秦始皇設立“三公九卿”制度，爲封建專制主義中央集權國家制度的建立創造了雛形，對以後的歷代封建王朝的建立，有着重要的影響。
三公九卿制度的基本結構從秦朝一直沿用到兩晉，直至隋文帝創三省六部制。從三省六部制的結構上來看，也有着三公九卿制結構的影子。此後，一直到明代，明太祖朱元璋廢掉中書省、尚書省及門下省，六部直接對皇帝負責，中國古代歷史中的中央官制三級制度纔算壽終正寢。
三公九卿這一制度沿用約達800年，從結構上影響三省六部制，並左右中國古代中央官制約達700年。可以說，三公九卿制，上承夏商周，下接隋唐宋元，在中國歷史上留下了濃重的一筆。
名稱的由來
注意：這只是名稱的由來，並不是制度的建立，三公九卿中央制度的真正建立是在秦朝。
夏朝時，設三公九卿，《禮記》記載：“夏后氏官百，天子有三公、九卿、二十七大夫、八十一元士。”
殷亦三公九卿，伊尹曰：“三公調陰陽，九卿通寒暑。”
周以太師、太傅、太保爲三公(《通典·職官一》)，也有的說三公爲司馬、司空、司徒(《韓詩外傳》曰：“三公之得者何?曰司馬、司空、司徒也。司馬主天，司空主土，司徒主人)，以少師、少傅、少保、冢宰、司徒、宗伯、司馬、司寇、司空爲九卿。
秦王朝在確立“皇帝”尊號的同時，還總結了戰國以來各國的官僚制度，建立起了一套適應封建統一國家需要的中央政府機構，這就是三公九卿制度。
三公之間互不統屬，直接隸屬於皇帝，便於皇權集中。無論三公，還是九卿，均由皇帝任免調動，一律不得世襲。
具體的工作
總領國家政務者：丞相
三公系列：三大最高政府機構
1.丞相：政府最高行政長官，有一個祕書處十三曹，下轄九卿。
2.太尉：最高軍政長官，負責管理全國軍事事務，但他平時沒有軍權，戰時也要聽從皇帝的命令，而且要有皇帝的符節才能調動軍隊，軍權實際上也是掌握在皇帝手裏。
3.御史大夫：主要管理記事，其地位相當於副丞相，主要職責是管理圖籍、奏章，監察文武百官。御史大夫下設御史中丞，駐在皇宮;侍御史，彈劾中央和皇宮一切事;監御史，中央派到地方各郡負責監督郡守的御史。
秦始皇時期三公分別是：丞相王綰，太尉尉繚，御史大夫馮劫。
九卿系列：分掌政事的九大機構
1.奉常：總掌國家與皇室禮儀祭祀等，同時接受皇帝直轄;
2.郎中令：類似現在的祕書長，溝通皇帝系統與政府系統;
3.衛尉：總掌皇城、皇室及所有京師官署之護衛，接受皇帝直轄;
4.太僕：總掌國家與皇室車馬、交通、路政等，同時接受皇帝直轄;
5.廷尉：總掌法治領域，轄左監、右監、獄政三大官署;
6.典客：總掌邦交事務，類似現在的外交部長;
7.宗正：總掌皇族事務，接受皇帝直轄;
8.治粟內史：總掌天下農業經濟，是當時最主要的經濟大臣;
9.少府：總掌國家工程，以原司空府爲基礎擴大設置。
秦始皇時期九卿之中的廷尉就是李斯，後升爲丞相，郎中令就是秦朝名將蒙驁之孫，蒙武之子，蒙恬之弟蒙毅。
