1、王肯堂對傷寒的貢獻。王肯堂雖然不能說是傷寒大家。但《傷寒準繩》卻傾注了他一生學《傷寒論》、研究傷寒學說、治傷寒病、論傷寒學派得失的心血，對後世傷寒的研究產生過重要的影響。王肯堂尊祟張仲最。認爲張仲景若儒門之孔子，2000年以來的名醫。爲後世所師承者未有不從仲景之書悟入者。他認爲傷寒之法不僅僅可以治傷寒。而且可以用其治療內科雜病。他的《傷寒準繩》對張仲景的《傷寒論》進行了發揮，該書首列序例入門。辨證之內傷外傷。類傷寒辨;其次以傷寒總例居先 敘傷寒的四時傳變，汗吐下法。又愈解死證，陰陽表裏。傷寒雜病。類證雜論，察色要略;再下則分論太陽病、陽陰病等。是一部詳盡的傷寒論專著。
2、王肯堂對外科學的貢獻。王肯堂也不是外科學的專門家。但他在《瘍醫證治準繩》中對許多外科疾病的記載和認識水平之高給人留下了深刻的印象，這與利瑪竇對他的影響不無關係。王肯堂對人體骨胳形狀和數目的描述就是在西洋解剖學的影響下寫成的。他在其著作中記載了公元1587年由一婦人售羊毛所引起的紫泡疔(炭疽病)流行的歷史。對炭疽病的傳染途徑、全身症狀和局部症狀、體徵、預後等都作了相當科學的論述。他對麻瘋病、梅毒、性病也進行了比較確切的論述。他還是我國首先記述男性乳腺癌的醫學家。
3、王肯堂對眼科的貢獻。在正確描述眼科疾病方面，王肯堂有許多獨到之處，在他的《證治準繩》中收載了眼科病證193種，凡現代用肉眼檢查能見到疾病，幾乎都羅列無遺。
在外科手術和醫療技術方面。王肯堂記述了腫瘤摘除術、甲狀腺切除術，肛門閉鎖症的肛門成形術、耳外傷縫合再植術、骨傷整復手法與手術等。並對這些手術的消毒方法、手術步驟和護理技術都進行了十分詳細的描述。
他對角膜潰瘍的認識就極爲準確，爲前人所不及，從發病開始。到發展、轉歸，預後，痊癒和後遺症都有詳細描述：更令人歎爲觀止的是王肯堂對眼底出血的生動描述。在沒有眼底鏡和任何輔助檢查的情況下，把眼底病的自覺症狀和徵象進行了詳盡的描述，爲眼底疾病的診斷治療作出了很大貢獻。他在論述珠中氣動證時把眼底出血的動態過程都描繪的淋漓盡致：“視瞳神深處有氣一道，隱隱嫋嫋而動，狀若明鏡遠照，一縷消煙也。患頭風痰火病。鬱久火勝摶激，動其絡中真一之氣，遊散飄耗，急宜治之。動而定後光冥者，內證成矣”。王肯堂還提出用拔治法治療瞳神反背(斜視)。他對青光眼也頗有研究。
他是一位全面發展的著名醫學家，他的《證治準繩》是集明代以前醫學之大成的不朽鉅著。
近現代中醫眼科學家都認爲《證治準繩》有關眼科的內容具有劃時代的意義。
