在中國古代，宗族羣體早於專制皇權而存在，古老的宗法制度就是以宗族的存在爲前提的。但是，宗族在對土地和對勞動者的封建佔有條件下迅速發展，則是專制皇權出現以後的事。專制皇權不認識這是必然的趨勢，也不認識這種發展終將與自己的利益一致，所以每當一個新的發展階段的開頭，總是企圖抑制這種發展。西漢打擊豪強，東漢實行度田，都是抑制措施。但是宗族依社會經濟的自發進程而發展，皇權終於無力阻止。東漢政府在法律上，在租賦兵徭制度中，雖然對此沒有正式承認的意向表示，但是對於家族擴充田莊，佔有佃客的現象卻是默認了的。曹魏的租調製，徵收戶調以戶爲準而不計人丁，爲承認宗族庇廕勞動人手的特權留下了餘地，是制度上行將出現重大變化的先聲。西晉的蔭客制度和東晉的給客制度，可以說是對宗族的這種特權正式予以法律承認。專制皇權畢竟有其相對的獨立性，要保護自己的存在，所以在承認中還包含着數量上的限制，雖然數量限制在以後的年代總是不斷地放寬。皇權與宗族，兩者關係中相沖突的一面逐漸緩和，相依存的一面則日益顯露。儘管如此，緩和總不是衝突的完全消除，依存也非兩者的完全一致。關於這個問題，我在《秦漢魏晉南北朝人身依附關係的發展歷程》一文[1]中有所分析，可以參看。
宗族的發展在經濟上與專制皇權所形成的矛盾，總是或多或少地存在着。但是隻要皇權比較穩定，宗族在政治上一般說來還是願意效忠皇權。他們傾向於把自己的宗族利益寄託於一姓皇朝。他們是這一時期知識階層的主體，也是皇朝官員的主體。如果皇朝穩固，宗族的發展就沒有多少風險，總是順當一些;反之，如果皇朝紀綱不立，政局不穩，動亂頻仍，宗族也會受到挫折，得不到一帆風順的發展條件。所以東漢宗族雖然社會影響很大，但對於朝廷並不敢輕啓覬覦之心。和帝以後皇權政治出現異常現象之時，公卿大夫面折廷爭，布衣之士私議救敗，都是爲了恢復正常的皇權政治秩序。甚至東漢瓦解，董卓入京，開頭也只得“沙汰穢濁，顯拔幽微”(《三國志·蜀志·許靖傳》)，表現爲整飭朝綱，延續漢祚，而不是急於取而代之。當漢已不漢之時，曹操力葛羣雄，廣延名士，以自壯大，然猶“畏名義而自抑”(《通鑑》建安二四年條司馬光語)，只敢自況於周文王。由於宗族有擁漢的潛在力量，所以皇權易姓並不是容易實現的事情。
以東漢爲例，我們可以這樣認爲：宗族處在皇權的控制之下，如果皇權穩固，他們是皇權的支撐者;如果皇權式微，他們便力圖匡復;如果皇權已經瓦解，迴天無術之時，他們就會理所當然地成爲新的皇權的角逐者，但也不敢彰明較著地進行角逐。如果角逐者不是強大的宗族代表，因而不得不另有標榜的話，他們實際上也是儘可能地團結強大宗族，爭取支持，甚至自身也會出現轉化，逐步成爲強大宗族的代表。戰勝了袁紹的曹操，就是這樣。
角逐的勝利者組成新的皇權。皇權穩固下來以後，它與宗族之間又會出現上述的關係。曹魏政權有點特殊，它並未等到真正穩固下來，就被強大的宗族司馬氏取代了。不過，晉之繼魏，猶漢之繼秦，亦猶唐之繼隋，既有損益，又是一脈相承。帝姓換了，政治格局依舊。從這個意義上說，魏和西晉可視爲一個歷史階段。這是古代社會大動亂後迴歸穩定時常有的反覆現象，與階層的變動恐怕不一定有直接關係。陳寅恪先生在《書世說新語文學類鍾會撰四本論始畢條後》一文中，從袁紹、曹操交爭看到社會階層高低差別的實質，這是他識見卓越之處。但是陳先生將這一階層差別的分析一直貫串到幾十年後的司馬氏和曹氏之爭之中，而忽視了昔日較低社會階層代表的曹氏勢力業已轉化爲皇權這一極爲重要的事實，因而他對曹馬黨爭的分析，就顯得有些牽強，似不盡符合歷史實際。這一問題離開了本書主旨，這裏不多作探討。
