政治
追尊諡號與平反殉難諸臣
朱由崧即位後於三月上明熹宗懿安皇后諡號孝哀慈靖恭惠溫貞偕天協聖悊皇后，六月追封祖母鄭貴妃爲孝寧太皇太后。父福恭王朱常洵爲貞純肅哲聖敬仁毅恭皇帝(後改諡孝皇帝)，立廟於南京，墓園稱熙陵。上嫡母鄒氏尊號爲恪貞仁壽皇太后。生母姚氏爲孝誠端惠慈順貞穆符天篤聖皇太后。贈洛陽城陷時遇害的胞弟潁上王朱由榘(矩)爲潁王，諡曰衝。六月上崇禎帝廟號爲思宗(弘光元年二月改上廟號毅宗)，諡號紹天繹道剛明恪儉揆文奮武敦仁懋孝烈皇帝;上崇禎帝周皇后諡號孝節貞肅淵恭莊毅奉天靖聖烈皇后。七月追復懿文太子廟號興宗，諡號和天敬道憲懿勤敏淳文度武明仁慈孝康皇帝。興宗皇后常氏爲孝康皇后。追上建文帝廟號惠宗，諡號嗣天章道誠懿淵功觀文揚武克仁篤孝讓皇帝。惠宗皇后馬氏爲孝愍溫貞哲睿肅烈襄天弼聖讓皇后。追上景泰帝廟號代宗，諡號符天建道恭仁康定隆文布武顯德崇孝景皇帝。代宗皇后汪氏爲孝淵肅懿貞惠安和輔天恭聖景皇后。
九月初三，朱由崧下令爲北京殉難諸臣上諡號，文臣二十一人、勳臣二人、戚臣一人。隨後又給郢國公馮國用、宋國公馮勝、濟國公丁德興、德慶侯廖永忠、長興侯耿炳文等開國功臣追上諡號;給方孝孺、齊泰、黃子澄、陳迪、景清、卓敬、練子寧等建文朝死難諸臣，蔣欽、陸震等正德朝死諫諸臣，左光斗、周朝瑞、周宗建、袁化中、顧大章、周起元等天啓朝死璫難諸臣上諡號。
人事安排
就任監國之後，朱由崧依照廷臣會推，任命原南京兵部尚書史可法爲東閣大學士兼禮部尚書，入閣辦事;馬士英加東閣大學士、兵部尚書、右副都御史銜，仍任鳳陽總督。不久又以原詹事府詹事姜曰廣爲禮部左侍郎，與原禮部尚書王鐸，二人兼東閣大學士入閣辦事。以張慎言爲吏部尚書，召劉宗周爲都察院左都御史，其他衙門官員也先後作了安排。按照史可法、高弘圖、張慎言等人的意向是儘量讓“正人”佔據要津，使朝廷建立之始有一番新氣象。
黨爭
朱由崧登上了皇帝的寶座，但朱由崧是萬曆鄭貴妃之孫，鄭貴妃是晚明東林黨的政治宿敵，朱由崧即位挫敗了東林黨人士擁立潞王朱常淓的計劃。圍繞帝位的勾心鬥角，並沒有就此平息。弘光立國一年之內，先後發生了“妖僧”大悲案、太子案、“童妃案”三大案。這三個案件表面上是孤立的，互不相涉，卻都貫串着對朱由崧繼統不滿的政治背景。參見：南渡三案
軍事
弘光政權的基本國策以“聯虜平寇”爲主。南明的對手有兩個：大順的農民軍與滿清。南明不能雙拳並擊是很明白的，不是聯寇抗清，就是“聯虜平寇”，二者必居其一。弘光政權則是採取聯虜平寇的政策。史可法與馬士英都是“聯虜平寇”方針的贊決者。正是這一方針導致了弘光政權的土崩瓦解。
財政
弘光朝廷擁有淮河以南遼闊的地盤，在北都覆亡以前，明朝廷每年要從江南各地蒐括大量糧食、銀錢、布帛等財物，彌補北京宮廷、諸多衙門以及九邊龐大的耗費。按理說，北方各地既已相繼淪沒，分屬大順和清方，弘光朝廷在財政上應該是綽有餘裕的，百姓的負擔至少不應加重。實際情況卻並不是這樣。由於豢養大批只知禍國殃民的軍隊，統治集團的貪慾有增無已，弘光朝廷的財政竟然入不敷出。在弘光立國的一年時間裏，所得金錢卻幾乎從來沒有用於救濟災民、興修水利等實政。除了豢養軍隊以外，財政收入的另一部分耗費於皇帝、宮廷和官僚，供他們過着窮奢極侈的生活。朱由崧一登大位立即想在生活上同承平時期的皇帝看齊。他下令爲自己和太后修建宮殿，爲籌備大婚四出購買珠寶。弘光君臣的大肆蒐括民財，經營自己的安樂窩，其直接結果一是大失人心，二是文官武將囊橐既富，身家之念重，一旦形勢危急，多數非降即逃，卒至以國予敵。
