土耳其對抗威尼斯
在進行了一番精心準備工作之後，蘇里曼二世於1570年4月派出使臣去威尼斯，要求威尼斯立即歸還塞浦路斯島，遭到威尼斯政府的斷然拒絕。威尼斯政府當然清楚，土耳其的這個無理要求，實質上是蘇里曼二世下的最後通牒，拒絕無異於“戰爭”一詞，於是，威尼斯政府立即向所有基督教國家呼籲支援。但是，由於威尼斯經常倚仗自己是海上強國，指使其海軍艦隊經常欺辱沿海各國;再者，威尼斯是個共和國，與其他封建君主國家歷來就有摩擦;而且，威尼斯以前曾經和土耳其締結過同盟關係。這次威尼斯政府發出的呼籲書猶如石沉大海，響應者寥寥無幾。
土耳其也清楚地看到了威尼斯有苦難言，衆叛親離的窘境，決定充分利用這一有利局勢，迅速採取軍事行動。
1570年7月，土耳其派出一支編有150艘戰艦和50艘運兵船的艦隊，由海軍主將派裏和馬斯塔法指揮，在塞浦路斯島的李馬索爾登陸，並圍攻尼科西亞。9月，尼科西亞守軍全部被殲，該城淪陷。緊接着，土耳其軍隊調轉矛頭，直指法馬古斯塔要塞。塞浦路斯總督布拉加地羅和軍事指揮官巴格里昂決心死守危城，頑抗到底，他們共同指揮7000名守城將士與土耳其侵略軍浴血奮戰，擊退了敵人的多次進攻。土耳其軍隊久攻不克，時值寒冬來臨，只好偃旗息鼓，撤回國內過冬去了。
同盟軍對抗土耳其
尼科西亞的悲慘結局，對整個基督教世界震動非小。他們清醒地認識到，土耳其帝國的最終目的，是要獨霸整個歐洲，威尼斯充其量只是塊跳板，而塞浦路斯島只不過首當其衝。如果想要免除亡國的危險，所有基督教國家必須擰成一股繩，共同抵抗才行。
對於威尼斯政府的求救呼籲，唯一的響應者是教皇庇護五世。庇護五世是基督教首領中唯一有決心、行動快的人。他曾在會議上商議起草過基督教同盟憲章。庇護五世具有一定的戰略眼光，所以能夠認清基督教世界所面臨的危險。他認爲，若能重新獲取地中海的控制權，就能夠在戰略上將土耳其帝國切分兩段，其非洲省區就會與其歐、亞部分相分離，這樣，就可以阻止土耳其向西歐的擴張。因此，他首先響應威尼斯政府的呼籲，並號召所有基督教國家聯合起來，組織新的海上十字軍，狠狠打擊異教徒。
教皇庇護五世帶頭行動，自己掏腰包購置了12艘戰艦，以此作爲基督教國家聯合艦隊的基礎，並且力圖勸說西班牙國王菲力普二世也來參加他所謂的“聖戰”。當時，西班牙正處於內憂外患之中，菲力普二世經過反覆考慮，權衡利弊，才決定派出其西西里艦隊加入教皇和威尼斯的聯合艦隊，並命令西西里和那不勒斯總督爲聯合艦隊提供補給。
就在塞浦路斯島上烽煙驟起，炮火連天之際，聯合艦隊實際上已經組建完畢，總計拼湊了200多艘艦船，全部集結於克里特島的康地亞港，只是由於各方人士爲指揮權問題爭論不休，各圖私利，因此在戰爭降臨到塞浦路斯島時，無所作爲。
教皇庇護五世不得不親自主持了一連串的軍事會議，最後決定建立一個神聖同盟並達成一致協議，同意由西班牙國王菲力普二世的異母弟弟約翰爲同盟軍統帥，教皇庇護五世的海軍將領柯倫拉爲副統帥。同盟軍的兵力爲步兵5萬人，輕騎兵4500人，快船200艘，其他戰船1000餘艘，以及許多火炮。
