天京即今日的南京。明清兩代交替期間，南京城並未遭到什麼破壞，清政府在此設立了兩江總督衙門，管轄江蘇、江西和安徽3省，仍然保持了南京作爲東南重鎮的地位。在清代前期，南京的城市經濟持續發展，特別是絲織業發展到了鼎盛時期。清政府特設江寧織造署來管理絲織業，著名小說《紅樓夢》作者曹雪芹的祖上就曾經先後擔任江寧織造官近60年之久，從而構成了《紅樓夢》書中內容的重要歷史背景材料。
1853年3月，廣西桂平縣金田村起義的太平軍進抵南京城。天王洪秀全直接進至兩江總督署，不久即就此改建爲“天朝宮殿”(1853-1864年)，太平天國建都天京期間，曾經在此頒佈了以廢除封建土地制度爲核心的《天朝田畝制度》，推行了“耕者有其田”的政策。在太平軍內部實行平均分配的“聖庫”制度，並設立諸匠營和百工衙等統一管理各種手工業的機構，還實行了解放婦女和逐步開放商業的政策。由於太平天國政權的種種失誤，使清政府得以重新聚集力量來反撲。1864年7月天京終於被攻陷。清軍入城後，洗劫了天王府及其他王府和倉庫，並縱火焚燒，使金陵遭到了一次浩劫。此後，南京又被清政府用作統治東南地區的中心。並根據被迫與英、法等資本主義列強所訂的不平等條約--《天津條約》、《北京條約》，將南京下關開放爲商埠。在1911年辛亥革命前的50年間，清政府在南京開辦了幾處以軍火工業爲主的近代機器的印刷、發電等工廠;興建的寧滬、津浦兩條鐵路，分別於1908年和1911年通車，又興辦了江南水師學堂、江南陸師學堂、高等學堂，以及三江師範學堂(後改稱兩江師範學堂)等等近代化教育機構。我國近代的文豪魯迅，曾於1898年至1902年間先後就讀於江南水師學堂和江南陸師學堂附設的礦務鐵路學堂。
