明朝內閣制強化了君主專制制度。內閣制度隨着皇權的高度強化而建立，權利的來源，由君主所授予，對君權的制約作用有限。事無大小，內閣都要秉承君主的旨意行事，遂成爲君主加強專制的工具，因此明代的君主專制比前代尤甚，助長了君主專制。
形成了明代宦官的專權。明代內閣因缺乏法定的地位和權力，只是政務的輔助機構，通過票擬、修旨來輔政，但大學士的票擬最終要通過皇帝的硃批，而明代的司禮監秉筆太監掌章奏文書，宣宗時大臣章奏除皇帝親批數本外，皆由司禮監秉筆太監參照內閣的票擬披紅。宣宗以後，人主怠荒，深居內宮，不親政事，不見大臣，又把太監當作心腹委以重任，硃批便由秉筆太監處理。司禮監便凌駕於內閣之上，內閣權力僅止於票擬。無論皇帝親自掌權或者是假手於司禮監代批，大學士只能承旨辦事，由是司禮監便趁機竊柄專權。明之閣臣即使有理想，有主張者，也必須先勾結宦官不可，否則一切政事都受到宦官阻梗，不能上達皇帝，如張居正爲有明一代能臣，其任首輔時亦要密結司禮太監馮保，才能策動當時的政事。至於閣臣之不肖者，更爭相諂媚逄迎宦官，助閹爲虐，狼狽爲奸，助長宦官的氣焰。綜觀明代宦官爲禍之烈，實與廢相後，內閣無實權，加上君主過於寵信宦官，使宦官得以居中用事所使然。
演成朋黨傾軋。明之內閣上受君主箝制，內受宦官操縱，閣臣之慾握權柄者，皆不免以不光明之手段得之:一方面要交結內監;另一方面則又須傾軋同列之大學士，遂演成朋黨之禍。即在明代內閣權任處於最高峯時，閣臣間爲爭奪”輔“地位，往往互相傾軋，愈演愈烈，甚至不惜朋黨臺諫，依傍宦官，世宗時之嚴嵩任首輔，威權不可一世，但卻爲閣僚徐階所傾到。張居正在萬曆元年出任首輔，也是因爲內結司禮監馮保，逐高拱得來的。閣臣傾軋之劇烈皆因明代內閣沒有正式的權力，沒有合法的地位而引生的流弊。
導致政風因循。明代閣臣絕大多數是由進士而翰林，而拜命入閣，他們大都是十年窗下，久在翰林苑，舞文弄墨之士，並無實際的政治經驗，一旦入閣，大都昏庸而無識見，閣臣爲保官秩，大都庸庸碌碌，而很少勇於任事，敢作敢爲。由於明代內閣受所處的地位和職權的限制，權力由皇帝授予，而宦官又居中竊柄，閣臣於是只能對皇帝唯唯諾諾，對宦官俯首聽命而不敢有違，一輩閣臣都碌碌無能，遂使政風因循腐化。再至張居正之循名責實，積極有爲，卻不免被目爲越權專政，非議四起，死後更落得削爵抄家的下場。繼之爲政者，懲張居正之敗，多隨俗浮沉以求免禍，唯取媚皇帝以鞏固權力，於政事則無所主張，政治遂因循積弊，日甚一日。
總而言之，“有明之無善治，自高皇帝之罷相始也”。在某程度上是有其道理的。因爲沒有宰相，令皇權失卻制衡;加上內閣無合法性;故無實權;事事聽命於皇帝，造成君主獨裁。如遇上昏庸之主，又會導致宦官爲禍。而且內閣首輔爲求爭取權力，往往依附宦官，排擠異己，更助長了宦官的氣焰。由此可見，明內閣的出現與其政局的發展有着密切的關係，而且影響深遠 。
