早期經歷
1147年四月八日，源賴朝出生於尾張國熱田(今愛知縣名古屋市熱田區)，是源義朝三男。幼名“鬼武者”，或者是“鬼武丸”。母親是熱田神宮大宮司藤原季範的女兒由良御前。1158年，源賴朝任皇后宮權少進。
1159年，源賴朝十三歲。這年陰曆十二月，日本發生了平治之亂。以後白河上皇爲靠山的平氏，擊潰了藤原信賴和源氏。源賴朝的父親源義朝在事變中戰死，源賴朝也因隨父參與了戰亂，而被獨自流放到荒涼的伊豆半島的蛭小島。平治之亂以後，平氏武士集團的首領平清盛，平步青雲，躋入朝廷公卿之列，官至太政大臣，“平相國禪閤諮管領天下。”不僅平清盛本人榮任高官，而且平氏一門也都竊據了要職。“平治亂逆以後，天下之權偏在彼私門，長女者，始備妻後，續而爲國母，次女兩人，共爲執政之家室，長婿重盛，次男宗盛，或升丞相，或帶將軍，次二子息，升進恣心，凡過分之榮幸，冠絕古今者軟。”在二十年流放生活期間，與北條時政之女兒結婚，受到保護。
1180年，已是源賴朝流放伊豆的第二十一個年頭了。這二十餘年的伊豆流放生活，對源賴朝的性格產生了不可忽視的影響。平治之亂把他遠遠地拋到政治旋渦之外，作爲兩雄爭鬥的犧牲品，而被流放到政治和經濟落後的伊豆半島，長期過着冷寞、孤獨的生活。加上政治上的挫折和不得志，養成了他堅韌的忍耐力和強烈的復仇精:神。他身居地方，非常清楚地看到了社會上對平氏的廣泛不滿，深深體會到民力的不足和百姓的飢苦，也深知地方武士的苦衷和所求。他密切注視着平氏的動向，冷靜而周密地分析形勢，清楚地認識到平氏政權已如大廈將傾，堅信“凡此二三年，彼禪門及子孫可擊敗之”。
源平合戰
1180年四月，源賴朝奉皇子以仁王之命，打着“以仁王令旨”的旗號，聯合源氏各系子孫起來討平，但不久失敗，後渡海逃往安房。平清盛下令徹底消滅源氏，並要發兵伊豆，滅掉源賴朝，以解除心頭之患。在這種形勢下，源賴朝毅然舉兵討平。源賴朝從伊豆起兵之後，在軍事上並不是常勝將軍，也吃過敗仗。最慘的一次是1180年陰曆八月的石橋山之戰。他以三百騎兵力，與平氏武將大庭景親三千騎兵力正面對峙，結果遭慘敗，兵力所剩無幾，“遁入山中”。這次失敗，對源賴朝的教訓頗大。從日後的多次戰役中可以看出，他吸取了這次失敗的教訓，即在沒有充分準備的前提下，儘量避免與敵進行正面攻堅戰。從源氏與平氏的幾次大決戰過程中，源賴朝的戰略戰術思想是戰略上求穩，戰術上求快，不打則己，一打必勝。
1180年陰曆十月的富士川之戰。這是源賴朝舉兵後的關鍵一戰。這時，雖然源賴朝的兵力已相當龐大，軍隊的戰鬥力也勝於平氏軍，但是源賴朝並沒有輕敵。在正面擺出決戰態勢的同時，採取迂迴包抄戰術，令武田信義率軍在夜深入靜之時，包抄敵後。武田軍通過富士沼澤地時，驚動了羣集在沼澤地裏的水鴨，羣鴨驚恐，鳴叫亂飛，“羽音編成軍勢之壯”。平氏軍突聞源軍自背後襲來，嚇得失魂落魄，慌忙逃竄，源氏軍不戰而勝。這次戰役的勝利，太大削弱了平氏的威勢，平清盛在失敗中一病不起，於翌年陰曆二月一命嗚呼。源賴朝相繼佔領房總、武藏、相模等地。1180年陰曆十月，源賴朝進京，朝廷任命他爲權大納言兼右大將職。12月，源賴朝離京返回鎌倉。稱“鎌倉殿”，同時，源賴朝爲統一管理御家人建立了侍所。
