西漢初期，漢武帝採納董仲舒的建議，"罷黜百家，獨尊儒術"，這一政策的核心是罷黜諸子百家，只允許通曉儒家學說的人做官，以此來統一思想，加強專制主義中央集權制度。在這一政策指導下，漢朝在太學設立五經取士，用儒家經典來教育貴族子弟。選拔官吏，也以儒家學說爲標準，從此，儒家成了中國封建社會唯一的統治思想，成爲維護封建統治的正統思想。這是中學課本都有的歷史事實，中國理論界把它當作一個千真萬確的學術信條，在古今中外涉及儒學的著述中被廣泛徵引，然而有人對這一觀點提出了質疑。
持這種觀點的人認爲，漢武帝從未採納董仲舒"罷黜百家，獨尊儒術"的建議，更未真的有過"罷黜百家，獨尊儒術"的實際行動，他只是"絀抑黃老，崇尚儒學"。漢武帝"罷黜百家，獨尊儒術"與漢初的政治、經濟以及思想鬥爭的實際情況不符，也與漢武帝以後的整個中國思想史不合。因此，漢武帝"罷黜百家，獨尊儒術"是學術謊言。這一觀點提出後，在學術界引起了軒然大波，贊同和反對聲一直不斷。
爲什麼會將"罷黜百家，獨尊儒術"的思想與董仲舒連在一起呢?主要由於董仲舒在著名的"天人三策"中提出"《春秋》 大一統者，天地之常經，古今之通誼也。今師異道，人異論，百家殊方， 指意不同，上亡以持一統，法制數變，下不知所守。臣愚以爲諸不在六藝之科，孔子之術者，皆絕其道，勿使並進。"因此，董仲舒長期以來因"獨尊儒術"成爲儒家元老，也因此一度而成爲罪魁。那麼，董仲舒該不該爲這一思想的提出負責呢?關鍵在於董仲舒的"天人三策"在哪一年提出。
據《 漢書· 武帝本紀》 記載："建元元年，詔舉賢良方正、直言極諫之士。承相縮奏："所舉賢良，或治申、商、韓非、蘇秦、張儀之言，亂國政，請皆罷。"奏可。"這就是說，在建元元年(前140 )就已經有了"罷黜百家"之說。在元光元年(前134 )歲首《孝武本紀》記載，"竇太后治黃老言，不好儒術，使人微得趙綰等奸利事，召案綰、臧，綰、臧自殺，諸所興爲者皆廢。"又在五月記載了漢武帝詔賢良對策的事，"五月，詔賢良……於是董仲舒、公孫弘等出焉。"，如果董仲舒在元光元年剛剛被舉孝廉並參加對策，那麼，他就不是"罷黜百家"的創始人了。
反對者認爲，歷史上宣傳的漢武帝採納董仲舒的建議"罷黜百家，獨尊儒術"，實際上指的是從武帝元年開始到武帝六年截止的幾次大的思想鬥爭或學術鬥爭。根據司馬遷的《史記》和後來班固的《漢書·武帝紀》記載，漢武帝初期有儒家學者兩次大的思想鬥爭：一是罷"申商韓蘇張"之言，其中心人物是丞相衛綰;二是"議立明堂"，其參加者有趙綰、王臧、申公、竇嬰、田蚡，反對者是竇太皇太后。第一次進行得較順利，第二次則遭受了慘重的失敗。王、趙被殺，申、竇、田免官。不過，經過這番較量，儒學反更深入人心了。《史記·儒林列傳》載："及竇太后崩，武安侯田蚡爲丞相，絀黃老、刑名、百家之言，延文學儒者數百人。"董仲舒提出的"罷黜百家，獨尊儒術"的建議，晚於田蚡"絀黃老、刑名、百家之言"，而且根本就沒參與武帝六年以前的所有尊儒活動。因此，不是"漢武帝採納董仲舒的建議"罷黜百家獨尊儒術""，而是田蚡"絀黃老、刑名、百家之言"後纔出的董仲舒，董仲舒只是"延文學儒者數百人"時所延的一個儒者。
既然漢武帝從未採納董仲舒的建議"罷黜百家，獨尊儒術"，那麼這一說法是怎麼產生的呢?史學家司馬遷在《史記》中絕口未提此事，他自始自終認爲是田蚡"絀黃老、刑名、百家之言，延文學儒者數百人"。"罷黜百家，獨尊儒術"這一說法的始作俑者是東漢史學家班固，他在《漢書·董仲舒傳》的結尾處有這樣一段話："自武帝初立，魏其、武安侯爲相而隆儒矣。及仲舒對冊，推明孔氏，抑黜百家。立學校之官，州郡舉茂材孝廉，皆自仲舒發之。"
