在明代歷史中，神宗經常被過度地描寫成一個荒唐、好色、懶散的皇帝。從萬曆三大徵看來，神宗絕不是一個平庸的皇帝。雖然，我們可以說他是好大喜功，但是不要忘了，他在給朝鮮國王的信中始終強調朝鮮要力求自保的事實。
實際上，神宗對於每一次軍事行動，似乎都充分認識到其重要性。而且，在戰爭過程中對於前線將領的充分信任、對於指揮失誤的將領的堅決撤換，都顯示了神宗的膽略。當然，神宗的荒怠、好色，也是不容否認的。晚年的神宗，對於朝政的興趣，顯然沒有對斂財的興趣濃厚。
在他親政的後20年，他基本上是一個不理朝政的皇帝。因此，萬曆後期朝政的混亂，直接導致了萬曆四十七年(1619)明朝軍隊在與努爾哈赤軍隊的薩爾滸一戰中喪師10萬，從而喪失了明軍對後金軍隊的優勢，間接導致了明代最終被清朝取代的結局。
孟森在他的《明清史講義》內稱神宗晚期爲“醉夢之期”，並說此期神宗的特點是“怠於臨朝，勇於斂財，不郊不廟不朝者三十年，與外廷隔絕”。那麼，神宗是什麼時候從一個立志有爲的皇帝變成一個荒怠的皇帝呢?又是什麼東西讓皇帝墮落得如此厲害呢?
雖然，按照晚明的一位名士夏允彝的說法，神宗怠於臨朝的原因，先是因爲寵幸鄭貴妃，後是因爲厭惡大臣之間的朋黨鬥爭。但是，學者們也以爲，神宗之怠於臨朝，還因爲他的身體虛弱的原因。當然，身體虛弱的背後，是酒色財氣的過度。
萬曆十七年(1589)十二月，大理寺左評事雒於仁上了一疏，疏中批評神宗縱情於酒、色、財、氣，並獻“四箴”。對皇帝私生活這樣干涉，使神宗非常惱怒。幸好首輔大學士申時行婉轉開導，說皇帝如果要處置雒於仁，無疑是承認雒於仁的批評是確有其事，外面的臣民會信以爲真的。最後，雒於仁被革職爲民。在處理這件事的過程中，神宗曾召見申時行等人於毓德宮中，“自辨甚悉”。
神宗對內閣大學士們說：“他說朕好酒，誰人不飲酒?……又說朕好色，偏寵貴妃鄭氏。朕只因鄭氏勤勞，朕每至一宮，她必相隨。朝夕間她獨小心侍奉，委的勤勞。……朕爲天子，富有四海之內，普天之下，莫非王土，天下之財皆朕之財。……人孰無氣，且如先生每也有僮僕家人，難道更不責治?”看來，神宗根本不承認雒於仁的批評。的確，明末社會好酒成風。清初的學者張履祥記載了明代晚期朝廷上下好酒之習：“朝廷不榷酒酤，民得自造。又無羣飲之禁，至於今日，流濫已極。……飲者率數升，定陵出土的皇后鳳冠
能者無量。……飲酒或終日夜。朝野上下，恆舞酣歌。”意思是說，明代後期對於酒不實行專賣制度，所以民間可以自己製造酒，又不禁止羣飲，飲酒成風。喝酒少的能喝幾升，多的無限量，日夜不止，朝野上下都是如此。神宗的好酒，不過是這種飲酒之風的體現罷了。神宗在17歲的時候，曾經因爲醉酒杖責馮保的義子，差點被慈聖太后廢掉帝位。
這件事他倒是承認。至於說到好色，神宗雖然似乎不及他的祖父，但卻一點也不遜色於他的父親。他在萬曆十年(1582)的三月，就曾效仿他的祖父世宗的做法，在民間大選嬪妃，一天就娶了“九嬪”。
而且，神宗竟然還玩起同性戀的勾當，即玩弄女色的同時，還玩弄小太監。當時宮中有10個長得很俊的太監，就是專門“給事御前，或承恩與上同臥起”，號稱“十俊”。所以，雒於仁的奏疏中有“幸十俊以開騙門”的批評。這一點，神宗與當初荒唐的武宗有一點類似。至於貪財一事，神宗在明代諸帝中可謂最有名了。他在親政以後，查抄了馮保、張居正的家產，就讓太監張誠全部搬入宮中，歸自己支配。爲了掠奪錢財，他派出礦監、稅監，到各地四處蒐括。
