張元素對於脾胃病的治療，有着比較系統、完整的方法。他將脾胃病的治療總結爲土實瀉之，土虛補之，本溼除之，標溼滲之，胃實瀉之，胃虛補之，本熱寒之，標熱解之等具體治療原則。土實瀉之，包括瀉子、涌吐、瀉下。土虛補之，包括補母、補氣、補血。本溼除之，包括燥中宮、潔淨府。標溼滲之，包括開鬼門。胃實瀉之，包括瀉溼熱，消飲食。胃虛補之，包括補胃氣以化溼熱、散寒溼。本熱寒之，主要是降火。標熱解之，主要是解肌等等。他根據脾喜溫運，胃宜潤降的生理特點，分別確定了治脾宜守、宜補、宜升，治胃宜和、宜攻、宜降等治則，爲後世進一步完善與深化脾胃病辨治綱領起到了不可忽視的作用。
此外，張元素還創制了治療脾胃病的代表方劑——枳術丸。該方具有治痞、消食、強胃的功效。用白朮二兩，枳實麩炒黃色去穰一兩。同爲極細末，用荷葉裹燒飯爲丸，如梧桐子大，每服五十丸。多用白湯下，不拘時日。本方系從《金匱要略》中枳術湯演變而來。《金匱要略》此方是枳實用量重於白朮，以消化水飲爲主，兼顧脾胃。張氏改湯爲丸，白朮用量多於枳實，則以補養脾胃爲主，兼治痞消食。配荷葉芬芳升清，以之裹燒。又用米飯爲丸，與術協力，則更能增強其養胃氣的作用。於此可見，張氏對於脾胃病的治療，其主導思想，乃是以扶養後天之本爲先，而輔之以治痞消食，此即張氏所謂“養正積自除”的治療觀點。
張元素以研究臟腑病機爲中心，成爲一派醫家之開山。對於脾胃病的治療方法成爲易水學派師弟相傳的家法，其弟子李東垣、王好古均爲中國醫學史上青史留名的人物。張氏對藥物學的貢獻很大，其所撰《臟腑標本寒熱虛實用藥式》一文，探討藥物功效及臨牀應用，後被李時珍收入《本草綱目》之中，可見其學術影響之一斑。
行醫之初，他沒有什麼名氣。有一次，在社會上享有盛名的劉完素病了，害傷寒八天昨不進東西，正不知該怎麼辦，張元素趕去探望他的病。劉完素有點瞧不起他，臉轉過去衝着牆壁不作聲。張元素說：“你憑什麼對我這樣不客氣呢?”等到他診完脈，說出脈情，又問是否服用的某種藥，劉完素點頭稱是。張元素說，你這就錯了。那種藥是主寒的，只能越服越重。你的病情這樣，應該服用某某藥才能奏效。劉完素聽了，大爲歎服。按他指示的藥服後，病很快就好了。張元素從此名聲大震，與劉完素相差無幾。後來，竟獨成一家體系，形成了一個易水學派。
