愛國思想
義和團具有樸素的愛國思想，對外國的侵略給中國帶來的災難十分痛恨。他們表示：“最恨和約，誤國殃民;上行下效，民冤不伸”還有些義和團組織更希望能使國家從屈辱的境地擺脫出來，如當時的紅燈照就宣佈要以法術“遠赴東洋，索還讓地並償二萬萬之款”。
排外思想
與愛國思想相對應，義和團也存在一些排外的思想與舉動。這些行爲實際上是一個複雜的現象，應當進行實事求是的分析，不能簡單化處理。一是義和團爲抵抗清軍鎮壓或外國侵略軍的進攻而在部分地區採取的毀鐵路拔電杆的行爲，這些舉動是基於戰爭形勢的需要，並不存在仇視外國科學技術的問題。如淶水之戰楊福同被殺後，義和團開始大規模拆毀鐵路，根據當時有人的分析，其緣由是“意謂前既拒殺官長，禍必不免，毀路所以阻兵，燒站而死西人，更可圖快。”。過去有人僅憑義和團的宣傳“拆鐵道，拔線杆 ，緊急毀壞大輪船”就認爲這是敵視西方文明的舉動，這是不嚴肅的。
二是部分義和團員基於仇外對西方器物的大規模毀壞，如“團中雲，最惡洋貨，如洋燈、洋磁杯，見即怒不可遏，必毀而後快。於是閒遊市中，見有售洋貨者，或緊衣窄袖者，或物仿洋式，或上有洋字者，皆毀物殺人，見洋字洋式而不怒者，惟洋錢而已。”(佚名：《天津一月記》)此外，義和團還殺害了很多無辜捲入的教徒和一些接受西方文化的知識分子，“若紙菸，若小眼鏡，甚至洋傘，洋襪，用者輒置極刑”。這些行爲遭到後世論者的極大詬病，認爲是封建矇昧主義的體現。
三義和團是一個鬆散的組織，在一部分義和團不分青紅皁白籠統排外的同時，另一部分部分義和團並沒有完全排斥西方器物。一些義和團員在實戰中意識到洋槍的優點並加以使用，如俄國隨軍記者揚契維茨基說：“街上到處都是扎着紅頭巾的義和團，不過，現在他們不僅手持長矛大刀，而且有的也拿着步槍了”。還有一些義和團只要形勢需要，並不拆毀鐵路。如新城某團“其團規不赴調出戰，不濫殺教民，不拆鐵路，頗守正。”又如在保定西關“鐵路人人自危，皆錯愕不知所爲。或獻計曰：‘莫如迎師立廠，拳匪顧念同類，或可免意外之虞。’觀察不得已從之，立廠於西關永寧寺，迎師教練，誡毋焚殺。鐵路諸色人等盡入其中。由是人心始定，拳匪與工役耦居無猜，附省二百餘里鐵路得以無恙。” 。
迷信思想
義和團存在大量的迷信思想，這是由於構成義和團員主體的中國農民在當時缺乏先進的思想武器，只能以落後的迷信思想來解釋外國侵略者給中國帶來的災難，當時的義和團普遍認爲中國的災難是遇上了“劫運”。稱“劫運到時天地愁，惡人不免善人留”(《庚子大事記》)。而災難的源頭就是洋人：“天無雨，地焦乾，全是教堂遮住天”，這種認識對義和團的迅猛發展起到了重要作用。同時，義和團也把抵禦外侮的希望寄託在超自然力量上，希望通過迷信儀式達到刀槍不入的效果，如《閉火分砂咒》：“弟子在紅塵，閉住槍炮門，槍炮一齊響，沙子兩邊分”。
宗教迷信觀也是義和團進行宣傳鼓動的形式，義和團在“請神”時“以降神召衆，號令皆神語。傳習時，令伏地焚符誦咒，令堅合上下齒，從鼻呼吸，俄而口吐白沫，呼曰神降矣，則躍起操刃而舞，力竭乃止”(《拳變餘聞》)。用“升黃表，焚香菸，請來各等衆神仙”的形式吸引羣衆，因而義和團運動中大量充斥着形形色色的迷信思想。這些迷信思想在義和團運動的初期起到了一定作用：共同的迷信思想成爲聯結各個義和團組織的紐帶，使義和團在組織鬆散的狀況下仍能堅持鬥爭。義和團的迷信思想成爲維持紀律的工具，據記載，義和團員“其受傷深重而不能復活者，大師兄遍搜其身，或偶攜有他物，則曰是愛財，曾搶藏人物，故致死，萬不能活矣。故多不敢輒搶”(《亂中日記殘稿》)，故在義和團運動的初期，義和團能保持較好的紀律。
迷信思想還起到了鼓舞士氣的作用，在八國聯軍入侵初期，“拳匪信槍彈不傷之妄，遇有戰事，竟衝頭陣， 聯軍御以洋槍，死者如風驅草。乃後隊存區區之數，尚不畏死，倏忽間亦中彈而倒”(《拳亂紀聞》)。當然，迷信思想並不能在先進技術前取勝，故在義和團運動後期，迷信思想在很大程度上失去了作用，部分義和團員曾經高漲的士氣衰落，天津六月八日義和團冒雨出戰，練軍以三炮相助，“洋人果出，僅三人。各執槍向團，團即反奔，途中自相語曰，天雨矣，可以回家種地矣，似此吃苦何益，次日即散去大半”(《天津一月記》)。而義和團運動後期義和團員違法亂紀的行爲則更是屢見不鮮。