班固這段話既背離了《史記》，也背離了其《漢書》的《武帝紀》和《儒林傳》。到底是否可信?唐代韓愈寫《原道》時，根本未將董仲舒列爲漢代重要的儒學傳人。到了宋朝，班固的說法被司馬光借鑑，他在其史學名著《資治通鑑》之《漢紀》這樣寫道：武帝元年"冬，十月，詔舉賢良方正直言極諫之士，上親策問以古今治道，對者百餘人。廣川董仲舒對曰："……《春秋》大一統者，天地之常經，古今之通誼也。今師異道，人異論，百家殊方，指意不同，是以上無以持一統，法制數變，下不知所守。臣愚以爲諸不在六藝之科、孔子之術者，皆絕其道，勿使並進，邪辟之說滅息，然後統紀可一而法度可明，民知所從矣!"天子善其對，以仲舒爲江都相。會稽莊助亦以賢良對策，天子擢爲中大夫。"同時，司馬光在《通鑑考異》中解釋："今舉孝廉在元光年十一月，對策在下五月，則不得雲自仲舒發之，蓋《武紀》誤也。"司馬光在這裏把董仲舒在元光元年賢良對策的時間提到了建元元年。
南宋人洪邁不同意司馬光的說法，他認爲應該是元光元年，"對策者百餘人，帝獨善莊助對、摧爲中大夫。後六年，當元光元年(五月)，復詔舉賢良，於是準仲舒出焉。"清人王先謙也贊同此說，並作補充說：董仲舒對策中有"夜郎康居，殊方萬里，說德歸誼"之語，據《 漢書· 西南夷傳》 記載，夜郎之通，在建元六年發生，次年，也就是元光元年董仲舒對策時纔可能說出夜郎歸德的話。
千百年來，對於建元元年和元光元年五月兩說對峙，直至今日。施丁先生同意並證明了元光元年之說，因爲董仲舒對策中有"今臨政而願治，七十餘歲矣"之語，漢自建立至建元元年並沒有七十年，而到元光元年，正好有七十二年，這一論斷與《董仲舒傳》中的"皆自仲舒發之"不矛盾，這裏的"發"可以理解爲"發揮"、"發表議論"。況且，設置《五經》博士，也並非從建元元年開始，在文景之時就有了。
孫景壇先生則堅持建元元年之說。他認爲，元光元年的詔賢良與建元元年的舉賢良不同，前者對策的內容爲《五經》，後者爲百家。《五經》對策，必須以五種經學內容爲理論根據來回答皇帝的提問，用其他理論回答均不對。《漢書·武帝紀》記載：武帝五年才"置《五經》博士"，如果沒設置《五經》博士，是不可能用《五經》策問的，所以不可能有董仲舒 "罷黜百家獨尊儒術"的建議。張大可先生也同意孫景壇的說法，並作了補充。他認爲，從史實上看，武帝一朝舉賢良名系列傳的有董仲舒、馮唐、袁故生、嚴助、公孫弘等五人，據《史記》、《漢書》記載，這五個人都是建元元年舉賢良，沒有一個人爲元光元年舉賢良。由此這兩人認爲，把董仲舒對策的時間提到建元元年是站不住腳的。董仲舒對策不是武帝"絀黃老、刑名、百家之言，延文學儒者數百人"的起因，而是其結果。司馬遷與董仲舒生活在同一個時代;而司馬光不僅跟董仲舒的時代相隔久遠。《資治通鑑》的基本原則是"謹名分"，董仲舒是宋明理學的思想先驅，司馬光有可能給董仲舒"謹名分"，所以僞造"漢武帝採納他的建議"罷黜百家獨尊儒術""。
總之，董仲舒的"天人三策"作於何時關係到他是否提出"罷黜百家，獨尊儒術"，由於古代史書對這一時間的記述出現了偏差，所以導致了現在對董仲舒是否提出"罷黜百家，獨尊儒術"的疑問。至於這一爭議何時休止，除非出現確鑿史料證明，否則將會永無休止的繼續下去。
