1787年，土耳其要求俄國歸還克里米亞，承認格魯吉亞爲土耳其的屬地，並對出入海峽的俄商船進行檢查。俄國拒絕土耳其的要求，土耳其遂出動軍隊對俄開戰。土耳其出動了20萬軍隊和一支強大的艦隊(戰列艦19艘、巡航艦16艘、輕巡航炮艦5艘)對俄開戰。俄軍統帥部展開了兩個集團軍：葉卡捷琳娜集團軍(8.2萬人，由波將金元帥指揮)和烏克蘭集團軍(3.7萬人，由魯緬採夫元帥指揮)，以及克里木軍和庫班軍，此外，還有黑海艦隊(軍艦24艘，由海軍少將沃伊諾維奇指揮)。1787年8月21日，土耳其艦隊的大部兵力向停泊在金布恩附近的俄國護衛艦發起攻擊。9月13日夜，土軍700人在金布恩沙咀登陸，但被俄軍擊潰。第二次俄土戰爭的爆發，讓瑞典國王古斯塔夫三世覺得這是一個千載難逢的機遇。
1788年，也就是俄土戰爭的次年。古斯塔夫三世對葉卡特琳娜二世宣戰，俄瑞戰爭再次爆發。 俄國遭土耳其和瑞典南北夾擊。俄力圖避免兩線作戰，但無濟於事。在腹背受敵的情況下，俄以次要兵力在北線實施防禦，把主力放在南線，以對付土耳其。俄軍波羅的海艦隊一部，7月上旬，奉令出海尋殲瑞典艦隊。古斯塔夫三世和瑞典統帥部的戰略目標是掌握波羅的海制海權和奪取聖彼得堡，爲此擬訂了詳細的作戰計劃——由卡爾·南曼蘭海軍元帥指揮的瑞典艦隊摧毀俄國艦隊，並將其殘部圍困在喀琅施塔得，然後運送2萬名海軍陸站隊員在奧拉寧包姆地區或紅山炮臺附近上陸，以奪取聖彼得堡。根據這項計劃，戰爭的決定權在海上。
俄羅斯在1703年5月建立了聖彼得堡，同年秋季修築喀琅施洛特炮臺，爲建立喀琅施塔得海軍要塞(1724年後爲波羅的海艦隊的主要基地)奠定了基礎。1704年在彼得堡創建兵船修造廠，該廠後來成爲俄國的造船中心。北方戰爭期間，在波羅的海艦隊協助下，俄軍攻克維堡要塞、雷瓦爾、佩爾諾夫、里加、赫爾辛福斯和奧布等港口以及蒙海峽羣島。在漢科角海戰、厄塞爾海戰和格倫加姆附近作戰中，波羅的海艦隊均獲勝利，使俄國在波羅的海站穩了腳跟，併成爲海軍大國。到1722年，波羅的海艦隊已擁有帆船130艘(含戰列艦32艘)，槳船近400艘。艦隊當時採用終身服役的募兵制補充兵員。
彼得一世在位時，在海戰中功績卓著的海軍將領有：阿普拉克辛、謝尼亞文、戈利岑和戈洛溫。七年戰爭(1756—1783)期間，波羅的海艦隊封鎖了鬆德海峽以阻止英國艦隊進入波羅的海，進行了戰役運輸，參加了攻佔梅梅爾和科爾貝格的作戰。俄土戰爭期間，波羅的海艦隊組建了幾個分艦隊，前往地中海同土耳其艦隊作戰。派到地中海戰區作戰的波羅的海艦隊的艦艇在切什梅海戰、阿索斯海戰和納瓦里諾海戰中打敗了土耳其艦隊，取得了巨大勝利。這些勝利的取得是與斯皮裏多夫、謝尼亞文、格雷格等俄國海軍將領的指揮分不開的。艦隊採用終身服役的募兵制補充兵員。艦隊軍政由海軍院負責，只在戰爭期間才臨時委派艦隊司令指揮。
