南京的明故宮，是一座神奇的宮殿，至今還隱藏着衆多的未解之謎。早在600多年前，從朱元璋給明故宮選址開始，這裏就迷霧重重、暗藏玄機。迷信風水的朱元璋違背古制，沒有取“天下之中”建宮，而是決定將皇宮將於城垣東隅，後來明故宮又出現了“前昂後窪”，犯了風水說的“兇相”，加上宮中連連出現命案懸案，成了一座“凶宅”。
朱元璋是一個信風水、性情詭異的人，他選宮址也是按中國風水學原理進行的。南京的紫金山就像一條匍匐的龍，龍頭就是在燕雀湖(今前湖)。而城南的三山，從上往下看就像一隻蹲着的老虎。
朱元璋爲了佔據龍頭，於是下令調集幾十萬民工開始填湖。可當時的燕雀湖面積很大，而且地勢低窪，填湖填了很久才填滿。由於填湖工程太大，累死了不少民工，耗費的土石不計其數。
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經過三個階段的營建，明故宮終於建成了。只是，奉天殿、華蓋殿、謹身殿等宮殿建在原先的燕雀湖中，重力太大又不均衡，導致了明故宮嚴重前高後低。
宮城“前昂後窪”，對信風水的朱元璋來說是“凶兆”。但遷都未成，65歲的朱元璋心灰意冷。當時的朱元璋已經意識到：王朝的興衰成敗自有天命。他只求老天能念他的一片赤誠之心，造福他的子孫後代。
朱元璋猜忌心理特別重，當年輔佐他奪天下的功臣，除了沐英等少數人之外，都成了刀下冤魂。朱元璋當政時，發生過兩次殺人狂潮，一次是胡惟庸案，另一次是藍玉案，兩次殺戮共有10萬人喪生。而這些決策都是在奉天殿宣佈的，朱元璋辭世當天，那些沒有生養的妃子都在後宮被勒令上吊而死，這批冤死的宮女、妃子至少有幾十人。
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也許是殺戮太多，朱元璋當政時期，明故宮一帶就陸續出現怪事。
洪武十五年(1382年)以後，朱元璋的皇室家族屢屢出現神祕死亡事件。洪武十五年，身體一向很好的馬皇后突然肚子疼，當時，朱元璋請來了太醫，但馬皇后拒絕吃藥，不久就在坤寧宮去世，享年56歲。馬皇后的死亡不可能是謀殺，她的死充滿了神祕性。
在馬皇后死後不久，太子朱標的長子朱雄也夭折了，當時朱雄只有五六歲，死因不明。緊接着，朱標的妻子常氏也突然抱病，並很快去世。洪武二十五年(1392年)，朱標去了一趟西安就染上風寒，回到南京後死在東宮。從洪武十五年以後的10年之中，朱元璋就痛失了4位他非常喜愛的家人。
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朱標去世後，朱元璋的二兒子朱樉也去世了，洪武三十一年(1398年)，朱元璋的三兒子也去世了，這年的農曆六月初八，朱元璋感覺身體不適，初十九駕崩了。
朱元璋駕崩後，其孫朱允炆即位。但朱允炆剛登基幾年，他的叔叔朱棣就起兵了。在朱元璋攻下南京明故宮時，宮內燃起了熊熊烈火，大火熄滅，明故宮內的奉天、華蓋、謹身殿都被火燒了。
明朝中期前後，南京明故宮發生了大火災，前朝三大殿、內花園等先後遭火而毀，這是南京明故宮遭受的第二次浩劫。
崇禎皇帝上吊自殺後，小南明又遷都南京。但此時的明故宮已經破敗不堪，奉天殿已經化爲塵土。後來清軍佔領了南京，清軍將軍、都統二署設在明故宮。他們在裏面肆意折騰，明故宮就剩下個大概輪廓了。後經過太平天國的第三次摧殘，明故宮木、石材料已被搬運一空。
