朱氏言火，從哲學以闡發醫理，其應用於人，則人身之動，均爲火之所爲，並非僅指溫熱而言。朱丹溪的這番議論，強調了正常人體亦有火的存在，而這存在於人體之火是通過生命的各種活動表現出來的，故其歸納爲“凡動屬皆火”，實則朱氏所言之火在人體是指陽氣而已。但存在於人身之火，朱氏又分爲君火與相火。所謂君火，朱氏認爲是屬於五形中之火，其是有形之體與無形之氣的相互化生而成，在人體則歸於有形之體中，故心臟在五行屬火，稱其陽氣爲君火。而相火是由虛無而生，這裏的虛無是指來源於先天之無。以人體來說，則是產生人體形氣之本源，其在人體之中的存在是藏而不外露，只能通過人的生命活動而表現出來，其不同於隸屬五行的心火，故稱之爲相火。朱氏的相火含義，是說明相火是人體生命活動的本源，是人身生生不息的機能活動。也正因爲如此，故人身相火就十分重要，既不宜衰，又不宜妄動。
朱氏運用天人相應的理論，通過分析天地、日月、陰陽的狀況，認爲人身之陰陽在正常情況下，人身之陰常不足而陽常有餘。因此，人身的陰精應當時時慮其不足，不能任意耗傷。若要防止陰精耗傷，就要防止相火妄動。朱氏一再強調房事不宜太過。心神要保持安寧，不爲外物所感。飲食不宜肥甘太過，以防生痰化火，生溼化熱，而使人身之溼熱過重而耗傷陰精。總之，朱氏從病理角度強調了內傷飲食、七情、房事等諸種產生雜病的原因，均可使相火妄動而陰精耗傷，更會使人體陽有餘陰不足的偏盛偏衰之象加重，從而產生各種內傷疾病。
朱丹溪治療火熱病，從虛火和實火分別對待。提出實火可瀉的原則，或用黃連解毒湯，或用大黃、芒稍、冰水之類正治。對於火盛而體虛之人，又認爲不可驟用涼藥，應用從治或反佐之法，兼用生薑之類以溫散。對於火邪內鬱不得宣散泄越之證，可以採用發散方法治療。至於虛火，屬陰虛火動者，宜滋陰降火，可用四物湯加黃柏、知母之類，另外朱氏還創立了大補陰丸(生地黃、龜板、知母、黃柏、豬脊髓)以瀉火補陰。若屬虛火上炎，虛陽浮越者，朱氏又提出用附子末口津調塗涌泉穴以引火歸元。對於氣虛而陰火盛者，可採用東垣之法益氣昇陽瀉火，選用人蔘、白朮、生甘草之類。
朱丹溪認爲，鬱是很多疾病產生的一個重要原因，“氣血沖和，百病不生，一有怫鬱，諸病生焉。故人身諸病多生於鬱”。朱氏將人身之鬱證分爲六種，即氣鬱、血鬱、溼鬱、痰鬱、火鬱、食鬱。其中，又以氣鬱最爲關鍵。朱氏創立了越鞠丸以統治六鬱，方中用香附治氣，川芎治血，梔子清火，蒼朮治痰溼，神曲治食，而其中香附又爲主要者。對於痰證的治療，朱丹溪提出“治痰法，實脾土，燥脾溼是治其本”，“善治痰者，不治痰而治氣”的基本法則，並針對痰的不同性質，病證的不同部位，結合體質的盛衰，加減化裁。如溼痰者加用蒼白朮，熱痰者加用青黛、黃連、黃芩，食積成痰者加用神曲、麥芽、山楂，風痰者加用南星、白附子、殭蠶;老痰者加用海石、半夏、瓜蔞、香附等。
朱丹溪提出了“相火論”，“陽有餘陰不足論”及火熱證、雜病的證治經驗，對明、清醫學的發展有很深刻的影響。後世醫家在養陰、治火、治痰、解鬱等方面的成就，與丹溪的啓發是分不開的。明代諸醫家，如趙震道、趙以德、王履、戴原禮(即戴思恭)諸人，均師承其學。另有虞搏、王綸、汪機、徐彥純等亦接受其學術思想，甚至遠傳海外，爲日本醫學家所推崇。由於此，丹溪所創之學說被髮展成一個學術流派——丹溪學派，朱丹溪則成爲這個學派的倡導者。
朱震亨節慾爲核心的房中補益思想是醫理與儒理的結合產物，與宋明理學的禁慾傾向是一致的。對當時及後世產生了較大影響。