從理論上說來，在皇權政治格局下，不但宗族力量處在皇權控制之下，而且一切其它力量都處在皇權控制之下，不可能與皇權平行，更不可能超越皇權。甚至東漢宦官外戚擅權，也只能視爲專制皇權發展到空前強大水平而出現的皇權旁落現象。掌握了皇帝(通常是嬰幼的或弱智的皇帝)，等於掌握了一切權力，因而弄權者得以假皇帝之名行事。這只是對皇權的竊取，而不是對皇權的否定。與之相應的政治現象，則是宮廷陰謀不斷，多數是擁立或廢立之爭，爭則大開殺伐。而且勝利者很難長久維持權力。這仍然是皇權政治而不是其它。世家大族爲維護皇權的正常運轉而與宦官、外戚鬥爭，受到外戚、宦官的重大打擊，但結果是更擴大了世家大族的政治影響。這又是一種辯證的關係。
曹魏時期，士族在曹馬之間各屬一方，以學術助長政治紛紜。司馬氏代魏，他們悉歸於晉。西晉時期，士族在政治舞臺上發揮的作用，比過去顯著，但也還不足以超越皇權和司馬宗室之權。直到八王之亂，士族名士仍然只能算是西晉諸王的附庸。甚至王與馬的結合，起先也只是士族名士王衍依附於西晉的東海王司馬越，助司馬越經營洛陽朝廷。王與馬的結合發展到了江左，權力結構才發生變化，門閥士族勢力得以平行於皇權或超越於皇權。皇權政治從此演化爲門閥政治，竟維持了一個世紀之久。這是皇權政治的一種變態，是皇權政治在特殊條件下出現的變態。
西晉琅邪王司馬睿，本來不具備在江左運轉皇權的條件。司馬睿在晉室諸王中既無威望，又無實力，更無功勞，如果不借助於門閥士族的扶持，根本沒有在江左立足的餘地。此外，他在司馬皇室中並沒有堅強的法統地位，與西晉武、惠、懷、憨的皇統疏而又疏。而長安一隅，愍帝所奉晉室正朔還在，這個時候，只有門閥士族的砝碼，才能增加司馬睿的政治分量。除了王導兄弟已偕來江左，追隨司馬睿以外，其他作爲中朝東海王司馬越府掾屬的衆多士族名士，也紛紛渡江，他們恰好爲司馬睿提供了這種有分量的法碼，因而江左門閥政治格局才能水到渠成。
司馬睿固然需要南渡士族的支持，南渡士族也需要司馬睿政權的保障。這同樣是政治條件使然。兩晉之際，胡羯交侵，民族危機驟現。南渡士族既是晉室臣民，以避胡羯侵凌晉室而南渡，自然不會也不可能捨棄晉室而另立新朝。他們只有奉晉室正朔，擁晉室名號，纔是保全自己家族利益的最好辦法。既然武、惠、懷、愍的皇統已沒有合法的繼承人，既然愍帝只是苟延殘喘，發發可危，據有江左地利條件的司馬睿自然成爲他們矚目的對象。這是司馬睿得以繼承晉統的有利條件。司馬睿明白自己的有利條件，也明白自己的不利條件。所以他權衡形勢，必須等待關中的愍帝被俘，北方抗拒胡羯的華夷人士聯名勸進再三之後，才答應先以晉王名義居位，然後再作皇帝。有了士族支持，有了華夷勸進，其他武力事功之臣也就跟着靠攏過來，不敢心存覬覦而甘冒不韙。這樣就形成了皇權與士族結合的門閥政治的較爲廣闊的社會基礎。不過皇權與士族畢竟是兩回事，它們之間從來不是交融無間。元帝正位時佯作姿態，引王導同登御牀，並不是王與馬完全協調一致的表現，它只是表明王馬之間，也就是士族與皇權之間的關係，由於特殊的原因，暫時處於不平常和不正常的狀態。
南渡士族都是亡官失守之士，有其迫切的家族利益急待追求。首先，他們要庇託有所，腳跟能夠立定。他們固然要保全司馬氏的皇朝，使司馬皇朝能對南渡士族起庇護作用，但絕不樂意晉元帝真正發揮皇權的威力來限制他們。而從晉元帝方面說來，與士族共有神器，畢竟不是他所心甘的。所以，要穩定共天下的政治秩序，要取得皇權與士族的平衡和士族之間的平衡(這裏又包括僑姓士族與吳姓士族的平衡和僑姓士族各門戶之間的平衡)，還需要經過一場政治傾軋和實力較量才行。於是我們看到，有晉元帝重用劉隗、刁協以抑王氏兄弟之舉，由此又引出王敦與執政王導勾結，以南人錢鳳、沈充爲援共叛晉室之舉。
