謝林在哲學史上有着無可爭辯的重要性，但他也常被認爲是風格隱晦，沒有條理的。就謝林本人看來，他的哲學可以分爲三個時期：
從費希特哲學過渡到強調客觀自然的重要性，也就是自然哲學
對精神和自然的同一性、無差別性的思考，發展成同一哲學
對消極的和積極的(negative and positive)的哲學的反抗，思想進而轉變成和宗教密切相關的啓示哲學
謝林是由費希特哲學進入哲學界的，但他很快就意識到費希特哲學上的不足。在費希特那裏，自然作爲一種非我，只是由“絕對自我”來設定的，只是人類的一種材料。所以費希特的哲學主要關注自我或人的問題，而對自然、客觀世界的重視則成爲了謝林早期哲學的起點。
謝林注意到從自我出發的認識論不能構成哲學的全部，他認爲如果實在是一種類似人類精神的自我決定過程，那麼自然本身就不應該被看成是一種對自我來說無生機的障礙物，即自然應有其內在的理性和目的。自然作爲一種和自我有着具有同等地位的實在，那麼就需要一種自然哲學來補充費希特的哲學。如果說自然科學觀察局部的自然現象，那麼自然哲學就應該提供其內在的動力結構和普遍原理，也就是自然成爲自然的原因。自然在謝林那裏被描述成一種盲目而又無意識的理智，這種理智在同一與差別的矛盾推動下發展，最終產生精神。自然在謝林看來是可見的精神，精神是不可見的自然，而自然本身的表象則體現某種最根本的理智，自然科學的目的就是從表象中總結出其中的理智，最終使這種理智精神化。
謝林的自然哲學往往提供大膽的猜測和論斷，使用幻想的比喻和華美的詞句，缺乏明證和事實。這種思想促進了浪漫派的想象，使詩人們賦予世界以生命和精神，同時也給當時以機械論佔統治地位的學界帶來一股新的思潮，受到了自然科學家們和浪漫主義詩人們的歡迎。