1183年，源賴朝建立東國政權，同年朝廷頒佈《壽永宣旨》，承認其在東部之統治權。與進入京都的武將源義仲和西國的平氏對立。1184年派其弟源義經率軍西征，討滅源義仲。次年，源義經發動經壇之浦之戰消滅平氏。同年，源賴朝以追捕與院政接近的兄弟源義經爲由，在各地設置守護、地頭職。可是，隨着賴朝勢力的擴展，有許多行政和司法事務要處理，那麼建立相應的家政機構，便提到日程上來了。並於1184年陰曆十月六日，正式建立了公文所，負責處理行政事務。由大江廣元任別當，中原親能任次官，藤原行政、藤內遠元、甲斐四郎、大中臣秋家等爲寄人(評議)。二十日，成立問注所，負責“諸人訴訟”的裁訣，由三善康信任執事。
討滅平氏
1184年爆發了一谷之戰。隨着源氏勢力的發展，平氏退據關西，企圖以四國的屋島爲根據地，控制瀨戶內海。陰曆二月，平氏更集數萬騎軍兵，扼守攝津與播磨交界的一谷要地(今神戶市須磨區)，妄圖拒源氏軍於關西門外。四日，源平兩軍對陣。平氏佈陣于山之西，源氏佈陣于山之東，“相隔三裏行程”。一谷後山名鵯越，“石巖高聳而駒蹄難通，澗谷深幽而人跡已絕”。源義經挑選了七十餘勇士，攀越鵯越，奇襲平氏軍指揮部，致使平氏軍失去指揮核心，“失商量敗走，或策馬出一谷之館，或掉船赴四國之地”。
1185年陰曆三月，又進行了壇浦之戰。一谷之戰失敗後，平氏以瀨戶內海爲中心，重振實力。爲了最後消滅平氏勢力，源氏開始佈置與平氏的決戰。首先於1184年陰曆九月，源範賴率軍從陸路西進，採取大迂迴的戰術，以圖切斷平氏退據九州的後路。範賴軍歷經飢餒、困苦，1185年陰曆二月終於在九州地方豪族的支持下，渡海抵豐後(今大分縣)，象一把尖刀插入敵後。與此同時，源義經進軍四國。十七日，源氏軍在源義經的率領下冒雨從攝津的渡部津(今大阪市)渡誨，登上屋島，從背後奇襲平氏軍。平氏軍狼狽逃竄，最後退至彥島。這樣，平氏軍便處在源義經、源範賴兩軍的前後夾擊之中。陰曆三月二十四日，源、平在長門國赤間關壇浦海面相逢。平氏以五百餘艘戰船，向源氏軍挑戰，源氏軍在源義經的率領下，一舉殲滅了平氏軍，取得大勝。平氏將帥多沉沒海底。
壇浦決戰之後，源賴朝在軍事上取得了決定性勝利。源賴朝自1180年陰曆八月伊豆舉兵，至1185年3月壇浦決戰，徹底消滅平氏，前後只歷經五年。此後，擺在源賴朝面前的課題是，如何在鞏固軍事戰績的基礎上，在政治、經濟方面真正確立領導地位。許多歷史事實表明，作爲武士世家後裔的源賴朝，要獲得各地武士們的暫時歸附和支持，是比較容易做到的，但是維持長久，並在全國確立源氏的統治，並不是輕而易舉的事情。同樣出身於武士世家的平清盛，也曾得到過廣大武士的支拌，憑此而步入政治舞臺，但是不久就曇花一現，衰落了。源義仲的武威不亞於平清盛和源賴朝，起兵之初也頗得地方武士的支持，但由於缺乏治政才能，也迅速地從歷史舞臺上消失了。
安定秩序
