明朝內閣制度有自己鮮明的特點。
形成時期長，而且始終沒有取得法定的地位，始終不是中央一級正式的行政機構。
從永樂開始，歷代皇帝都在不同程度上寄大政於內閣，皇帝“其不接見臣下而能統治天下者，以有閣臣票擬故耳”。但是，他們誰也不敢擔當違反祖制的罪名，誰也不願從已經取得徹底勝利的皇權中，又拿出一部分給閣臣分享。所以內閣進展緩慢，而且始終未能成爲中央一級正式的行政機構。
內閣與皇權矛盾重重，又始終屈服在皇權的重壓下。
閣臣與皇帝矛盾，除了反映爲封還詔旨一類以外，很多反映爲閣臣在中葉以後不斷提出辭職。皇權與內閣矛盾，亦反映爲明代閣臣善終者少，有政績的不多。明代內閣權力不穩定，雖然有嚴嵩，張居正之顯赫，但他們一是乘皇帝靜攝而代行皇權。一般閣臣來說，由於基本上都是文學侍從之臣出身，入閣後權力之大小，只決定於票擬被採用的情況，所以呈現爲不穩定，沒有保障，沒有連續性。 [20]
與漢、唐、宋相比，明代輔相的業績並不顯著，這一方面固然與入閣前之資歷有關。漢、唐、宋之宰相都要經歷郡邑，而明之閣臣卻基本上出於翰林院。他們沒有從政經驗，不知民間疾苦，對政事自然難以提出切實可行的措施。但另一方面，則由於他們權力不穩定，被司禮監擠着，被皇權壓着，即使有抱負也難於施展。
顯然，這樣的內閣只能助長皇權，而不可監督、約束皇權。有明一代，內閣始終未能成爲對皇權的威脅，從這個角度來說，朱元璋廢丞相的目的是達到了。
內閣受制於司禮監，矛盾深刻，但又不得不走司禮監的路子。
在中樞系統中，內閣有票擬權，司禮監有批朱權，是內外相維的雙軌制。但雙方地位的特殊性使內閣難以與司禮監抗衡，雙方權力的大小，又是以皇帝的向背爲轉移而互相成比，因此，他們之間不可能有真正的相維相濟，而只能有對權力的激烈爭奪。皇帝寵信司禮時，司禮盡奪內閣權力，如劉瑾、魏忠賢時;否則就是權相出現，如嚴嵩、張居正時。
嚴嵩、張居正之顯赫，還得討好司禮監，就是明證。
綜觀有明一代，內閣對宦官之干政，雖亦起過一點制衡作用，如成化年間，由於閣臣一再堅持，汪直主持的西廠一度被撤。但總的來說，內閣是越來越受制於司禮。內閣爲司禮監扼制，以致明代成了宦官爲禍最烈的朝代。
內閣與六部經常互爭雄長，矛盾重重。
歷代及明初，六部均隸屬於丞相，凡事必須秉承宰相的意志，自撤中書省、提高六部品秩後，六部變成直接對皇帝負責，職權完整，而且在閣之上。但隨着內閣品位的提高，又有票擬權，內閣比六部更接近皇帝，部權便在不同時候、不同程度上爲內閣所侵。但是，內閣畢竟不同於中書省。從制度上說，六部不必聽命於內閣，而內閣則“凡百政事，非下部必不可行，不能行”。於是內閣借位尊勢崇而力圖控制六部，六部則鑽內閣沒有法定地位和權力的空子，力圖擺脫控制。因而閣部經常爭權，尤其是爭奪人事權。
內閣與六部這種職權界限不清，工作上彼此失調，大大影響了明政府的行政效率。在客觀上，則有利於司禮監的擅權亂政。
內閣中矛盾激烈。
尤其嘉靖以後，閣臣間的傾軋突出由於閣臣的任用、權力大小、去留，均沒有明確規定，又由於首輔與次輔間權力懸殊，在天啓以前一直無明確的職責分工。所以閣臣間爭奪權勢的鬥爭激烈，尤其是“嘉靖以來之首輔，莫不由傾軋排擠而得之”，如嚴嵩拉攏科道彈劾翟鑾，使翟被“削籍爲氓”。嚴嵩與夏言互相排擠，致夏言被棄市。
在閣內的紛爭中，閣臣不但各自培植自己的勢力，致使明中葉以後的政治日益腐敗。
從明代內閣制度的種種特點，可見內閣制度在當時並未能成爲與君主專制政體完全適應的輔政制度。內閣地位的特殊又使它成了矛盾輻輳之所，各種矛盾的發展，無一不是加劇了政治的腐敗。
