明後期政治黑暗。神宗在位四十八年，前十年由張居正當國，政治比較清明，內閣也有威權，能夠駕馭吏部及衆多言官(給事中、御史等官)。但自張居正死後，內閣再無有作爲的人物，內閣、吏部、言官各爲一派，互相鬥爭。而皇帝本人又怠於政事，凡三十餘年不上朝，幾與大臣隔絕，一切章奏皆不答批，謂之留中。尤其晚年，怠荒更甚，官缺也多不補，以致內閣、部院各衙門多空無人，地方官也缺十之六、七。萬曆二十二年(1594年)，吏部郎中顧憲成罷官，從北京回到家鄉無錫。無錫原有東林書院，爲宋代楊時講學之處。顧憲成倡議修復，遂與好友高攀龍、錢一本等講學其中，並在講習之餘，批評朝政，議論人物。當時不僅那些“抱道忤時”的在野士大夫聞風響附，而且在朝的一般正派官員也遙相應和。於是東林的名聲大著，而忌者也多。東林黨人的傾向是要求改良政治，反對宦官專權肆惡，反對礦監稅使掠奪城市工商業者，反對宗室貴戚無限佔田。
如神宗要賜給福王莊田四萬頃，東林黨人禮部侍郎孫慎行即起而諫阻，說祖宗朝賜田沒有過千頃者，並“拼一死”力爭。又如東林黨人鳳陽巡撫李三才一再上疏，責備神宗派遣礦監稅使害民，言詞非常激烈，說道：陛下愛珠玉，小民也慕溫飽;陛下愛孫子，小民也戀妻子。爲何陛下欲聚財貨，而不使小民享升斗之需!
閹黨打擊東林黨人
天啓初年，東林黨人佈列滿朝，分據內閣、吏部、都察院及科(六科)、道(十三道)各部門，一時勢力大盛。但是局面不久便翻了過來，變作閹黨的天下。宦官魏忠賢與熹宗乳母客氏互相勾結，二人甚得熹宗信任，客氏被封爲奉聖夫人，魏忠賢則爲司禮秉筆太監，並且提督東廠，魏忠賢的爪牙田爾耕掌錦衣衛事，許顯純掌北鎮撫司獄。熹宗深居宮中，政事一聽魏忠賢所爲。以魏忠賢爲首的閹黨，即對東林黨人進行殘酷打擊。
天啓四年(1624年)，東林黨人楊漣首先上疏參劾魏忠賢二十四大罪狀。一時羣僚響應，交章論魏忠賢不法。天啓五年，魏忠賢大舉反撲，逮東林黨楊漣、左光斗、魏大中、袁化中、周朝瑞、顧大章六人下獄，乃借邊事加以陷害，誣其曾受楊鎬、熊廷弼賄。六人均死於獄中，時稱爲六君子。天啓六年，魏忠賢又興大獄，逮東林黨高攀龍、周順昌、周起元、繆昌期、李應昇、周宗建、黃尊素七人。高攀龍投水死，其餘六人死獄中，時稱爲後七君子。
魏忠賢黨羽又撰《縉紳便覽》、《點將錄》、《同志錄》，提供東林黨人名單，按名捕殺斥逐。魏忠賢又命人編纂《三朝要典》，顛倒三案是非，定東林黨人王之寀、孫慎行、楊漣爲三案罪首。至此，東林黨人被殺逐殆盡。魏忠賢總攬內外大權，自內閣、六部至四方總督、巡撫，莫不遍置死黨。
朝中官僚爲其走狗者，有五虎、五彪、十狗、十孩兒、四十孫等名號。凡內外章奏無敢稱魏忠賢名者，均稱爲“廠臣”。即內閣票旨，也必稱“朕與廠臣”。
諸官皆稱魏忠賢爲九千歲，甚至稱爲九千九百歲。又浙江巡撫潘汝楨首先爲魏忠賢建立生祠於西湖。由是四方效尤，魏忠賢生祠幾遍天下。又監生陸萬齡請以魏忠賢配孔子，忠賢父配啓聖公。其時魏忠賢毒焰之烈可以想見。
崇禎帝繼位後，始除掉客氏及魏忠賢，並清洗閹黨，但東林黨與閹黨的鬥爭仍未停止，直到明朝滅亡。
