黃宗羲雖然是著名的思想家，但是他的政治思想過於理想化，身在明朝，卻主張限制君權和設立丞相，從“民本”的立場來抨擊君主專制制度者，堪稱是中國思想啓蒙第一人。他的政治理想主要集中在《明夷待訪錄》一書中。
限制君權
《明夷待訪錄》一書計十三篇，該書通過抨擊“家天下”的專制君主制度，向世人傳遞了光芒四射的“民主”精神，這在當時黑暗無比社會環境下是極其難能可貴的。《原君》是《明夷待訪錄》的首篇。
黃宗羲在開篇就闡述人類設立君主的本來目的，他說設立君主的本來目的是爲了“使天下受其利”、“使天下釋其害”，也就是說，產生君主，是要君主負擔起抑私利、興公利的責任。對於君主，他的義務是首要的，權力是從屬於義務之後爲履行其義務服務的。君主只是天下的公僕而已，“古者以天下爲主，君爲客，凡君之畢世而經營者，爲天下也”。然而，後來的君主卻“以爲天下利害之權益出於我，我以天下之利盡歸於己，以天下之害盡歸於人”，並且更“使天下之人不敢自私，不敢自利，以我之大私，爲天下之大公”，“視天下爲莫大之產業，傳之子孫，受享無窮”(均見《原君》)。對君主“家天下”的行爲從根本上否定了其合法性。
黃宗羲認爲要限制君主的權力，首先得明辨君臣之間的關係。他認爲：“原夫作君之意，所以治天下也。天下不能一人而治，則設官以治之。是官者，分身之君也。”從本質上來說：“臣之與君，名異而實同”，都是共同治理天下的人。因此，君主就不應該高高在上，處處獨尊的地位。就應該儘自己應盡的責任，即爲天下興利除害。否則就該遜位讓賢，而不應“鰓鰓然唯恐後之有天下者不出於其子孫”。
至於爲臣者，應該明確自己是君之師友，而不是其僕妾，“我之出而仕也，爲天下，非爲君也;爲萬民，非爲一姓也。”如果認爲臣是爲君而設的，只“以君一身一姓起見”，“視天下人民爲人君囊中之私物”，自己的職責只在於給君主當好看家狗，而置“斯民之水火”於不顧，那麼，這樣的人即使“能輔君而興，從君而亡，其於臣道固未嘗不背也”，但同樣是不值得肯定的。因爲“天下之治亂，不在一姓之興亡，而在萬民之憂樂。”這就是黃宗羲的君臣觀。它對傳統的“君爲臣綱”，“君要臣死，臣不得不死”的封建綱常，無疑是一個有力的衝擊。
設立丞相
黃宗羲提出的限制君權的另一主張就是設立丞相。他認爲：“有明之無善政，自皇帝罷丞相始也。”這是因爲：
第一，“古者君之待臣也，臣拜，君必答拜”，彼此是平等的。“秦漢以後廢而不講。然丞相進，天子御座，在輿爲下”，還多少保持着主客的關係。現在罷除了宰相，就再沒有人能與天子匹敵了。這樣，天子就更加高高在上，更加奴視臣僚，更加專斷獨行，爲所欲爲。
第二，按照封建宗法制度的規定，天子傳子，但“天子之子不皆賢”;在這種情況下，幸賴宰相傳賢而不傳子，“足相補救”。可是在罷除宰相之後，“天子之子一不賢，更無與爲賢者矣”。這樣，勢必會給國家和人民帶來無窮的災難。
第三，廢除宰相後設立的內閣大學士，其職責只是備顧問以及根據皇帝的意旨批答章奏，內閣沒有僚屬，沒有力事機構，其事權很輕，根本不能與昔日的宰相相提並論，內閣既無實權，而天子又不能或不願處理政事，於是就依靠一羣兇殘的宮奴來進行統治，這就出現了明代爲害至深且巨的宦官專權。
黃宗羲提出設宰相一人，參加政事若干人，每日與其他大臣一起，在便殿與天子共同議政。章奏由天子批答，“天子不能盡，則宰相批之，下六部施行。更不用呈之御前，轉發閣中票擬”;閣中又繳之御前而後下該衙門如故事往返，使大權自宮奴出也。”此外，宰相設政事堂，下分若干房，分管天下庶務;“凡事無不得達”。設立宰相，是一種限制君權過分膨脹的有效措施。但它並不是責任內閣制。因爲皇帝仍然大權在握，仍然是名符其實的國家元首。
