王懷隱等人“搜隱微，求妙刪繁，探賾要，詮括簡編”，撰成《太平聖惠方》一書，書中強調醫生治療疾病必須辨明陰陽、虛實、寒熱、表裏，務使方隨證設，藥隨方施，並論述了病因病機、證候與方劑藥物的關係。王氏等採用按臟腑和各科病證分類的體例，先論後方，在每門之下先引《諸病源候論》的理論爲總論，然後彙集方藥，體現了理、法、方、藥較完整的辨證論治體系，具有較高的臨牀實用價值。
王氏等重視臟腑疾病，把“臟腑疾病”置於所載各種疾病之首，對臟腑的生理病理、虛實寒熱、主證諸方，均作了論述。計有13種肝膽病方，14種心與小腸疾患，18種脾與胃疾患，14種肺與大腸疾患，16種腎與膀胱疾患。如肝臟病，即記有治肝虛補肝諸方，治肝實瀉肝諸方，治肝氣不足諸方，治肝臟中風諸方，治肝風筋拘攣諸方，治肝壅熱頭目不利諸方，治肝氣逆面青多怒諸方，治肝臟風毒流注腳膝筋脈疼痛諸方和治肝風冷轉筋諸方等，然後又根據每一類型中所出現的不同症狀，施以不同的治法，有綱有目，條分縷晰。對五臟用藥，王氏並加以明確歸類，其中肝臟用藥有蕤仁等28種，心臟用藥有麥門冬等23種，脾臟用藥有黃芪等25種，肺臟用藥有款冬花等26種，腎臟用藥有肉蓯蓉等21種，這種歸類方法，對後世醫家有很大影響。王氏等還總結出95種病的通用藥，並選用了一些前代罕用或不用的藥物。故宋人蔡襄曾說《聖惠方》多“異域瑰奇”之品。
王氏於經絡、腧穴以及刺灸、治法等方面，亦“採摭前經，研復至理”，有所發揮提高。他們還非常重視醫德和醫術的修養，並設專篇闡述。在《太平聖惠方卷第一敘爲醫》中指出：“夫爲醫者，先諳甲乙素問，明堂針經，俞穴流注，本草藥對，三部九候，五臟六腑，表裏虛實，陰陽盛衰.諸家方論，並須精熟，然後涉獵詩書，該博釋老，全之四教，備以五常，明希夷恬淡之門，達喜舍慈悲之旨，…一是以學者必須傍探典笈，邈審妍媸，服勤以求，探賾無厭。忽恣道聽，自持己長，炫耀聲稱，氾濫名譽，……夫如是則須洞明物理，曉達人情，悟造化之變通，定吉凶之機要，視表知裏，診候處方，常懷拯物之心;並救含靈之苦，苟用藥有準，則厥疾必瘳。若能留心於斯，具而學之，則爲醫之道，盡善盡美，觸事皆通矣。”其對醫術修養之要求，至今仍有重要的現實意義。
