許多人認爲萬曆長年“不朝”，是萬曆怠政的一個重要表現，也是國事艱難的原因。事實上，不上朝和不理政是完全不同的兩個概念，“萬曆三大徵”的勝利就是在不上朝的時期取得的。
萬曆中期後雖然不上朝，但是不上朝之後並沒有宦官干政，也沒有外戚干政，也沒有嚴嵩這樣的奸臣，朝內黨爭也有所控制，日本入侵朝鮮、女真入侵和梃擊案萬曆都有反應，表示奏章還是有在看，並透過一定的方式控制朝局。
《明史·神宗本紀》指出，“明之亡，實亡於神宗”。
黃仁宇在《萬曆十五年》曾提到“當一個人口衆多的國家，各人行動全憑儒家簡單粗淺而又無法固定的原則所限制，而法律又缺乏創造性，則其社會發展的程度，必然受到限制。即便是宗旨善良，也不能補助技術之不及。”
