室町幕府，1336年(延元元年，建武三年)足利尊氏建立的武家政權。1392年之前有南北朝的對立，尊氏與直義的對立等，到第三代將軍足利義滿時政權才穩定下來。由強大的守護大名任"管領"等要職，輔佐將軍。在8代將軍足利義政任期內應仁之亂與細川政元的政變之後，日本各地大名豪族互相征伐兼併土地，不再聽從幕府號令，幕府勢力衰弱，1573年(天正元年)，第十五代將軍足利義昭被織田信長驅逐，幕府滅亡。
以1336 年11 月7 日公佈的《建武式目》爲標誌，拉開了足利幕府的統治序幕。《建武式目》是當時調整道德行爲的一種規範，它的很多條款在一定程度上反映了當時各階層人民的要求，爲足利氏能夠最終擊敗南朝奠定了基礎。幕府成立後，曾先後控制南朝勢力，平定接踵而來的"土岐氏之亂"(1391 年)與"明德之亂"(1391 年12月)。但幕府內部就如何對待皇室、貴族等政策方面發生分歧。足利直義與幕府執事高師直之間的矛盾與鬥爭越演越烈，以致於1350 年2 月足利直義背叛北朝，投奔南朝。1351 年1 月，直義率南朝軍大敗北朝軍。2 月足利尊氏與直義兄弟和好。不久又因關於南北統一的主張不同，兄弟再次反目。1353 年2月，尊氏在鎌倉殺死了直義。1358 年4 月，足利尊氏病故，同年12 月，足利義詮任幕府第二代將軍。
1367 年11 月，足利義滿就任第三代將軍。而日本真正得以樹立稍微安定的政權，是在1392 年足利義滿統一南北朝之後。
義滿執政後，對社寺勢力進行抑制，尤其是對實力較強的守護，不失時機地給予打擊。1390 年削弱大守護土岐氏勢力，1391 年鎮壓了山名氏勢力，1399 年平定了擁六國守護之職的大內氏勢力等。在此期間，義滿促進了南北的統一。
1467 年，圍繞將軍繼承問題，幕府內部形成分裂，細川氏與山名氏兩大名的傾軋白熱化。以細川勝元爲統率的16 萬東軍挾天皇、將軍與以山名持豐、大內政弘爲首的11 萬西軍在京都展開大戰。勢均力敵的兩支大軍經過十一年的持久戰，難決雌雄。及至勝元、持豐兩氏相繼病死，政弘返回周防，雙方部隊纔開始撤去。長期的戰爭使得當時的京都百瘡千孔，荒蕪人煙，一些巨剎、邸宅多數爲戰火所毀。公卿們因爲不堪生命之危險與經濟之困窘，大多逃離京都，避難於地方。至此幕府權威完全掃地。當時的將軍義政無意於政治，不僅在戰亂中大興土木，營造別墅銀閣寺，還在戈矛聲中飲酒作樂，過着風雅生活。其子義尚繼位後，曾想重整幕府威勢，卻於親征近江的六角高賴時陣亡。於是幕府之勢已是風前之燭，岌岌可危名存實亡了。
行政
室町幕府在行政方面由將軍總理一切政務。其下設"管領"，以輔佐將軍，一般由足利氏一族的斯波、細川、畠山三氏輪流擔任，謂之"三管領"。管領之下有侍所、問注所，政所等機構，而以侍所最爲重要。
侍所的首長稱"所司"，由山名、一色、京極、赤松四氏擔任，謂之"四職"，負責御家人的統治與行政訴訟。"問注所"的首長稱"執事"，此機構除保管幕府的記錄、文件外，也負責文書的誤謬、僞證以及證件遺失等訴訟的審理工作，執事由三善氏子孫世襲。政所首長也稱"執事"，此機構與鎌倉幕府的政所有所區別，它只主持幕府財政，審理有關買賣、借貸、質押等方面問題。最初執事一職由二階堂氏擔任，後來則由伊勢氏世襲。雖有"執事代"輔佐，但伊勢氏卻又別置"政所代"，使之負責實務，由蜷川氏世襲這一職位。此外又與前代一樣設有"平定衆"、"引付衆"。地方上，在鎌倉方面設有"關東御所"，其下有"關東管領"。關東御所原由尊氏長子義詮負責，後來改有次子基氏及其子孫世襲。除守護由將軍任免外，其它關東方面的事物均委諸"關東管領"。關東御所下設有"關東管領"、"平定衆"、"引付方"、"政所"、"問注所"、"侍所"等，幾乎與幕府相同。在九州設有"九州探題"，東北地方設有"奧州探題"和"羽州探題"。
與鎌倉幕府一樣，在諸國置"守護"和"地頭"，惟其性質兩者有異。鎌倉幕府的守護與地頭都是幕府將軍的御家人，兩者之間形成主從關係。室町時代守護大多由足利氏同族和有力家臣擔任。他們一方面擁有裁判訴訟、處理無主田地、徵收稅款、催促兵役的權利，同時不斷侵吞莊園，將領國的國人變成自己的家臣團，逐漸發展爲守護領國的守護大名。
