乾隆南巡聲勢浩大，花費頗多，不可能所有銀兩都由國庫支出。乾隆南巡的主要財政支柱是兩淮的鹽商，兩淮鹽運使司公署就設在揚州城內，八大商總也住在揚州城內。
乾隆十四年十一月，兩淮鹽政吉慶上奏《奏爲聖駕南巡兩淮商人程可正等公捐百萬銀兩事》，奏摺中提到“江省幸蒙恩允南巡，萬姓歡騰，淮商倍切所需費用久願公捐，其踊躍難形情狀”，由此就可見當時爲迎接乾隆首次南巡，鹽商積極踊躍、拋金撒銀的巨大手筆。
賈麗琴說，乾隆南巡，揚州是“駐蹕之地”，爲迎接聖駕，必然要對道路、橋樑、碼頭、行宮名勝甚至是附近上山道路進行修整。《清宮揚州御檔》中，江蘇巡撫雅爾哈善就有一道題爲《奏爲江都縣瓜洲渡江馬船大修所需工料請動支給辦事》的奏摺。南巡路線中，乾隆從揚州遊覽結束後，必然要從瓜洲過江至鎮江。而瓜洲渡江大馬船自乾隆九年小修，至此已經過了5年，船身已經腐朽，雅爾哈善這道奏摺正是請旨希望從司庫存公銀內支取大修所需工料造價。
對於南巡事宜的開支報銷，乾隆做出了動用官項和淮商捐資分別報銷的諭旨。根據乾隆的指示，兩江總督黃廷桂、兩淮鹽政吉慶也擬定了相關規定，要求專款專用，如道路、橋樑、碼頭、營尖、茶棚等類動用藩庫銀兩，行宮、名勝及附近上山道路、鋪墊、陳設等類動支兩淮鹽運銀庫的商捐銀兩，各項支出分別登記造冊。
乾隆南巡涉及地方較多，對於各地及官項、商捐項花費的平衡，考慮到地方官員需要辦理的事項較多，又從商捐項下撥銀十五萬兩，交與藩庫幫助地方官員辦理事務。具體爲，撥銀五萬兩給江寧藩庫，十萬兩給蘇州藩庫，由他們根據各自實際情況酌情動用。專門撥給河庫兩萬兩，辦理相關事務。
