大部分關於圖特摩斯三世的美吉多之戰的信息，我們是從一個叫做Tjaneni的古代軍事書吏官的記錄以及卡納克的阿蒙神廟的牆上的壁畫中獲知的。
爲了鎮壓迦南(Canaanite)聯軍，在確定了作戰方略後，圖特摩斯三世率領他的軍隊用了九天的時間從Sileh的埃及邊境要塞通過被稱爲“荷露斯之路”(Ways of Horus)的西奈公路抵達了Gaza這座埃及人在迦南的據點。埃及人在通過這條道路時，平均的行軍速度爲每天15英里。而後，他們放慢了速度，以每天8英里的進程在11天后到達了Yaham，此時正好是五月中旬。這樣的行軍速度或許反映了這樣一個事實：埃及人所通過的可能正是他們的潛在的或者是實際上的敵人的國土。事實上，在行軍中，圖特摩斯三世讓Djehuty將軍率領一支軍隊前往Jaffa，去包圍那裏的要塞，這是爲了確保埃及人的軍隊後勤的暢通。這說明，迦南聯軍主要是南部迦南人的聯盟。
到達Yaham之後，埃及人召開了一次軍事會議來確定他們進軍Esdraelon平原的路線，他們決定要通過美吉多。我們知道，此時迦南人已經在美吉多附近集中了他們所有的軍隊，他們將這些軍隊佈置在通往Carmel山脈的三條可能的行軍路線上來防止埃及軍隊的進入。南北兩條路線要比中間的通過Aruna到達平原的路線長，而且更加不容易防守。Aruna通道是一條狹窄的甬道，而且通道中只要有一支軍隊存在，就決不能擠進第二支軍隊。要通過這條通道，行軍時就意味要“人和馬都必須一個接一個地走”，而這樣的行軍方式對軍隊來說就意味着是種災難——他們將毫無防備地完全暴露在敵人的面前。鑑於此，圖特摩斯三世的將軍們力勸法老選擇另外兩個看似比較安全的道路行軍，即Yokneam路線或Taanakh路線。
“現在有另外兩條道路擺在我們面前。一條是我們東邊的道路，它通往Taanakh;另一條是靠近Djefti北邊的道路，選擇它，我們可以抵達美吉多的北部。請讓我們戰無不勝的主人選擇這兩條道路中的一條吧!這會令他的心感到滿意。千萬不要讓我們前往那條難以行走的通道啊!”——摘自卡納克阿蒙神廟上的碑銘。
然而，如果選擇Aruna通道，埃及軍隊就可以直達Esdraelon平原，而且，通道的出口離美吉多城只有1英里遠。我們可以設想，圖特摩斯三世和他的將軍們在做決定之前，一定已經派人對迦南聯軍偵察過。他們會發現，迦南聯軍已經將主力集結在了另外兩條通道的出口處，如果埃及人從那兒出現，他們就一定會遭到迦南聯軍的痛擊，造成巨大的傷亡。
因此，圖特摩斯三世阻止了他的將軍們的爭論，他決定通過Aruna通道。
埃及人通過三天的行軍終於在美吉多南部的琴納(Qinah)河邊出現了，途中他們沒有遭遇到任何敵人。在這三天的行程中，前兩天埃及人通過丘陵到達Aruna通道，第三天上午軍隊通過了這條甬道，下午他們的裝備也通過了，晚上埃及人就在平原紮營了。
法老的賭注下對了，他的這一戰術驚人地實現了。當埃及軍隊通過Aruna通道時，他們的先頭部隊能夠看到迦南聯軍的主力纔開始急急地返回美吉多。直到這天晚上，迦南聯軍才匆忙地在埃及人的戰線前擺好陣勢。
埃及人休息了一整晚，也許，這一晚的休息並不理想。從銘文中可以看到，圖特摩斯三世害怕敵人會在夜間突襲，他不斷地警告他的軍隊“……警惕!警惕!注意!注意!”他命令他的士兵“……準備好你們的武器，一旦那些骯髒的敵人在清晨出現，我們能夠立即給他們以痛擊!”所以，那一夜，埃及人可能都處於半睡半醒的狀態，時時準備着反擊。法老會緊張，是因爲這是他第一次完全控制了他的軍隊，而且埃及人也已經有20多年沒有打過仗了。所以，當時埃及人對這場戰役應該是信心不足的，而非像他們事後在銘文上所述“我們對凱旋充滿了信心”。如果當時迦南聯軍在清晨突襲埃及人，那麼，埃及軍隊可能連反擊的力量都沒有，因爲他們除了背後的Aruna通道，什麼都沒有!
