譚綸建議戚繼光立即率兵返回山東交出官印，並遞交請罪書，或許還能逃過一死，他告訴戚繼光如果是浙江兵馬殺退了倭寇那是奇功一件，但他帶着山東的兵來管浙直的事，功過未必能相抵，他又勸戚繼光再見了胡宗憲切莫再頂撞他，但戚繼光卻聽不進勸，認爲自己天生不是做官的材料。
戚繼光剿滅倭寇死士一事，震動大明朝廷。嚴嵩和徐階也對如何處置戚繼光十分頭疼，決定等胡宗憲的奏疏到了再決定。
胡宗憲讓戚繼光擬出一份爲國捐軀的將士名單，朝廷將按規定對他們的家屬進行撫卹，殺敵有功的將士也將按梟首數量行賞，該賞的賞完了，胡宗憲令人將戚繼光押入大牢，胡守仁率衆將士求胡宗憲開恩，胡宗憲卻不爲所動，讓戚繼光訓完兵自己去大牢裏呆着。
王昱竹來到大牢裏替戚繼光送飯，她擔心戚繼光的處境，戚繼光卻沒事人般對王昱竹只說了三點：一，進大牢是因爲殺倭寇的功抵不過私自出兵的過;二，胡部堂關自己是救自己;三，自己反正馬上就要出去了。王昱竹顯然無法理解，一個關在大牢里人的是如何有自信馬上就能出去的?戚繼光告訴她，橫豎山東是回不去了，要麼胡部堂留着他，要麼就上刑場。
胡宗憲加急奏疏請示朝廷該如何處置戚繼光，他告訴徐渭，此次戚繼光剿滅倭寇一事，客觀上證明了軍制變法的必要性。
十三年不問朝政的嘉靖皇帝也被此事驚動，他問身邊的太監對此事有何看法，太監告訴他從此事可看出一支募兵制的軍隊確實優於衛所制，徐閣老不結黨，他是惜才纔不殺戚繼光，而募兵制一興起勢必會搶了某些人嘴裏的食，嚴閣老定然不會樂意。嘉靖皇帝宣胡宗憲進京見駕，想聽聽他對處置戚繼光有什麼意見。胡宗憲給出的答案就是“此人可用”。
胡宗憲認爲戚繼光可用即擺明了與恩師嚴嵩作對，嘉靖帝讓他臨行前去見見嚴閣老，胡宗憲面對恩師直言道戚繼光提倡之募兵制實乃拯救大明之唯一途徑，自己不但要保戚繼光，還要磨鍊他、培養他。嚴嵩落寞地說募兵制一起無異於在六部官員嘴裏搶肉，他胡宗憲如此做是想置他自己和嚴家於何地啊?胡宗憲無奈下跪求恩師原諒。
胡宗憲審時度勢，將戚繼光留在身邊，卻只給了他一個都司僉書的職位，主管屯田、軍械，不帶兵。
戚繼光藉着管軍械之機開始研究兵器改良，他告訴胡守仁現在最厲害的武器就是火器，火銃雖然有準繩，但衝擊力小不能抵禦大批敵人，佛郎機炮火力大，但是太沉重，不便於隨軍搬運，他想發明一個集合兩者優點的一種武器，一旦研究成功就可以減少傷亡，保住精銳。沒想到鐵匠按戚繼光圖紙製造的炮一試用就炸傷了戚繼光自己，王昱竹得知消息咋咋呼呼地衝來把戚繼光好一頓埋怨，胡守仁看着兩人打情罵俏的樣子好笑地躲了出去。
徐渭一眼便看穿了胡宗憲的用人之道，原來，胡宗憲此舉是“熬鷹”之策，要馴服戚繼光身上的野性，鍛鍊他的心智。
