隋朝殺功臣雖不比西漢殺異姓王規模浩大，也不比明朝殺功臣肆意殘忍，但不論誅殺數量還是冤屈程度，在歷朝歷代中也排得上號。
開皇五年(585年)和開皇六年接連發生兩起謀反大案，所涉官員都曾是北周的名臣大將，也是隋朝的開國功臣，但在楊堅坐穩皇位後卻不受重用，因此怨氣滿腹。楊堅的解決辦法呢?一旦發現謀反的苗頭，一律處死。
開皇十七年，桂州發生叛亂，名將虞慶則不願掛帥出征，楊堅大怒，虞慶則不得不從。班師途中，虞慶則在潭州看到山川形勝，不覺以武將的本能指點何處可以用兵。楊堅本就看虞慶則不順眼，藉此說他謀反，不由分說將他誅殺。
開皇二十年，名將史萬歲北征突厥歸來，因分功不均而負氣求見楊堅，爲部下請賞。楊堅正因廢立太子之事而不爽，見他大呼小叫，楊素還在一旁添油加醋地說他與太子楊勇交好，遂下令杖打他，一代名將就此殞命。
大將王世積見楊堅猜忌功臣，便縱酒享樂，絕口不言政事，但還是被人誣告謀反，也被處死。
因廢立太子之事，朝中連興大獄，政治一片黑暗。名望頗高的高熲也被迫捲入其中，他本着立儲以長的傳統原則，堅決反對廢楊勇立楊廣。楊堅本就覺得高熲功高蓋主，見此更生疏遠之意，後來借王世積案給他栽上謀反的罪名，將他免官。
高熲免官案是楊堅在位期間搞政治迫害的高潮，朝中格局由此大變—他本欲打造一個絕對順從的朝臣班子，不料傷根動本，給核心決策圈造成嚴重打擊。自此直至隋亡，決策羣體在內政、外交、軍事等領域接連翻車，眼睜睜地看着隋朝走向失控，毫無回天之力。
楊廣比其父更驕狂。楊素爲他上位立下首功，他即位後雖將楊素升爲尚書令，但對楊素十分猜忌。楊素也明白他的心思，始終擔心哪天大禍臨頭，一直謹小慎微。後來楊素生病了，楊廣遣名醫給他診治，卻每天催問醫官他會不會病死。楊素心知肚明，不吃藥而死。
北方文壇宗師薛道衡早年自恃才高，不接受楊廣的招納。楊廣即位後，他又不識時務地寫了篇《高祖文皇帝頌》，大肆讚美楊堅。楊廣認爲他是借誇楊堅來貶低自己，對他懷恨在心。後來薛道衡無意中說：現在朝臣辦事不力，如果高熲不死，必不至此。楊廣大怒，將薛道衡賜死。
爲楊廣上位立下大功的御史大夫張衡，也因反對大建宮室而被賜死，更不用說當初堅決反對立他爲太子的高熲了。
楊堅與楊廣的高壓政策使朝野一片恐慌，朝臣對他們只是表面服從，實際早生離心，楊玄感叛亂時，留守洛陽的官宦子弟見勢不妙，竟有四十多人投降，就是明證。
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