第二天一早，埃及軍隊舉行了一個閱兵式，士兵們排着隊，踏着整齊的步伐從法老的面前經過，埃及人的盔甲在陽光下閃閃發光，旌旗舒展，馬匹嘶鳴，士兵們嘹亮的吼聲響徹四方。埃及軍隊的這一閱兵式極大地鼓舞了士氣，前一夜的萎靡不振一掃而空，埃及人對即將到來的戰爭充滿了勝利的信心!
圖特摩斯三世站在他的金色戰車上，頭戴藍色王冠“就像穿着戰神盔甲的荷露斯神再現”。法老已經準備好了戰爭，他將他的軍隊劃分成了三個集團軍，北部的集團軍被佈置在了美吉多西北部，他們是後備力量，爲了在必要時投入反擊;南部的集團軍被佈置在了琴納河以南的小山上;而法老本人則統帥中部集團軍。
埃及的敵人是數量龐大的(雖然這個描繪一定有所誇大)，我們從碑文上得知，至少有330個迦南國王率領了他們的軍隊來參戰。因此，埃及人站在了“漫山遍野的敵人”的面前。
但是，埃及人的攻擊給敵人帶來了毀滅性的災難，恐懼像浪潮一樣席捲迦南聯軍。一名埃及書吏這樣描寫當時的情景：“國王手持利劍親自領軍，他猶如燃燒的烈焰橫掃敵陣;國王單槍匹馬勇往直前，他將擋在他面前的野蠻人砍殺殆盡。國王俘獲了敵人的王子們，將他們變成了奴隸;國王奪得了敵人的黃金戰車，他飛身跳上敵人的戰馬，讓不羈的馬兒溫順地臣服於他手中的繮繩。”戰鬥打響後不久，迦南人便丟盔棄甲，四處逃散，然而，美吉多城的守軍卻不讓這些逃兵進入城中。於是，回撤的逃兵爬上了美吉多的城牆，他們的行爲減弱了美吉多城守軍的防禦，以至於這座城市陷入了失敗的命運，就連美吉多的國王和他們的法律都無法阻止它的發生。
可是，埃及人並沒有去攻打城市，他們轉而去搶劫敵人丟棄的裝備，這給了敵人逃脫和重組防禦力量的時間。古代的碑文是這樣說的：“……如果不是國王的軍隊背棄了他們的心去搶劫敵人的財產，那個時候，埃及軍隊一定能夠佔領整個美吉多……”從碑文中可以看到，即使在那個年代，埃及人也認識到了混亂的軍紀使他們的法老失去了一個快速勝利的機會，在這首場交鋒中，埃及人原本可以利用美吉多人的迅速潰退而提前贏得全面的勝利。
不管怎樣，征服美吉多和它的人民是十分必要的，因爲“……北部所有城市的統治者就住在美吉多，捕獲這座城市就等於捕獲了上千座城市。”因此，埃及人將美吉多城包圍了起來，他們在城的周圍掘出了一條護城河，並且還築起了木柵欄以防止城中的人出逃。這座城市最終於公元前1482年十二月才完全投降。由於這次戰爭帶來了巨大的戰利品，法老看起來對此很自豪：他爲埃及帶來了2041匹馬，這些馬匹都將在埃及被放養;他還爲埃及帶來了894輛戰車，其中有兩輛是用金子裝飾的;另外還有200副盔甲，其中有兩副是美吉多國王和卡疊石國王的銅鎧甲;除了馬，他還爲埃及帶來了數量超過25000頭的其他牲畜。
在美吉多大戰之後，圖特摩斯又領導埃及人蔘加了很多次通過迦南前往敘利亞的戰爭，在美吉多戰役之後8年，圖特摩斯放棄了美吉多城。但是，美吉多之戰的勝利對於埃及來說是十分重要的，因爲這場戰爭的勝利其實讓整個迦南在圖特摩斯三世統治時期都顯得很本分，起到了絕對的威懾作用。佔領美吉多城之後，法老緊接着又征服了Retenu。之後，法老建立了一支龐大的海軍部隊，這令埃及的影響力擴大到了整個中東地區，從此以後，埃及人可以在四、五天內通過海軍到達敘利亞沿海的任何一座城市，而過去，他們需要步行兩星期。這對於之後20年內圖特摩斯三世帶領埃及參與的與米坦尼人的爭霸以及完全征服敘利亞起到了重要的輔助作用。
