福臨因董鄂妃之死，陷入了無法擺脫的困惑之中，心灰意冷到了極點。這時只有佛學理論使他還有所寄託，再萌出家之念。約於九、十月之交，福臨決心出家，由茆溪森剃度成了光頭天子。十月十五日，茆溪森本師玉林琇奉詔到京，聞其徒已爲皇帝剃髮，遂大怒，即命衆聚柴薪準備燒死茆溪森。玉林琇比茆溪森明智得多，他接近皇帝宣講佛法，目的是希皇帝以至高無上的權威，發揮護法作用，他決不要皇帝出家而無所依靠。這點他與木陳忞的態度是一致的。因此他勸福臨說：“若以世法論，皇上宜永居正位，上以安聖母之心，下以樂萬民之業;若以出世法論，皇上宜永作國王帝主，外以護持諸佛正法之輪，內住一切大權菩薩智所住處。”福臨聽其諫，許蓄髮，罷出家之念。茆溪森因以免燒，當月便離京南還。福臨雖然不再出家，但精神卻再也振作不起來。
福臨自親政伊始，曾雄心勃勃，力圖振興國祚，政治一新，但卻力不從心，致使矛盾重重，他已疲憊不堪了。在董鄂妃未薨前，他曾對木陳忞說：“老和尚許朕三十歲來爲祝壽，庶或可待。報恩和尚(玉林琇)來祝四十，朕決候他不得矣。”他已自覺骨瘦如柴，體力不支，難以“捱得長久”到四十歲，頂多勉強可以活到三十。他的精神支柱已轟然坍塌，已覺不久於人世，再也無力支撐這座輝煌的帝國大廈了。大概是他不希望最寵幸的太監在他身後伏法，順治十八年(1661)正月初二，他安排吳良輔出家爲僧。這天他親臨憫忠寺觀看吳良輔出家儀式。
歸來的當晚即染上天花，發起高燒來。他預感病體沉重，勢將不支，初六日深夜急召禮部侍郎兼翰林院掌院學士王熙及原內閣學士麻勒吉入養心殿，口授遺詔。王熙、麻勒吉二人退至乾清門下西圍屏內，以初七一天的時間撰擬。“凡三次進覽，三蒙欽定，日入時始定。”當夜，年僅二十四歲的青年天子便與世長辭了。
福臨晏駕後，麻勒吉及侍衛賈卜嘉二人“捧詔奏知皇太后，即宣示諸王貝勒貝子公大臣侍衛等”。遺詔立八歲的皇三子玄燁爲皇太子，繼帝位，命索尼、蘇克薩哈、遏必隆、鰲拜爲輔政大臣。遺詔實爲罪己詔，共羅列十四條罪過，主要是未能遵守祖制漸染漢俗，重用漢官致使滿臣無心任事，幾乎完全否定了他自己一生中最有光彩的政績。
至於這是否福臨本意，即這十四條是否福臨過目批准的已無從知曉。但卻留給了後世之疑：遺詔公佈前先“奏知皇太后”;遺詔的主要起草者王熙事後對此守口如瓶：“一不以語子弟，世遂莫得而傳。”“面奉憑几之言有事關國家大計，與諸大臣再三密議而後決者，公終身不以語人，雖子弟莫得而傳也。”
因此，人們有理由說“遺詔本出太后(昭聖皇太后)授意，實爲母責其子之言”。但不論怎麼說，福臨一死，他便被徹底否定了。
福臨崩後，梓宮厝於景山壽皇殿。四月十七日，由再次進京的茆溪行森秉炬，舉行火化儀式。茆溪森的偈語云：“釋迦涅盤，人天齊悟，先帝火化，更進一步。大衆會麼?壽皇殿前，官馬大路。”
火化後寶宮(骨灰罐)安葬於遵化馬蘭峪，是爲孝陵。廟號世祖，諡號章皇帝，後世累有尊諡，至乾隆元年尊諡加爲二十二字：體天隆運定統建極英睿欽文顯武大德弘功至仁純孝章皇帝。
