土地政策隨着中原人口的大批南下，不僅使南朝增加了勞動力，而且帶來了先進的生產技術，爲南方的進一步開發提供了有利的條件。南朝政府對北來的流民起初採取僑立州郡的政策，後來，東晉和南朝政府爲了擴大剝削對象，改行土斷政策。所謂土斷，就是撤銷僑州郡縣和僑籍，讓僑戶和土著居民一起在當地著籍，並且同樣負擔國家的賦役。自東晉到陳朝時期，共進行九次土斷。其中，364年桓溫進行的“庚戌土斷”和413年劉裕進行的“義熙土斷”，成效最爲顯著。土斷後，南朝境內的僑寓政府便陸續消失了。
農業發展東晉、南朝時期，南方的農業普遍有所發展。比較突出的地區，是長江中、下游的荊、揚二州。揚州是東晉、南朝經濟最發達的地區 。其中都城建康及其周圍地區發展很快。東晉在曲阿(江蘇丹陽)立新豐塘，溉田八百多頃。宋在湖熟起廢田四千多頃。宋向京口、姑熟移民，齊在句容修赤山塘。揚州“地廣野豐，民勤本業，一歲或稔，則數郡忘飢”。三吳(吳郡、吳興、會稽)是東晉政府最重要的基地，經濟發展尤爲突出。東晉在吳興烏程(浙江湖州)築荻塘，溉田千頃。宋在烏程修吳興塘，溉田二千餘頃;又在會稽一帶開墾湖田，“皆成良業”。東晉、南朝政府的各種支出，主要依靠三吳。洞庭湖周圍的荊、湘地區發展也很快 。樑罷義陽(河南信陽)鎮兵以後，“江湖諸州並得休息，開田六千頃。二年之後，倉廩充實”。與浙江相鄰的閩中、鄱陽湖周圍地區，也有較快的發展。此外，淮南地區，土地肥沃，流民集中。壽春附近有芍陂灌溉農田，地方千里，“良疇萬頃”，是重要糧食產地。江南地區普遍實行麥稻兼作，嶺南種雙季稻。元嘉以前，淮南是經濟發達的地區。元嘉末，由於宋魏戰爭，淮南遭到破壞。經過齊、樑二代的經營，江淮間一些地區的生產也迅速恢復、發展。益州則號稱“沃野天府”，物產豐富。廣州也是富庶的經濟地區。
士族田莊在南方經濟的發展中，南、北士族地主都採取田莊形式進行生產。其中北方士族南遷時，都帶來大量部曲和佃客，唯一缺乏的是田地。因此，他們到處“求田問舍”，不擇手段地謀取土地。如刁逵在京口一帶掠奪土地達萬頃。與此同時，南方士族地主也進一步擴張自己的經濟力量。士族地主在他們佔領的平原和山澤上建立田莊，當時稱爲“墅”或“園”。如會稽士族孔靈符在永興建墅，“周圍三十三裏，水陸地二百六十五頃，含帶二山，又有果園九處”。謝靈運在始寧的墅有南北二山，山上有五個果園，沿水渠兩岸有大批良田。農業在士族田莊經濟中佔主導的地位。田莊中有大量的耕地，又有河湖水渠等水利灌溉系統。在耕地上種有稻、麥、粟、桑、麻、蔬菜等作物。僅次於農業的是園林業，經營竹木果樹等。此外，還有養魚業和畜牧業，並從事紡織、釀造、製造生產工具等多種手工業生產。由於從事多種經營，使士族地主田莊具有自給自足的性質。田莊裏的生產者，主要是佃客、部曲和奴隸。士族地主對他們的剝削和壓迫是殘酷的。但它把大量勞動人手組織起來，在山區水濱進行墾植，特別是在東晉和南朝前期，士族地主還關心生產的時候，地主田莊對江南地區的開發是起一定的積極作用。以後，由於門閥土族日益腐朽，田莊也就成了束縛生產力發展的障礙。
