數百年來，日本京都一直是政治和經濟中心，當然各種重要的資訊也在京都地區彙集。而在鎌倉，則無法獲得如此之多的資訊。對於追隨足利尊氏的武士們而言，京都雖然是一個極爲重要的地區，但相比鎌倉來說，武士們認爲還是鎌倉比京都要好。最爲關鍵的，幕府一直以來都是在鎌倉，大家早已熟悉。
在這個問題上，大部分武士都認爲武家政權應該建立在鎌倉，效仿源賴朝即可。不過足利尊氏及部分武士認爲，應該要把幕府建立在京都。除了上文所說的原因外，武士必須要學習足夠的技能，爲自己成爲統治者最好準備。
在這個問題上，武士們分成兩派。反對在京都建立幕府的，是以足利尊氏的弟弟足利直義爲主的鎌倉派。而足利尊氏自然是京都派。後世認爲，室町幕府在初期實行的是二頭政治。足利尊氏掌握主從制的支配權，而足利義直則擁有統治權。
在1336年11月7日，足利尊氏制定《建武條目》，提出了幕府的方針。這個方針主要目的還是爲了得到以足利義直爲主的鎌倉派的理解。也就是說，足利尊氏承認鎌倉對於武士的重要意義，承認鎌倉派的主張是有依據。不過，前往京都建立幕府是順應民心之舉。
足利直義和其支持者很早就主張，足利氏應該要繼承鎌倉幕府，並且和京都朝廷斷絕一切關係，在關東地區建立武家政權。不過，足利尊氏壓制了這種主張。足利尊氏明白鎌倉對於武士的影響，以及滅亡的鎌倉幕府在鎌倉地區獲得的功績。《建武條目》中，對於這些給予了承認。在《建武條目》中明確記錄：北條義時奠定了鎌倉武家政權的基礎，北條義時的兒子北條泰時鎮壓了承久之亂，我們應該拜兩人爲師。
不過，足利尊氏和足利直義這兩位兄弟的關係出現了裂痕，畢竟權力分散是難以持久的。而高師直則是進一步加劇了兩人的裂痕，造成兄弟對立。足利直義主張與傳統權威合作，保證穩定。而高師直則是傳統權威的叛逆者。這造成了雙方水火不容，進而引發了觀應之亂的爆發，日本在繼南北朝發生後，再次分裂成對立的兩派。
這場室町幕府的內亂，最後以高師直和足利直義喪命這場內亂纔算結束。不過室町幕府的內亂結束，但日本仍然處於南北朝中，足利尊氏一生都處於戰亂中，在他身故後，南朝的抵抗仍然沒有結束。
京都清水寺保存着一份足利尊氏的親筆文書，通過這份文書我們可以看到足利尊氏爲殘酷的現實及其苦惱的心聲：“願即遁世”、“不求今生果報，唯願後生佑助”。也就是說，足利尊氏希望早日與現世斷絕聯繫，不求現世幸福，只求來世保佑。從這裏也可以看出，身爲統治者的足利尊氏，對於當時日本的現狀極度悲觀的態度。
最後，足利尊氏仍然在京都建立了武家政權。這必然會與京都的公家產生不和，畢竟天皇家的分裂和南北朝的動亂和武家有關。特別是南朝的建立，是足利尊氏一手促成，被人怨恨也是理所應當之事。因此，足利尊氏在後世的名聲並不好，被冠以“逆臣”的惡名。
