軍戶的主要的義務，便是出一丁男赴衛所當兵，稱作正軍，其他的子弟稱作餘丁或軍餘，正軍赴衛所，至少要有一名餘丁隨行，以助其生活，由於軍戶負擔沉重，故多給有田地，且正軍免全部差役，而在營餘丁及原籍下的一丁亦可免差役，以保障其生活並供給正軍之生活。如影響所有民間祕密宗教的羅教創始人羅思孚，本是一名戍軍，後來找人頂替之後，才離開軍伍。
軍丁的分發地點，多以距離原籍地遙遠且分散的方式，以防止逃兵，但長途的跋涉加上水土不服，給役卒帶來不少痛苦。正軍服役於衛所，必須帶妻同行，以安定生活並生兒育女，每一軍人有房屋、田地，每月有固定的月糧，但實際情形則常分配不足，行軍時則發給口糧，衣裝則須自備，武器則由國家以工匠生產。軍士在營，分成守備和屯田二部分，比例不定，按時輪流，屯田固定上交糧食，以供給守備軍及官吏，其目標在養兵而不耗國家財力，但明宣宗以後，衛所官侵佔軍屯田地、私役軍士耕種之事，已經常發生， 這個目標漸難以達到。
一般正軍身死，即以戶中壯丁補充，但由於軍人生活困苦，逃兵甚多，洪武初年即有逃兵，至洪武三年十一月，逃亡者計47986人，因此有“根補”、“勾補”等方法。根補即抓回逃軍，勾補則由其戶中以丁補，但此舉既擾民又擾官，亦有軍官藉此貪污，迫害人民，使鄉里間痛苦不堪。而且逃兵有增無減。
正統三年(1438年)，逃亡官軍竟達1633664人 這時開始有募兵之舉。
正德十四年吏部尚書王瓊上疏：“天下都司衛所每歲差去勾軍官旗不下一萬六七千名，計所勾之軍，百無一二到衛。有自洪武、永樂年間差出，到今三十餘年，在外娶妻生子，住成家業，通同軍戶，窩藏不回。”
嘉靖八年，桂萼公佈天下兵籍，僅有兵士九十七萬。軍士的逃亡，除生活上的因素外，與其社會位的低落亦有關， 明初因需要武力，故較重視軍人，其後承平日久，武力不再重要，軍人地位就大爲降低，加上以罪犯充軍，使的軍人的形象更爲低下。嘉靖年間，有些衛所逃亡軍士達到在籍軍士70%左右。 至16世紀初，一些衛所的逃亡軍士已達其總數的80%，許多邊地駐軍只剩下一半。
嘉靖時期，邊患嚴重，急需兵力，朝廷改採募兵制。募兵不同於衛所軍，不世襲，來去相對自由。但由於募兵制破壞了早期衛守制“兵帥分離”的構想，內閣必須將兵權下放於將領，明朝無法完全掌控兵權，尤以戚繼光的“戚家軍”更爲有名，中央集權逐漸轉變成爲個別軍官所擁有的勢力。
