孫士毅在鎮南關，收容逃回的官兵，不到清軍總額的一半，大量的糧械火藥丟失殆盡。從雲南開化廳馬白關出兵，侵入安南宣化鎮的烏大經部，遭到農民起義軍反擊後，也倉慌逃回國內。
安南之役以清朝的失敗而告終。它沒有實現清朝預期的戰略目標“爲黎氏復國，消滅阮氏集團。”
安南之役敗北，大批清朝將士殞命安南。乾隆皇帝令敗將孫士毅解任回京，調福康安補授兩廣總督，相機辦理安南事宜。
“安南之役”兩國交兵，使清前期的清安關係蒙上了一層陰影。但它並未長久的影響清安關係的正常發展。隨着兩國政策的逐步調整，很快就驅除了戰爭的陰霾，迎來了兩國關係發展的燦爛前景。乾隆皇帝決計不再調兵進剿安南。福康安也與乾隆皇帝的想法相吻合。
