1941年太平洋戰爭爆發，日本海軍突襲珍珠港之後，長驅直下，進攻東南亞。開戰後第三天，日本就擊潰了被稱爲“不沉之艦”的英國新式戰列艦“威爾士親王號”和巡洋艦“擊退號”，英國海軍艦隊遭到毀滅性的打擊。在東南亞戰場，澳軍第8師參加了保衛馬來亞和新加坡的戰鬥。但由於盟軍軍心渙散，喪失海空保護，最終被山下奉文指揮的日軍第25軍擊敗。1942年2月新加坡陷落時，澳大利亞第8師15000餘名官兵淪爲日軍的戰俘。
在新加坡淪陷前後，還發生了日軍殘殺澳大利亞護士的暴行。
1942年2月隨同澳大利亞陸軍第八軍團到達馬來亞的一支護士隊，在新加坡陷落前，她們被分成兩組進行撤離。
2月11日一組登上了“帝國星號”(Empire Star)，在日軍轟炸機輪番轟炸之後，她們到達巴達里亞(Bat aria)，最後返回澳大利亞。
2月12日凌晨6點，另一支共有65名護士登上維耐爾布魯克(Vyner Brooke)號艦。
2月14日下午由於日軍的轟炸，在不到半個小時內，該艦在蘇門答臘的東南海岸沉沒。艦上的一些護士和多數平民葬身魚腹。
雖有53人竭力游到附近的班卡島，但是日軍冷酷無情地用機槍射殺了已經登岸的21名倖存者，餘下的32人淪爲日本戰俘，開始了長達三年半的集中營生活，其中有8人在關押中死去。
日軍將盟軍在馬來亞和新加坡投降的軍人關押在原本是盟軍要塞的樟宜戰俘營。樟宜戰俘營是日軍在二戰期間在馬來半島建立的最大的戰俘營，其主要的角色是充當日軍的勞工中轉站，樟宜戰俘營的絕大多數戰俘都被日軍強迫勞役，其中大多數人蔘與了緬泰死亡鐵路的修建，死亡率極高。
1942年6月至1943年10月，不斷有盟軍戰俘從新加坡樟宜出發，被轉運到泰緬鐵路的工地上。每次出發時，日本看守都會對盟軍戰俘講，他們將被送往北部山區某個不錯的地方，與另外的盟軍士兵會合，在當地好好休養。但要在接下來的十幾天時間裏走完幾百英里的山路，最後到達叢林中的營地。次日清晨，他們就被驅趕到了工地幫助日軍修築鐵路。
泰緬鐵路曾被稱爲“死亡鐵路”，修建的目的是通過泰國把馬來半島的增援和物資送給佔據緬甸的日本部隊。日本工程師根據崎嶇的山區地形推算，鐵路至少要五年才能完成，但日軍靠驅使6萬多盟軍戰俘和30多萬亞洲勞工從事高強度的勞動，最終在18個月內完工。電影《桂河大橋》曾讓日軍在二戰期間強迫戰俘修建泰緬鐵路的殘暴行徑廣爲人知，這些戰俘中就有很多來自澳大利亞。從樟宜出發的戰俘中有一個叫愛德華·鄧勒普 (Edward “Weary” Dunlop)的澳大利亞中校。鄧勒普在1941年底前往印尼萬隆管理一家後方醫院。他本是有機會躲避日軍抓捕的，但他堅持留下來與傷員在一起。
死亡鐵路
據鄧勒普的日記記載，所謂鐵路修築工地簡直就是人間地獄。疾病肆虐、看守殘暴、食物匱乏，即使是青壯年沒幾天也會變得瘦骨嶙峋，活似骷髏。日本和韓國看守殘暴地逼迫衣不遮體、眼神空洞、病懨懨的活殭屍在叢林間永不休止的勞動。日本人的殘暴是駭人聽聞的，二戰中，盟軍在德軍戰俘營的死亡率是4%，在日軍戰俘營的死亡率卻是29%。
泰緬鐵路的情況更爲糟糕。共有1.2萬名盟軍戰俘葬身此地，其中英國戰俘佔了29%，澳大利亞人佔69%。很多人死於霍亂、痢疾、瘧疾、瘴氣，絕大多數人死於營養不良，其實就是餓死的。戰俘每天只給兩碗米飯，極易遭受各種熱帶疾病的侵害。日本人還運來了大量亞洲勞工，其命運同樣悲慘不堪。這條鐵路修完之時，送命者高達5500人，其中有2650名澳大利亞人，幾乎每一根枕木之下都有一具死屍。
1943年秋天，參與修建緬泰死亡鐵路的戰俘回到樟宜戰俘營，隨即所有戰俘又在1944年5月，被移到樟宜監獄。最終，他們在樟宜監獄迎來了解放。在樟宜戰俘營的盟軍戰俘中，英軍的死亡率是26%，美軍是33%，澳大利亞戰俘則高達36%。在澳大利亞戰爭紀念館有一張讓人極爲震驚的照片。照片上，澳大利亞戰俘萊恩·西弗裏戰俘被蒙着眼睛，跪在地上，旁邊站着一名日本軍官高高舉起軍刀，朝戰俘的頭砍去。西弗裏特1941年自願參軍，他的家人直到1946年才得知他的死訊，而他的屍骨已無處可尋。
澳大利亞戰俘死亡率最高的則是在山打根戰俘營。當年，約有2000多名澳大利亞和英國士兵被關押在這裏，經常性的毆打、飢餓和高強度的勞動令他們變得病弱。1945年初，當盟軍即將攻至山打根時，日軍迫使山打根戰俘營的“身體較好”的1577名戰俘步行250公里，穿越叢林前往拉瑙。超過半數的戰俘死於途中，其他人則在6個月內死於疾病、飢餓或暴力，僅有6人在行軍途中逃脫。當然，那些留在戰俘營裏的病弱者也一個也沒能倖存。
類似的暴行還有很多，澳大利亞審判揭露了幾起最惡劣的罪行。在新幾內亞的一個法庭上一名日本軍官被指控犯有食人罪，他吃了一名澳大利亞戰俘的肉。該戰犯被處以絞刑。在另一個法庭上一個日本人被指控在西里伯島把4個飛行員釘死在十字架上，他也被處以絞刑。在1943年12月，日本海軍警備隊第83大隊指揮官少將田村隆一下令，處死巴布亞新幾內亞卡維恩集中營的23名澳大利亞平民，海軍少尉望月七太郎等人負責執行，將23名平民淹死。戰後澳大利亞軍事法庭判處田村隆一死刑，另外五名相關戰犯被判處4到20年不等的刑期。
二戰期間，有30000多名澳大利亞軍人淪爲戰俘，其中22000人被日軍俘虜，只有14000人在1945年活着回到澳大利亞。
戰後，飽受戰爭之苦的澳大利亞爲防止日本再次武裝崛起，對亞太地區國家再次造成傷害，主張嚴厲制裁日本。其中，作爲對戰時日軍暴行的懲處，澳大利亞對日本戰犯進行了嚴厲的審判。澳大利亞除參加遠東國際軍事法庭對日本甲級戰犯的審判以外，還在納閩島、韋瓦克、莫羅泰島、達爾文、拉包爾、新加坡、香港、曼努斯等地設立軍事法庭審判日本戰犯。
根據日本法務大臣官房戰後的統計，澳大利亞軍事法庭審判日本戰犯案件294件，涉及949人，其中153人被判處死刑，38人被判處無期徒刑，還有455人判處有期徒刑。