神聖同盟成立後，又簽訂了一系列條約，但締約各國同牀異夢，各懷鬼胎。比如，威尼斯希望利用同盟的力量奪回塞浦路斯島，並敲掉土耳其在地中海東部的勢力;西班牙則希望打掉土耳其在地中海西部的力量，並乘機肅清海盜;惟獨教皇庇護五世一人滿腔熱情，專心一意。他始終認爲，整個基督教世界都遭到了土耳其的威脅，而不僅僅是威尼斯或者西班牙兩個國家的私事。
約翰英明指揮聯合艦隊
西班牙國王菲力普二世的異母弟弟約翰，原本是奧地利總督，他年輕氣盛，智勇過人，不愧爲帥才。正是靠着約翰的勇敢、果斷和善於團結部下，才使心懷不一的同盟軍聯合艦隊能夠步調一致地發揮戰鬥力。
1571年6月6日，約翰自馬德里啓程，10天后到達地中海的重要軍港巴塞羅那。西班牙海軍將領安德拉德和克魯茲侯爵已經在此集中好艦隊，整裝待發。6月20日，約翰隨西班牙艦隊出發，一週後到達熱那亞。由意大利海軍將領多利亞率領的意大利諸盟邦艦隊在此與約翰一行會師。8月底，這支聯合艦隊途經那不勒斯港，到達各國艦隊指定的匯合點。
同盟軍副統帥、教皇的海軍將領柯倫拉率領的教皇艦隊和威尼斯艦隊司令、75歲的老將費尼羅指揮的威尼斯艦隊已經到此一個多月了。約翰立即同兩位將領進行了會晤並相互交換了意見。
聯合艦隊的成員來自不同國家和盟邦，其風格習慣各不相同，加之排外情緒都比較濃厚，因此，打架、鬥毆以至殺人事件屢見不鮮。一些艦隊的官兵甚至抵制和反抗約翰的命令。約翰力排異議，採取果斷措施，將各國和盟邦的海、陸軍人員一律混合編制，極大地增強了聯合艦隊的作戰能力。
現在，聯合艦隊的實力爲：各式艦船300多艘，步兵8萬多人，而且其中有3萬人是經過接舷戰訓練的精兵。
約翰將所有兵力做了如下部署：指定柯爾格尼亞統一指揮陸上兵力。將聯合艦隊分爲中央、右翼和左翼支隊，另外還有前衛和後衛支隊。中央支隊由約翰親自指揮，費尼羅和柯倫拉協助指揮，共有快船54艘;右翼支隊由多里亞指揮，有快船53艘;左翼支隊由巴爾巴里哥指揮，有快船64艘。前衛支隊由卡爾多拉指揮，有快船54艘;後衛支隊由克魯茲侯爵指揮，有快船30艘。另有一些大船和運輸船組成一個運輸支隊。全艦隊還有炮艦6艘，兩艘爲一組分配給中央、右翼和左翼支隊。全部小船則分別配屬各個支隊。
9月10日，約翰召集了作戰會議，各位將領意見分歧，爭執不休。最後，基督教徒們用擲骸子的方式取得“決戰”的結果。然後，教皇的特派代表宣佈舉行隆重的誓師典禮，祈禱上帝保佑他們在戰鬥中取勝。
兩支海軍對峙勒潘多
9月15日，浩浩蕩蕩的基督教聯合艦隊從麥西拉港拔錨。10天之後，聯合艦隊來到科孚島。在此以前，土耳其艦隊曾採取軍事行動，攻打科孚島要塞，沒能成功，因此已經撤往勒潘多灣。
約翰馬上召集作戰會議，決定立即北上追擊敵艦隊，並採取一切方法誘敵出戰，聚而殲之。9月底，約翰率領中央支隊的艦船，直撲阿爾巴尼亞海岸上的哥米尼查，並令費尼羅和柯倫拉迅速跟上。
10月3日，除去部分大船以外，聯合艦隊全部在哥米尼查集結，然後拔錨繼續航行。兩天後，海面上濃霧重重，當殘陽沉入黑色的浪底時，約翰在旗艦“皇家”號上正式宣佈命令：如果此戰獲勝，所有奴隸划槳手一律獲得自由。立刻，艦隊沸騰起來，恰巧一羣白色的海鷗在艦隊上空飛過，聯合艦隊全體將士不禁將其視作吉祥的象徵，因此，歡呼雀躍，熱鬧非凡。
7日，聯合艦隊全速前進，趕到勒潘多。當一輪朝陽冉冉升起來時，海面上風平浪靜，很難看出，這裏正孕育着一場惡戰。聯合艦隊已經完成了戰前編組，數百艘艦船呈半圓形將土耳其艦隊封鎖在勒潘多灣。
