三公
明朝中樞有三公(太師、太傅、太保)、三孤(少師、少傅、少保)，爲皇帝的輔佐官，職位崇高，但無定員，無專責，實際上是虛銜。中期以後，成爲大臣加官或贈官(生而授爲加，死而授爲贈)。萬曆時張居正爲太師，掌有實權，是特例。
中書省
明代初設中書省，有左、右丞相。明朝中書省，爲明朝初期(公元1368年至公元1380年即洪武十三年)的行政中樞。其中丞相爲明朝中書省的最高級長官，負責統領六部。明初沿襲元朝制度，設立中書省，置左、右丞相。甲辰正月，初置左、右相國，其中李善長爲右相國，徐達爲左相國。吳元年，改右相國爲左相國，左相國爲右相國。洪武元年，改爲左、右丞相。由中書省統六部，但不設置中書令 [2] 。1380年(洪武十三年)，胡惟庸案之後，明太祖朱元璋罷中書省，分中書省之權歸於六部。原中書省官屬盡革，惟存中書舍人。
內閣
明朝內閣，爲明成祖首先確立。乃是明朝1402年(建文四年)至1644年(崇禎十七年)的皇帝諮政機構，此後權力逐漸增大，後形成爲明朝行政中樞。內閣輔臣的人數爲一人至七人不等，輔臣奉使出外辦事，多自稱閣部。明太祖廢除宰相。起初，內閣大學士只具有顧問身份，皇帝爲最終決定的權力，而大學士很少有參決的機會。到明仁宗、明宣宗時期，大學士均因有太子經師的恩情，而得以累加至太子三孤身份，地位日益受尊崇。宣宗時期，朝廷事無大小，宣宗均悉數諮詢大學士楊士奇的看法而決定。雖然吏部尚書蹇義、戶部尚書夏原吉召見時得以參與各部事宜，然而其還遠不如楊士奇等內閣成員得以親自接見。自此，內閣的權力日益增大，到明世宗中葉，夏言、嚴嵩等人執掌內閣，地位赫然爲真正的宰相，亦可壓制六部。
六部
洪武十三年，明太祖朱元璋殺左丞相胡惟庸，罷中書省，廢丞相，分中書省之權歸於六部，六部直接秉承皇帝意旨辦事。初置四輔官，以春、夏、秋、冬爲名，不久廢去。洪武十五年，仿宋朝制度，設殿閣大學士，當時設有華蓋殿、武英殿、文淵閣、東閣、文華殿等大學士之名，後稱爲“內閣”。開始設立時，大學士之職掌“侍左右，備顧問”，秩爲正五品。成祖時，大學士開始參預機務，仁宗時，閣臣之權漸重。到世宗嘉靖時，改華蓋殿爲中極殿，謹身殿爲建極殿，大臣之閣銜隨之變動。大學士的班次列在六部尚書之上，成爲事實上的宰相，首席大學士稱爲“首輔”，權力極重。
明朝中樞設六部。吏部有尚書(正二品)一人，左右侍郎(正三品)各一人，下設四個清吏司(文選、驗封、稽勳、考功)，每司各有郎中(正五品)一人，員外郎(從五品)一人，主事(正六品)一人等官。吏部職權特重，爲六部之首。戶部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設十三清吏司(浙江、江西、湖廣、陝西、廣東、山東、福建、河南、山西、四川、廣西、貴州、雲南)，各司有郎中、員外郎、主事等官。戶部另有一些直轄機構，如寶鈔提舉司、廣盈庫、軍儲倉等。禮部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司(儀制、祀祭、主客、精膳)，各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄鑄印局等。兵部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司(武選、職方、車駕、武庫)，各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄會文館等機構。刑部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設十三清吏司(分司同戶部)。各司有郎中、員外郎、主事等官。工部有尚書一人，左右侍郎各一人，下設四個清吏司(營繕、虞衡、都水、屯田)，各司有郎中、員外郎、主事等官。另轄寶源局、軍器局等機構。
舊都南京也設六部，稱南六部，另有一套職官，但又不全置，其職權遠不如北京六部。一般是安置地位崇高之退閒大臣之所。
都察院
洪武十三年，罷御史臺。洪武十五年，更置都察院。左都御史掌都察院，與右都御史同正二品。左、右副都御史，正三品。左、右僉都御史，正四品。十三道監察御史計一百一十人，正七品。都御史，“糾劾百司，辨明冤枉，提督各道，爲天子耳目風紀之司”。十三道監察御史的職責是“察糾內外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾。在內兩京刷卷，巡視京營，監臨鄉、會試及武舉，巡視光祿，巡視倉場，巡視內庫、皇城、五城，輪值登聞鼓。外巡按，清軍，提督學校，茶馬，巡漕，巡關，攢運，印馬，屯田。師行則監軍紀功”。巡按稱爲“代天子巡狩”。明朝檢察權很高，監察御史品級不高，出外巡查時權力卻很大。
通政使司
洪武十年置通政使司。“政猶水也，欲其常通，故以‘通政’名官。”通政使，“掌內外章疏敷奏封駁之事”，正三品。左右通政、謄黃右通政各一人，正四品。左、右參議，正五品。內外奏疏，須經通政司達上，徑自封進者可參駁。朝會引奏臣民言事，機密不時入奏。有違誤則籍而會請。“凡議大政、大獄及會推文武大臣，必參與。”通政使是明朝“大九卿”之一。
大理寺
大理卿掌大理寺，正三品。左、右少卿，正四品。左、右寺丞，正五品。大理卿掌“審讞，平反刑獄之政令”。左、右寺，分理京畿、十三布政司刑名之事。大理寺與刑部、都察院合稱“三法司”，會審重大案件。大理卿與六部尚書、左都御史、通政使合稱“大九卿”。
翰林院
翰林院相當於現在的國立大學、幹部學院。翰林學士(正五品)掌翰林院。另有侍讀學士兩人、侍講學士兩人，並從五品。侍讀、侍講各兩人，並正六品。殿試點中狀元者，授修撰(從六品);榜眼、探花，授編修(正七品)。掌制誥、史冊、文翰、講讀經史、修撰國史等事。
國子監
掌教育。祭酒掌國子監，從四品。副手司業，正六品。另有五經博士、助教、學正等官。下設五廳(繩愆廳、博士廳、典簿廳、典籍廳、掌饌廳)、六堂(率性、修道、誠心、正義、崇志、廣業)。遷都北京後，南京仍設國子監，時稱“南監”，北京則稱“北監”。
六科
即吏、戶、禮、兵、刑、工。掌侍從、規諫、補闕、拾遺、稽察六部百司之事。有都給事中各一人，左、右給事中各一人，給事中等官。
五寺
五寺是五衙門的簡稱，包括大理寺、太常寺、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺。大理寺：相當於今天的法院，是全國最高上訴機關。與都察院、刑部構成了三法司。 太常寺：主管祭祀。光祿寺：主管宴享。太僕寺：管馬。鴻臚寺：管招待外賓。
詹事府
詹事府是負責輔助太子的機構設正三品詹事一人，正四品少詹事一人，正六品府丞一人。詹事府設左右春坊、司經局、主簿廳。
太醫院
太醫院管理宮廷及貴族診斷、製藥，設正五品院使一人，正六品院判二人，正八品御醫四人，從九品吏目若干人。
