《乙巳條約》締結以後，大韓帝國高宗皇帝被日本人控制，韓圭卨則以“宮禁咫尺，舉措失當”爲由被罷官並被判處3年的流放徒刑。 [16] 韓國人民聽說了《乙巳條約》締結後無不悲痛憤慨，史料描述當時的情形說：“自是都下喪氣，坊曲千百成羣，大呼：‘國已亡矣!我曹何以生爲?’狂醉悲叱，局蹐如靡容。煙火不舉，景色慘沮，如經兵燹。倭人派兵巡綽，以備非常，而偶語詆詛，終不能禁，如是者旬月。”可見保護協約簽訂後的韓國社會一直處於悲傷鬱悶的陰影下。人們將李完用、樸齊純等贊成締約的五大臣稱爲“乙巳五賊”，紛紛要求“廢除保護協約”，“誅滅五賊，驅逐倭寇”，搗毀賣國賊的家宅。漢城學生罷課，商人罷市，數千基督教徒在崇禮門教堂集會，抗議乙巳勒約。有民族氣節的文武百官接連上疏抨擊保護協約和乙巳五賊，要求皇帝宣佈條約無效，由於皇帝已經被日本控制，所以他們的上疏運動以失敗告終，閔泳煥、趙秉世等大臣以死殉國，中國留學生潘宗禮聽說《乙巳條約》的消息後也蹈海自盡。
《皇城新聞》的主筆張志淵在《乙巳條約》披露後寫下“是日也放聲大哭”爲題的報道，他在文章結尾這樣寫道：“嗚呼痛矣!嗚呼憤矣!我二千萬爲人奴隸之同胞!生乎?死乎?檀、箕以來四千年國民精神，一夜之間猝然滅亡而止乎?痛哉痛哉!同胞同胞!”充分表達了韓國人民此刻痛苦的心情。而更多的韓國人則掀起了聲勢浩大的反日義兵運動，武裝抗擊日本的侵略。現在韓語中形容天氣非常黯淡淒冷的習語是“을씨년스럽다”，本意就是“乙巳年似的”(을씨년스럽다)，可以看出《乙巳條約》給朝鮮民族留下了難以癒合的傷痕。
日本透過這個條約達到了將韓國變爲其保護國的目的，使韓國淪爲日本事實上的殖民地。根據《乙巳條約》第一條和第二條，韓國的外交權被剝奪，其對外關係被日本完全接管，未經日本允許不得與外國締結條約。第三條則規定日本設立韓國統監府以管制韓國的外交，實則管理韓國一切事務，任意干涉韓國內政，是實際上的殖民機構，也是大韓帝國皇帝的“太上皇”。韓國皇帝和政府在條約締結後成爲了日本人的傀儡。1906年3月2日，伊藤博文抵達漢城，就任第一任韓國統監，建立了統監體制。在韓國一方面利用一進會及李完用等親日大臣擴大日本的影響力，一方面對韓國人民的反抗則調兵來韓，全力鎮壓，對義兵各個擊破，花了3年多的時間才基本平定了反日義兵運動。正如日本學者所論述的那樣，《乙巳條約》簽訂後，“自三國干涉還遼的十年以來，日本一直想要統治韓國的願望，大半得以實現”。《乙巳條約》可謂是《江華條約》以來日本30年努力的結果，它的簽訂使日本一舉拿下朝鮮半島，日韓合併只是時間問題了。