土耳其艦隊幾乎同時也在進行調整部署，阿里巴沙擔任總指揮，普爾陶、哈桑、西羅柯和烏爾齊各自率領分艦隊，其陣容與聯合艦隊大致相同。土耳其海軍統帥阿里巴沙將艦隊擺成一個巨大的新月形，月牙的兩尖頂住佩特雷灣南北兩岸。他將艦隊同樣分成3個支隊，他親自指揮中央支隊的87艘快船和8艘小船;烏爾齊指揮左翼支隊的61艘快船和32艘小船;西羅柯指揮右翼支隊的54艘快船和2艘小船。另有8艘快船和21艘小船作爲預備隊使用。一路上他們殺氣騰騰，定要與異教徒們決一雌雄。
上午9時半，雙方艦隊逼近了。土耳其艦隊統帥阿里巴沙驚奇地發現，聯合艦隊前面的6艘中船，比土軍的任何一艘艦船都要大得多，就像威風凜凜的水上炮臺一樣，以嚴整的陣容撲過來，這讓他心中有些發毛。部將普爾陶建議艦隊後退，拉亂聯合艦隊追擊的隊形，然後尋找空隙殺一個回馬槍。阿里巴沙二話沒說，就下令立即進攻。
由於聯合艦隊和土耳其艦隊都各分成三個獨立的支隊，各支隊之中尚有一定距離，所以海戰在三個戰場分別打響。土耳其艦隊的右翼和聯合艦隊的左翼最先交火。土軍右翼剛剛進入聯軍左翼中船的火炮射程之內，中船火炮便開火了。密集而猛烈的炮火使得土軍無還手的機會，而西羅柯支隊開始混亂起來，如此強大的火力，遠遠出乎土軍的意料之外。但是，土軍艦隊對勒潘多一帶水淺礁多的水域特點和海岸線的情況比較熟悉，也深知聯合艦隊的中船入水深，因此奉命靠近岸邊航行，在淺水域躲避中船的威脅。另外，土軍還可藉此機會迂迴到聯合艦隊的後方，與火力稍差的快船和小船再做較量。可是，這一切都被聯合艦隊左翼支隊的將領巴爾巴里哥看在眼裏，他審時度勢，果斷地指揮左翼支隊部分艦隊，冒險攔截土軍艦隊的迂迴艦隻。由於水域太淺，中船不便靠前。還是有7艘土軍艦船穿過聯軍艦隊陣線與海岸間的空隙，而其餘都被巴爾巴里哥截住。雙方各種艦船混作一團，火炮轟鳴，飛箭如雨，血肉橫飛，場面極爲殘酷。
巴爾巴里哥的旗艦與土軍5艘戰艦糾纏在一起，雙方各不相讓，矢石俱下，硝煙瀰漫，突然，巴爾巴里哥被一顆飛彈擊中眼睛，只得離開指揮位置，造成聯軍左翼一時的混亂。巴爾巴里哥的侄子康塔里尼立即接替指揮，但不幸馬上又被炮彈擊中。這時，另一位將領拉尼又立即接替康塔里尼指揮，穩住了軍心和陣容，把土軍右翼的所有艦隻驅趕到了海岸邊。土軍放棄艦船，登陸逃命，聯軍的步兵緊緊尾隨，結果土軍全部被殲，無一艘土軍艦船漏網，就連土軍將領西羅柯在負傷之後，也做了俘虜。
就在聯合艦隊左翼支隊交戰半個小時後，中央支隊的戰鬥也開始了。約翰已經把火力最強的6艘中船分配給左、中、右支隊。這時，中央支隊的2艘中船發揚了極有成效的火力，將土軍阿里巴沙的編隊打亂成若干個分散的集羣。土軍水兵拼命划槳，力求避開聯軍強大的炮火壓制，靠近聯軍艦船，準備來一場接舷戰。約翰則指揮艦隊，保持着嚴整的陣容，緩緩向前。雙方正面相對，距離越來越短。終於，一場驚心動魄的接舷戰展開了。
阿里首先指揮旗艦向約翰的旗艦“皇家”號撞去，阿里的400名精兵立刻跳上“皇家”號，他們高呼口號，揮舞刀槍衝上前去，但馬上就被“皇家”號上300名火炮手發射的子彈擊退。阿里及時增補了兵力，並下令再次發動衝擊，土軍士兵在火槍齊射的掩護下，迅速將柏油、火箭拋到“皇家”號上，並燃起大火。雙方士兵還互相投擲牛油、羊油，以使對方艦船甲板打滑，腳底不穩，從而減弱對方的戰鬥力。此時，勒潘多海面上殺聲震天，煙霧濃濃。經過艱苦的反覆衝殺，約翰的將士們打退了土軍的又一次輪番衝擊。