手工行業東晉南朝時期，紡織業比較發達，養蠶技術已經相當可觀，豫章等地一年蠶四、五熟，永嘉等地一年八熟。絲、綿、絹、布等是南朝調稅的主要項目，因此紡織是民間普遍的副業。其中荊、揚二州的紡織業尤爲發達。錦業在益州也早負盛名。劉裕滅後秦，把關中的織錦戶遷到江南。南朝後期，織錦業也發達起來。富豪人家穿繡裙，着錦履，以彩帛作雜花，綾作服飾，錦作屏障。南朝時，政府都設有專官管理礦冶。建康尚方有東、西二冶(宋、齊時有南冶，後廢)，州、郡有礦冶的設冶令。另外還有不少私家冶鋪作坊。在冶鑄技術上，用水排鼓風冶鑄已在南朝應用。鍊鋼技術也有很大進步。那時還發明一種雜煉生鐵和熟鐵的灌鋼法，即把生熟鐵混雜起來冶煉，火候到時，生鐵先熔化，滲淋入熟鐵中，然後取出反覆鍛鍊，就成爲優質鋼，用來製造寶劍和刀、鐮。到三國、西晉時，瓷器的燒製已經達到成熟階段，東晉、南朝時又有新的發展。當時瓷器的代表性產品是一種通體青釉的青瓷，產地比較集中的是會稽郡(浙江紹興)一帶。青瓷胎質純，硬度高，釉料勻，通體青瑩，造型多樣美觀。考古發掘，江南許多地區的制瓷技術逐漸成名，並各有自己的特點。造船業在東吳的基礎上又有較大的發展。運輸、作戰用的艦船隻很多，往來於東海、南海和內地河道的船隻頻繁，大者可載重二萬斛。造紙業有了新的發展。壓光和染色是這一時期造紙技術的新成就。當時紙的名目很多，其中用藤皮造的藤角紙是一種質地優良的紙張 。造紙業的發達對當時文化的發展起了積極的作用。
商業發展農業和手工業的發展，加上江南河流縱橫，水上交通方便，爲商業發達提供了基礎和有利條件。士族豪強兼併土地，官府賦稅徭役繁重，許多中小地主和農民被迫從事商販活動。貴族官僚有免關津稅特權，在任期屆滿時帶着大批貨物作爲“還資”，然後轉販各地。官府徵收租調要農民折錢交納，農民被迫出賣自己僅有的農副產品。因此，南朝出現商業畸形發展的現象。當時南方的重要城市有建康、江陵、成都、番禺(廣州)等地。建康是東晉南朝的政治中心，也是長江下游的經濟中心。這裏“貢使商旅，方舟萬計”。蕭樑時期，建康城內有居民28萬。城內有四個市，秦淮河北有大市和小市十餘處。會稽、吳郡、餘杭等地也是“商賈並湊”。番禺是海外貿易中心，南洋各國，以及天竺、獅子國(斯里蘭卡)、波斯(伊朗)等國的商船，“每歲數至”，或“歲十餘至”。江陵“當雍、岷、交、樑之會”，商業也較發達。成都不僅商業繁盛，而且也是高級絲織品的重要產地。市場上既有奢侈品，也有普通的生產、生活用品。商賈小者坐販於列肆，大者轉運於四方。商稅是南朝收入的大宗。東晉、南朝都注意貨幣鑄造，但幣制混亂，數量不足。
自耕農民自耕農是當時農業生產的重要力量，是封建政府榨取的主要對象。他們對政府的負擔有租調、雜稅、徭役三大項。宋、齊時的田租大概沿襲東晉後期的制度，即口稅米五石。戶調剝削，在宋孝武帝規定：“天下民戶，歲輸布四匹”，歲輸布四匹，只是每戶農民應納戶調的平均數目，徵收時仍採取“九品相通”的辦法，即事先評出戶產，定出戶等，然後再依照戶等的高低分派。在戰爭時期，一般農民也有兵役負擔，各種徭役更是隨意徵發。於是，許多自耕農破產流亡，越來越多地淪爲士族田莊裏的部曲和佃客。
