皇權加強
大學士的票擬直接聽命於皇帝。清初的票擬不是閣臣根據自己對問題的理解提出處理意見供皇帝採納，而是揣摩皇帝的旨意起草諭旨，不可絲毫專擅。當時，大量題本由皇帝首先閱看，然後，再由內閣根據皇帝旨意擬旨，最後獲皇帝認可後下達執行。順治十七年(1660年)五月，順治帝令：“今後各衙門及科道各官本章，俱著於每日午時進奏，候聯披覽，次日發下擬旨，以便詳閱批發。”更重要的是，和明朝“天子與閣臣不常見，有所諭，則令內監先寫事目付閣撰文”的情形不同，“世祖章皇帝親政之初，即日至票本房，大學士在御前票擬” 。大學士在御前票擬，當然只能老老實實做皇帝的祕書，而不享有任何政務裁決權。
相權削弱
康熙帝即位之後，鰲拜等輔政大臣改內閣爲內三院，後世一些史家將這一變革視爲四大輔臣在制度上恢復關外政治傳統的典型事例。其實不然，康熙初年內院繼承了順治年間內閣的票擬權，作爲清朝中央政府，這時的內院和原來的內閣在基本職任上並無原則性差異。由於輔政大臣親自參加票擬，大學士的政治權力也未因皇帝不能親政而有任何擴大，他們在和輔政大臣發生政務分歧時只能委曲周旋，而不敢直抒已見。一些重要決策大學士也無權參與，像康熙六年(1667年)，鰲拜羅織蘇克薩哈罪名，“集中定讞”，因國史院大學士巴泰拒不附和，遂“弗使與聞”，而大學士蘇納海競因反對圈換土地，被鰲拜矯沼處絞。
降及康熙親政以後，重新將內三院改爲內閣，內閣負責處理日常政務的職能進一步明確下來，隨之而來，內閣權力有所加強，因而出現了納蘭明珠、徐元文、李光地等在朝中有一定影響的大學士。然而，明珠等人絕不可能危及皇帝的絕對權威。
