會昌毀佛是中對佛教破壞力最大的一次排佛運動，相比於其他時期的排佛運動，由於唐王朝是統一的王朝，在這樣的政治環境下推行的毀佛政策，在整個中國地區都產生了巨大的影響，對中國佛教造成了許多不可逆的損傷。在這場毀佛運動中寺院經濟受到嚴重打擊，天台宗和華嚴宗大量經典在毀佛運動散失，導致後世僧人不得不從新羅、日本輾轉獲得佛經。由於此時佛教的重心已經從印度轉移到中國，會昌毀佛對整個佛教而言都是一次沉重的打擊。
會昌毀佛不僅對佛教產生了致命性的打擊，對同時流傳於中國的景教、祆教和摩尼教也打擊甚大。由於這三教也是外傳宗教，在會昌毀佛運動中也被連帶打壓。由於這三教傳入中土時間尚短，根基淺，因而在遭受武宗的打擊後再想恢復以前的規模就難上加難了。在武宗朝後，摩尼教被迫轉爲祕密宗教，在此後的多次農民起義中發揮了重要作用。
這次毀佛運動，使依賴於寺院經濟和佛經經典的中國佛教各宗式微，但同時也爲禪宗和淨土宗的繁榮創造了空間。不著書立說，發展山林道場的禪宗和宣揚念阿彌陀佛即往淨土的淨土宗在這次毀佛運動後成爲中國佛教的主力。史丹利·外因斯坦在《唐代佛教——王法與佛法》中提到：“雖然唐末會昌毀佛之難和接連的戰事，是成爲結束中國佛教義理在史上無可匹敵的創造力的罪魁禍首，相對的，它們卻爲具體展開大乘思想而成爲中國佛教兩大支柱，迄今仍然屹立不倒的禪宗與淨土宗展開一條大道。”
會昌毀佛的積極意義在於客觀上瓦解了寺院經濟，在打壓寺院經濟的過程獲得了大量的土地和財富，尤其大量土地的獲得，對實行兩稅法的中唐政府意義重大，在與河朔三鎮的對立中，中央政府獲得了更多的政治和經濟籌碼。
更重要的是，會昌毀佛重新劃明瞭世俗與宗教間的界限，在唐代寺院經濟高峯時期，寺院已經成爲世俗社會中重要的經濟體，以寺院經濟爲依託的各宗派獲得了越來越多的政治籌碼，世俗和宗教界線的模糊令唐武宗感到擔憂。會昌毀佛雖然以失敗告終，但在此之後的禪宗和淨土宗都是出世特徵更明顯的宗派，就劃分世俗和宗教間界線而言，唐武宗是做出了貢獻的。
一言以蔽之，會昌毀佛是一次封建統治階級以行政力量干涉宗教的運動，它的草草結束再次證明了神權和封建政權這一對孿生子，爲了各自的發展最終還得走向合作而相行共生。