王敦叛亂兩次舉兵，牽動的矛盾並不全同。王敦一叛，以“清君側”即反對劉隗、刁協爲名，得到士族的普遍支持，這說明士族在東晉的特殊地位和特殊權益，是不容皇權侵犯的。王敦再叛，欲取代司馬氏而獨吞江左，以士族共同反對而告失敗，這說明司馬氏皇權也不容任何一姓士族擅自廢棄。歷史的結論是，只有皇權與士族共治天下，平衡和秩序才得以維持。所以，本來只是兩晉之際具體條件下形成的“王與馬共天下”的暫時局面，就被皇權與士族共同接受，成爲東晉一朝門閥政治的模式。此後執政的庾氏、桓氏、謝氏，背景雖各有不同，但都不能違背這一結論，企圖違背的人，都未能得逞。因此，王與馬、庾與馬、桓與馬、謝與馬共天下的格局延續多年，始終沒有大的變動。
淝水戰後，形勢出現了重大變化。其時士族勢力已經大不如昔，東晉政權也成爲枯木朽株。孝武帝所作重振皇權的努力，功效甚微而觸發的矛盾卻很複雜。門閥政治的格局，以太原王氏兩支各自憑藉後黨妃黨的地位，交鬥於主相之間而呈崩壞之勢。孝武帝死後，破壞門閥政治的代表人物，是執政的皇室人物司馬道子、司馬元顯父子;而門閥士族的代表人物，則是原爲孝武帝親信而居徐州京口之任的太原王氏王恭，以及上游的殷仲堪與桓玄。
王恭起兵敗死後，桓玄併吞殷仲堪等上游兵力，進駐建康，消滅了司馬道子父子的勢力。如果桓玄處置適宜的話，這本來是重振門閥政治的一個時機。都下重要的門閥士族人物，幾乎都支持桓玄，接受了桓玄的官職。《通鑑》元興元年(402年)謂“玄初至，黜奸佞，擢俊賢，京師欣然，冀得少安。”《世說新語·文學》還說其時泰山羊孚從京口詣玄，致箋讚頌曰：“明公啓晨光於積晦，澄百流以一源”，桓玄即用爲記室參軍[2]。但是桓玄走得太遠，不旋踵而代晉立楚，破壞共天下的局面。對此，門閥士族自有其不安之處，但亦未見有多表現，我們只知羊孚曾堅持異議。《世說新語·傷逝》：“桓玄當篡位，語卞鞠(卞範之)雲‘昔羊子道(羊孚)恆禁吾此意(案此時羊孚新喪)’”，云云。羊孚禁桓玄篡晉，可能反映了怯懦的門閥士族的共同心願，但並無實際作用。真正有力量反對桓玄此舉的，是北府將孑餘的劉裕。《宋書》卷一《武帝紀》劉裕語何無忌曰：“桓玄必能守節北面，我當與卿事之;不然，與卿圖之。”
看來，都下的門閥世族對桓玄的態度，頗似昔日他們之對待王敦。迎桓玄入都並與之合作，意在去司馬道子父子的專擅而長門閥士族的威風;阻桓玄稱帝立楚，意在維持門閥士族與司馬氏共治而防桓玄獨吞江左。江左之初，諸門戶與王敦關係，正是如此。這是門閥政治在權力分配上所必需的。君以此始，亦必以終。不同的是，王敦一叛再叛，門閥士族不但直接表示了意見，而且也採取了有力的行動，即贊同其清君側之舉而用兵力阻止其篡晉之謀，態度明朗，反映門閥士族力量強大，足以有所作爲;桓玄興師入都及後來廢晉立楚，門閥士族贊同其消滅司馬道子父子勢力而未敢公然阻止其篡晉，態度暖昧，反映門閥士族的虛弱，喪失了舉足輕重的力量。
劉裕驅逐了桓玄，使桓玄的起落成爲東晉門閥政治的一次回光反照。昔日決斷機樞的門閥士族，一般都無所作爲，從王謐奉璽冊於桓玄開始以至南朝之末，在改朝換代之際總是隨例變遷，無復秦楚。與之相應，東晉統紀由次等士族劉裕恢復以後，重建士族與司馬氏共治的門閥政治局面是再也不可能了。不過次等士族收拾殘局，代晉建宋，格於各種原因，也並非可以一蹴而就，還需要相當準備，還得有一個過程。東晉義熙政局就是這樣一個過程，其歷史內容，無非是爲門閥政治迴歸皇權政治準備必要的條件。
