張居正死後初期，萬曆帝尚能保持對朝政的興趣，但不久就開始怠政。他先採取非常手段，擺脫張居正、馮保和李太后的影響和控制，萬曆皇帝最重要的政績就是進行了“三大徵”，表現出一定的魄力和能力。但是，萬曆皇帝並沒有在此基礎上更進一步，而是居功驕傲，怠於政事，從勵精圖治到消極怠政。
萬曆十四年九月，萬曆帝因病連日免朝，給內閣的解釋是“頭暈眼黑，力乏不興”，服藥之後依然“身體虛弱，頭暈未止”，不但無法上朝，祭祀太廟也無法親自前往。萬曆十四年後，萬曆帝就開始連續不上朝。李太后年紀漸大，對明神宗也實在無力再管束。
自萬曆十六年後，常朝也經常看不到萬曆帝。萬曆帝整日在深宮中不理政事，沉浸在花天酒地之中。每年還進行選美。神宗還好營建，經常大興土木。在他二十一歲時就開始籌建陵園。
萬曆十七年元旦後，萬曆帝以日食爲由免去元旦朝賀。此後每年的元旦萬曆帝再也不視朝。同年十二月二十一日，大理寺左評事雒於仁上疏，稱神宗沉湎於酒、色、財、氣。閣臣王家屏次日再上一本，自請罷官。
萬曆帝還派礦監和稅監搜刮民間財產，導致多處民變發生。由於萬曆帝不理朝政，缺官現象非常嚴重。萬曆三十年(1602年)，南北兩京共缺尚書三名，侍郎十名;各地缺巡撫三名，布政使、按察使等六十六名，知府二十五名。萬曆帝委頓於上，百官黨爭於下，政府完全陷入空轉之中。官僚隊伍中黨派林立，互相傾軋，如東林黨、宣黨、昆黨、齊黨、浙黨等名目衆多，但其所議議題卻不是如何改良朝政，只是人事佈局而已。因此明史言:“論者謂:明之亡，實亡於神宗。”
最後萬曆帝竟三十年不上朝，只在萬曆四十三年(1615年)勉強到金鑾殿上，許多朝臣都沒見過皇帝一面，導致國力衰退。
萬曆帝在位期間另外兩項嚴重敗壞朝綱的事件是東林黨爭和國本之爭。東林黨源於顧憲成組辦的東林書院。東林黨一詞則起源於萬曆三十八年的一次人事變動事件。起因是內閣缺人，顧憲成極力主張頗有政績的淮揚巡撫李三才入閣，結果被反對李三才入閣的勢力摸黑漫罵，東林黨因此而起。東林黨興起後，朝中其它各黨便集中火力攻擊東林黨。閹黨專權後，東林黨更受到嚴重打擊。直到崇禎初年東林黨才重新被啓用。
另外一項政爭是國本之爭。主要是圍繞着皇長子朱常洛與鄭貴妃所生的福王朱常洵。萬曆帝遲遲不立太子，令羣臣憂心如焚。朝中上下也因此分成兩個派別。直到萬曆二十九年，朱常洛才被封爲太子，朱常洵被封爲福王。但是福王遲遲不離京就任藩王。直到梃擊案發生，輿論對鄭貴妃不利後，福王才離京就藩。
不過萬曆朝的亮點則是包括援助朝鮮王朝抵抗日本侵略的壬辰倭亂、平定寧夏哱拜之亂、平定貴州楊應龍之亂的的萬曆三大徵都取得了勝利。萬曆四十六年(1618年)，後金努爾哈赤以“七大恨”告天，誓討明朝。次年在薩爾滸之戰中大敗明軍，明朝對女真從此轉爲戰略防禦。
