咸豐駕崩前，任命肅順等八人爲顧命大臣，襄贊一切政務，同時規定八大臣草擬的詔書，必須於首尾分別蓋由兩宮太后掌管的印章，否則無效。這固然可以防止顧命大臣謀取最高權力，但他們與兩宮的矛盾也就此產生。1861年十月初六，慈禧夥同恭親王發動辛酉政變，除掉了肅順等人。
不過，在當時，剝奪肅順的職務、砍下他的人頭，絕不只是慈禧一個人的意願，而是官場和八旗內部的主流“民意”，正是這種“民意”壯了當時羽翼未豐的慈禧的膽子。
在恭親王奔赴熱河，與慈禧、慈安密謀政變事宜時，體仁閣大學士周祖培等一批京師重臣就很不安分了。周祖培授意自己的門生、山東道監察御史於八月初五上了一道奏摺，希望兩宮太后垂簾聽政、近支親王輔政，實際上就是要肅順等人趕快滾蛋。八月十四，欽差大臣、督辦皖豫徵捻事宜的瓜爾佳·勝保不顧前方戰事吃緊，帶着人馬趕往熱河，表面理由是給咸豐帝奔喪、向兩宮太后請安，實際上是向肅順等人示威，告訴他們，自己手握軍權必會堅決擁護兩宮太后。
大臣們對肅順等人看不慣，底層的滿族人也不喜歡肅順。肅順行刑時，京師人士交口稱快，一些跟他有仇的人還駕車載酒去法場觀看。肅順坐的是無帷小車，車過騾馬市大街，圍觀者紛紛痛罵他，有的人甚至將瓦礫、泥土擲到他身上。
肅順成爲官僚和滿族人的眼中釘，自然跟他在官場的硬氣有關。做戶部滿族尚書時，他發現戶部官員貪污舞弊成風，“虧至數千萬兩以上”，便層層追究，結果是戶部員司及商戶被抄家者數十人，連戶部漢族尚書也受到降五級的處分。咸豐十年(1860年)，柏葰涉及科場弊案被查辦，咸豐考慮到其身居高位，又是蒙古族大臣，平時對自己的馬屁也還拍得可以，想給一個輕點的處分，肅順卻不同意，天天陳說放縱科場作弊的危害，柏葰最後被判處死刑。
晚清官場充滿苟且之風，事事講人情看背景，肅順卻重規矩。某年他監考時，一湖北考生帶坊間副本起草，實無他物，肅順卻以夾帶違禁物品論處;傳旨戊初撤卷，時間一到，哪怕只是剩一行字也不準再寫。肅順掌戶部時，常對漢族高官周祖培輕易給庸碌官員撥付銀兩提出批評，將其意見推翻。
清代宗室多半排擠漢族人，怕漢人生逆反之心，肅順卻最看不起滿族人的碌碌無爲，曾上奏建議降低八旗薪俸，主張重用漢臣，還曾對人說：“咱們旗人混蛋多，懂什麼啊?漢人是得罪不得的!”他與許多漢官是好友，其子也拜漢人爲師。咸豐十年，蘇州、常州被太平軍攻佔，咸豐想調湖北巡撫胡林翼做兩江總督，肅順則勸諫說：“胡林翼在湖北措注(“處置”之意)盡善，未可挪動，不如用曾國藩督兩江，則上下游俱得人矣。”咸豐聽從了他的意見，曾國藩和胡林翼遙相呼應，果然給太平軍以致命打擊。
肅順不是英雄模範，他沒有像左宗棠一樣收復新疆，也沒有像曾國藩、張之洞一樣試圖通過“洋務運動”將一個國家帶入近代化。他甚至力主排外，見了洋人就想劈人家一個嘴巴。但在內政方面，肅順算得上是一個有見識、有才幹的人。道光年間，他的官運平平，咸豐年間才逐漸升爲御前侍衛、理藩院尚書直至戶部尚書，成爲國家的“財神爺”。然而，在高度專制的政權下，貪官、庸官數不勝數，他們不想做事，卻又時時希望獲得不道德的個人利益，一些下層旗民也習慣於享受特權。肅順鐵腕反腐，希冀通過朝廷的政策逼迫那些懶散慣了的旗人自食其力，自然會使人反感，他也因此成爲官場和八旗內部的“公敵”。
慈禧殺掉肅順，實行個人專權，居然可以得到“民意”的支持，這是非常搞笑的事。有時，所謂“民意”其實是有範圍之分的，官場的“民意”不等於民間的“民意”，小圈子裏的“民意”不等於全國的民意。如果當時清國民衆能夠就肅順的生死進行全民公決，也許肅順會是另一種命運。
