帝王打下天下後，首先要考慮的是都城選在哪兒。朱元璋定都應天(今南京)，也是費了不少心思的，他不斷命人堪輿考察、修正風水，甚至不惜“鑿牛首”、“斬龍尾”，在風水史上鬧出了不少驚天動地的故事。
風水界公認中國境內“三條大龍”，中國古代三大代表都城北京、西安、南京，正巧分別位於北、中、南三條龍身上面。南京的“龍頭”(也稱“龍腦”)是明孝陵所在的鐘山，以“龍頭”爲首，南京共有五大風水名山，一是東郊的鐘山，二是東北郊的棲霞山，三是北郊的幕府山，四是東南郊的方山(天印山)，五是正南方的牛首山(牛頭山)。另外，如今已進入主城區的名山還有雞籠山、獅子山、清涼山等。
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在這些名山中，南方的牛首山是最有個性的，在中國也算是獨一無二的風水名山。從北向南遠看，此山兩峯爭高，如一對牛角，故稱“牛頭山”，明朝時改稱“牛首山”，其實是一個意思。此山也是中國佛山中有名的“江表牛頭”的所在地。
晉元帝司馬睿定都建康(今南京)後，初作宮闕，郭璞說，建闕不利於皇宮風水，建議不作，實際是建議晉室不要大興土木耗錢財。丞相王導聞言，指着牛首山兩峯說，“此天闕也”。牛首山是天闕一說，由此而來。牛首山與棲霞山並稱，有“春牛首，秋棲霞”之美譽。其風水之好，風景之美，早有論言。此山還是一座有民族節氣的山，當年，南京民族英雄岳飛曾在牛首山設陣，大敗兀朮率領的金兵，至今還有岳飛抗金故壘遺存。
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南京首次“龍翻身”在東吳孫權定都建業時期，風水最旺時則在明朝。朱元璋在安徽隨郭子興起兵後，最終滅蒙元奪得天下，於1368年正月稱帝於應天。朱元璋很欣賞南京的風水，他起初也和前人一樣認爲鐘山乃南京風水寶地之最，據《明史?馮勝傳》(卷一百二十九)載，有一次，朱元璋來了興致，命儒士們以鐘山爲題賦詩。有個叫鄧伯言的人賦詩曰“鰲足立四極，鐘山一蟠龍。”朱元璋聽了一下子拍案叫絕。
但實際上，朱元璋對南京的風水到底能否支撐朱氏明朝萬年基業，心有還是有疑惑，並不那麼肯定的。朱元璋定都南京後，對四郊的名山很感興趣，經常帶着一班臣僚觀山川形勝，探風水奧祕。他發現，南京周邊所有山都面向都城，呈朝拱狀，獨牛首山“不太聽話”，背主南望，不向北顧。
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這讓迷信風水的朱元璋，對這頭“牛”很不滿意。怎麼辦?朱元璋施出了他當皇帝的特權，要治牛首山的大罪。據明楊儀《明良記》載，朱元璋“乃特定其罪，杖之百下” 。當年秦始皇爲斷東南天子氣，鞭打了方山，一千五百年後，朱元璋故伎重演，鞭起了相距並不太遙遠的牛首山，治它的罪，又打了它一百大鞭。