費尼羅及時向約翰的“皇家”號旗艦補充了生力軍，因此，他指揮官兵向阿里的旗艦進行了兩次反攻，但同樣也被土軍擊退。肉搏戰愈打愈烈，海面上飄滿了舢板、斷槳、大量的死屍和落水的傷兵，熾熱的空氣中充滿了彈藥和血腥氣味，碧綠的海水已經被熱血染紅。
下午1時，雙方越戰越勇。聯軍將領柯倫拉一舉擊毀了土軍普爾陶的座艦，並將其放火焚燬。接着，柯倫拉指揮自己的座艦向阿里的旗艦高速衝去。聯軍以壓倒的優勢兵力，踏上敵方旗艦，猛烈衝殺。土軍統帥阿里被一顆彈丸擊中，聯軍一名士兵立即割下了阿里的首級，並高呼：“阿里死嘍!阿里死嘍!”頓時，哭喊聲響成一片，真是樹倒猢猻散，土軍聽到統帥陣亡的消息，個個嚇得魂飛魄散，軍心瓦解，鬥志全無。而此時的聯軍，卻越殺越勇，勢如破竹，終於，佔據了土軍旗艦，全艦剩餘的官兵全部投降。至此，土軍中央支隊遭到全殲。
約翰的右翼由久斯提尼防守，他剛剛同土軍交上手，就被烏爾齊打得慘敗。烏爾齊俘虜了不少聯軍的船隻，並且耀武揚威地把久斯提尼的座艦拖在其艦尾，繼續發展進攻。
聯軍將領卡爾多從預備隊中急忙調出8艘快船疾馳而來，趕去援救久斯提尼，但馬上遭到土軍16艘戰艦的圍攻。這是一場堪稱勒潘多海戰中最爲激烈、最爲壯觀的戰鬥。聯軍無心戀戰，急於前去增援久斯提尼，而土軍則死死咬住不放，欲置聯軍這8艘快船於死地。只見戰旗飄舞，彈丸呼嘯，殺聲震天，血肉橫飛，聯軍終於寡不敵衆，敗下陣來，卡爾多身負重傷，其部下只剩了50人。特別是教皇捐獻的“佛羅倫薩”號和另一艘 聯軍戰艦“桑吉阿尼尼”號上的所有將領、水手以及划船的奴隸，被殺得一個不剩。
這時，多利亞也已經發現自己鑄成的大錯，急忙調頭北上，趕回來參戰。克魯茲率領預備隊剩餘的船隻早已趕到戰場。與此同時，約翰的中央大軍已獲全勝，他立即抽派12艘快船趕來參戰。土軍烏爾齊看到這個態勢，趕緊懸掛起繳獲的聯軍戰旗，率領剩下的16艘艦船，在濃重的海霧和夜幕掩護下，逃回勒潘多灣。
夜深了，天氣越來越惡劣，約翰根據情況，放棄了繼續追趕的計劃，統帥聯合艦隊開入皮塔拉港拋錨避風。勒潘多海戰勝利結束了。
據統計，在這次作戰中，聯合艦隊共擊毀土耳其艦隊艦船113艘，俘獲117艘，繳獲火炮274門以及無數金銀財富和細軟，擊斃土軍將士3萬人，俘虜8000人，使土耳其艦隊幾乎全軍覆沒。而聯合艦隊只損失艦船12艘，被俘1艘，死傷1.5萬人。約翰兌現了戰前的宣言，1.5萬名基督教奴隸划槳手全部獲得自由。
勒潘多海戰大捷的喜訊迅速傳遍歐洲，基督教徒們歡喜若狂。
海戰的勝利，打破了土耳其不可戰勝的神話，使基督教世界重新振作起來，同時，也掀起了自第一次十字軍東征獲勝之後從來不曾有過的狂熱的宗教熱。羅馬教皇決定，把這次勝利作爲永久性的節日來祝賀和紀念，從此相沿成俗，保留至今。這次以奧斯曼土耳其帝國海軍與西歐基督教國家聯合艦隊之間展開的海戰，規模巨大，場面壯觀，廝殺激烈，異常殘酷。其主要特點是：作戰部署比較嚴密;規模較大，場面驚人;火力戰、冷兵器戰、接舷戰並用，戰鬥異常激烈、殘酷，實爲以往海戰所少見。
