川十二道，各道置御史三到五名，稱爲十二道監察御史。監察御史都駐在京師，有事帶印出巡，事畢回京繳印。1403年，改北平道爲北京道。1420年，罷北京道，增設貴州、雲南、交趾三道。1425年，稱行在都察院。1435年，罷交趾道，始定爲十三道。正統年間去“行在”字。六科六科，負責侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。洪武六年，設給事中十二人，秩正七品，始分爲六科，每科二人。洪武二十四年，更定科員，每科都給事中一人，正八品。六科官職品級雖低，然職權很高。他們有“封駁權”，可以不贊成皇帝的意旨。該制度發揮了一定的改善朝政作用。
五寺五寺包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺和鴻臚寺。大理寺與刑部和都察院合爲三法司，其職權與今日之最高法院相似。大理寺的首長稱爲大理寺卿，九卿之一。其餘四寺卿職權較低。太常寺負責祭祀禮樂，隸屬於禮部;太僕寺管理馬匹，隸屬於兵部;光祿寺負責壽宴、進貢等，隸屬於禮部;鴻臚寺負責朝會、賓客(外吏朝覲，諸蕃入貢)、吉凶儀禮。
廠衛機構
明朝主要的情報機構包括錦衣衛、東廠和西廠，武宗時期還一度設有內行廠。錦衣衛負責偵查國內外情報，直接對皇上負責，擁有可以逮捕任何人，並進行祕密審訊的權利。東廠主要職責就是監視政府官員、社會名流、學者等各種政治力量，並有權將監視結果直接向皇帝彙報。依據監視得到的情報，對於那些地位較低的政治反對派，東廠可以直接逮捕、審訊;而對於擔任政府高級官員或者有皇室貴族身份的反對派，東廠在得到皇帝的授權後也能夠對其執行逮捕、審訊。西廠設立於憲宗時期，首領爲汪直。1482年後被廢。其後又被武宗短暫恢復。內廠設於武宗時期，任務是牽制錦衣衛、東廠和西廠的權利，防止它們三個機構相互勾結權利的擴展，是武宗爲政的另一種手段。首領爲宦官劉謹，劉謹伏誅後，內廠與西廠同時被廢，僅留東廠。
其它機構太師、太傅、太保爲三公，明仁宗之後，三公皆爲虛銜，爲勳戚文武大臣加官、贈官。太子太師、太子太傅、太子太保，只有朱棣以姚廣孝專爲太子太師，留輔太子，自是以後，終明一代皆爲虛銜。他們名爲輔導太子，但實際上輔導太子的機構是詹事府。詹事府下設兩坊、一局、一廳。此外還有太醫院，太醫院附屬有生藥庫和惠民藥局。二十四衙門(十二監、四司、八局，由宦官所擔任)。親軍上直二十六衛，除錦衣衛設有南北兩個鎮撫司，其他二十五衛各設有一個鎮撫司，已上俱不屬五軍都督府管轄。女官，洪武五年，定爲六局一司。永樂後，職盡移於宦官，只保留少數女官。
法律《大明律》第一次提出了“法律面前人人平等”的原則，明孝宗的修律，更將“不因言殺人”寫入律法。大明律是西方啓蒙運動時期備受推崇的法律奠基，近代的歐美法系和大陸法系，都從《大明律》中受益頗多。