1185年陰曆十一月，由源賴朝提出，經院廳批准，在朝廷建立“議奏”制。以右大臣藤原兼實爲首的十名議奏，都是由賴朝推薦的、與鎌倉方面關係密切的貴族。同月，大江廣元建議源賴朝設置守護、地頭。賴朝十分認可，立刻派北條時政前往京都，正式向院廳要求實行以下措施：(一)“諸國普遍設置守護、地頭”，(二)“不論權門勢家莊(園)、公(領)、可宛課兵糧米(每段五升)”。源賴朝的上述要求，院廳第二天就同意了。這是一件極爲重大的事件，朝廷貴族得知此事，心情十分沉重，說“分賜五畿、山陰、山陽、南海、西海諸國，不論莊公、可宛催兵糧，非啻兵糧之催，皆可知行田地”，其含意之深，“非言語所及”。 [7] 源賴朝在十二月六日也曾寫信給朝臣九條兼實，敘及設置守滬、地頭的用意，是因爲當時尚有謀叛之輩，他們常常煽動武士，無端鬧事。爲防止發生不測之事，決意設置守護、地頭。
雖然由於受到豪強貴族的抵制，派遣守護、地頭的地區一度受到了限制。但隨着源賴朝勢力的發展和鞏固，這一制度最後還是被推廣到全國。守護是源賴朝派到各地國衙內的政治代表，由有勢力的御家人擔任。其主要職責是：鎮壓管轄範圍內的反叛者、兇殺者，一身兼有檢察、司法、軍事大權;管理所轄範圍內的武士，組織他們輪番到京都股“大番役”;管理所轄範圍內的神社、寺院、交通道路等行政事務。然而守護卻常越出上述職權範圍，侵犯國衙的權力。他們以維持治安爲名，不斷地向公私莊領滲透。地頭是源賴朝派駐莊園的政治代表。由御家人擔任。他們擁有警察權、徵稅(年貢、兵糧米)權，以及管理土地權。守護、地頭直接受命於源賴朝。守護地頭制的確立，標誌着源賴朝統治的鞏固和加強。他通過守護、地頭制，一方面有效地控制了各地武士，防止亂謀的發生，另一方面把自己的勢力伸入公私莊園，不僅保證了軍事需求的供給，而且更是以強大的武力爲支柱，在經濟上對貴族、豪強加強了限制。
受封將軍
1186年，源賴朝寫信給議奏藤原兼光，暢述他建議設立議奏的用意。他說設置的目的，是“抽兢戰之誠，可令興行善政”。他要求各議奏“諸事當行正道”，“天下之政道者，依羣卿之議奏”，你們應當“無私不諛”。凡違及社會安定之“亂端之事”，“縱雖是敕宣院宣”，也應“再三覆奏”，知而不奏，則“定非忠臣之禮”。充分表露了賴朝對議奏的看重。其後，賴朝還支持藤原兼實與皇室結親。
1190年正月，兼實之女入宮，四月立爲後鳥羽天皇的中宮。賴朝對兼實說：“今日雖法皇掌政，不思萬事，但一旦法皇去死，即是後鳥羽天皇治政之日”，可見賴朝的用心之苦。他通過朝廷內部的親鎌倉勢力來控制皇室的做法，比之平氏等直接操縱朝政，確實要高明得多。
爲適應形勢發展，賴朝開始整頓統治機構，1191年正月，將公文所改組爲政所，設別當、令、案主、知家事四級官吏，由大江廣元繼任別當，藤原行政爲令，藤井俊長爲案主，中原光家爲知家事。與此同時，充實問注所和侍所，問注所執事仍由三善康信繼任。侍所設別當、所司、公事奉行等職，仍由和田義盛任別當。此外，還設置了京都守護、鎮西奉行及奧州總奉行等職。源賴朝的上述行政機構的整頓，標誌着鎌倉武士政權組織機構的完善。1192年陰曆三月，後白河法皇突然死亡，藤原兼實控制了朝政。七月，朝廷正式任命賴朝爲徵夷大將軍 。1198年十月參加相模川橋落成典禮後，歸途中從馬背跌下，從此一病不起，1199年正月(公曆2月9日)去世。
