1899年(光緒二十五年)，餘聯沅由福建布政使轉任江蘇蘇鬆太道(上海道)，開啓了其在這一重要口岸一年有餘的執政生涯。蘇鬆太道下轄蘇州府、松江府與太倉直隸州，主管該地區的軍事監督、江海關行政，同時直接負責江南製造總局、輪船招商局等洋務企業，並具有一定主管“洋務”的外交職能，具有較大的行政權力。次年，義和團運動在北方發展迅速，作爲清政府經濟重點及列強窺伺中國的主要區域，蘇鬆一帶的安全便顯得尤爲重要。而身居上海道臺要職的餘聯沅則在這一背景下發揮了重要作用。
義和團團員
義和團運動席捲華北之初，餘聯沅便迅速組織上海縣各保甲及武裝兵力在城廂地帶嚴密巡防，以將“匪患”堵在縣城之外;同時，餘聯沅通知各國駐上海領事，將洋人、教民遷入城中，以防止出現不必要的外交麻煩。
局勢隨着外國勢力的干預發生變化——英法等國企圖以保護本國利益爲民派兵進駐上海，這引起了東南地區主政官員的注意。在盛宣懷的提倡下，李鴻章、劉坤一、張之洞等地方大員發起“東南互保”，而上海道臺餘聯沅因與外國領事級別對等，而成爲與外方談判的主要對象。在這一過程中，餘聯沅主持擬定了《保護上海長江內地通共章程》《保護上海租界城廂內外章程》等主要外交文件，並與外方代表在會審公廨舉行了多輪談判，基本與外方人員達成了共識，確立了“東南互保”的部分合法性。
但談判並未徹底阻止西方列強向上海派兵。自1900年8月起，英、法、德、日等國軍隊接踵而至，餘聯沅對這一行爲提出了嚴厲交涉，但終究遭受冷遇，西方列強軍隊一直在上海停留兩年之久。
