1937年，隨着七七事件爆發，掀起了一陣全國人民抗日的熱潮，不少進步人士不遠萬里奔赴延安，加入到了抗日的隊伍裏。國民黨擔心共產黨日益壯大後不好對付，於是也成立了一個叫做“戰幹團”的組織，這個組織任命桂永清爲教育長，打着抗日救國的口號，招收了大批愛國青年，對他們進行法西斯似的教育和訓練，試圖給他們洗腦，將他們變成反共的利器。
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1938年10月，國民黨遷移到了當時作爲陪都的重慶，“戰幹團”自然也隨之前往，爲了調節旅途氛圍，也爲了更好地向羣衆宣揚愛國抗日思想，學員們自發排練話劇，爲沿途百姓表演，對此，桂永清也很讚賞。
到了重慶之後，“戰幹團”駐紮在綦江附近，特務連也駐在離他們不遠的興隆場。學員們在接受訓練的同時，依然堅持排練話劇，爲百姓表演，於是桂永清批准他們成立了一個話劇團，這是件好事，可以以羣衆容易理解的形式宣傳抗日。當時學員們沉浸在興奮中，誰也沒料到，就是這個話劇團的成立，間接爲“綦河慘案”埋下了引子。
1939年底，話劇團編排了一出新話劇《楊秀清之死》，次年1月，新話劇已經成型，話劇團便經常在附近各種公開場合表演，受到了羣衆的一致好評。這部話劇有一個很應景的主題，它藉着太平天國失敗的故事，向大家宣傳要團結抗日的思想，這個主題正好是共產黨在宣傳的核心內容。附近的特務連向桂永清彙報了此事，說劇團宣揚共黨思想，他們之中一定有共產黨。
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剛好這個時候，附近一個學校的進步老師和學生會在街上張貼一些關於打軍閥、打土匪和抗日的標語，在國民黨特務眼中，這些就是共產黨乾的。於是這個黑鍋，也被華麗麗地扣在了話劇團身上，國民黨特務就用這兩個理由，便篤定了話劇團成員的共黨身份，完全不做任何調查，就處死了二十多個無辜的成員。事情遠遠沒完，這還只是開始而已!
四月時，一個叫做李可林的學員因不堪忍受他們的訓練，找機會逃跑了。這個學員平日裏跟話劇團交往比較密切，因此他的出逃又引起了特務的疑心。特務將一個跟李可林私交甚密的學員關押起來，對他進行嚴刑拷打，這名學員扛不住各種刑法，被屈打成招，“承認”了自己與話劇團私下有來往，特務還不滿足，繼續施刑，還給他灌酒，這名學員在昏昏然然的情況下，又“承認”了自己的共黨身份，還牽扯出一批“同黨”。
國民黨上峯很滿意這個效果，給特務們褒獎了六千多經費，作爲他們繼續清除共黨的花銷。特務們於是更加喪心病狂地搜捕共黨。凡是一切寫過抗日文章、詩歌，做過共黨抗日主張宣傳，和話劇團有過來往，不滿組織吞併自己私人物件，評論過《楊秀清之死》的人，無一倖免，通通都被抓去嚴刑拷打。特務們手段殘忍，棒打、鞭抽，電擊這些手段不在話下，更甚至還挖眼睛挖鼻子，實在是駭人聽聞。很多學員不堪重刑，紛紛“招供”出“同黨”。在這樣的情況下，遭到牽連的人越來越多，被招供出的“共黨”一律被特務祕密處死，要麼被活埋，要麼被捆上石頭沉塘，要麼被用亂刀戳死。
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有少數僥倖逃脫的學員把這事傳了出去，通過《新華日報》披露了出來，一時間舉國譁然，大家紛紛控訴批判國民黨殘忍迫害青年學生的行爲，國民黨迫於輿論壓力，下令徹查，然而處理的結果完全是敷衍，身爲“戰幹團”直接領導人的桂永清，身爲此次慘案始作俑者的特務頭頭，都以降職或者懲辦的幌子，調任他職，唯一有實質性的舉措就是釋放無辜學員，慰問傷殘學員，對那些被殘忍殺害的學員卻隻字未提。
在這次慘案中，在冊可查的有210多人，沒有在名冊上的有50多人，因受刑而殘廢的有40人。但令人髮指的是，軍政廳辦理此案的周振強上報的被害學員數只有20個，其他被害學員都被他用逃跑、開除等藉口分期上報。
直到上世紀七。八十年代，綦江附近的百姓開發土地，還不斷挖出一堆又一堆的森森白骨，無一不在昭示着國民黨曾經犯下的滔天罪行。
