理性治國
由於幼年生活的坎坷，孝宗一直身弱多病。但孝宗卻勤於政事，不僅早朝每天必到，而且重開了午朝，使得大臣有更多的機會協助皇帝辦理政務。同時，他又重開了經筵侍講，向羣臣諮詢治國之道。孝宗還開闢了文華殿議政，其作用是在早朝與午朝之餘的時間，與內閣共同切磋治國之道，商議政事。
朱佑樘提倡直言進諫，爲人寬厚仁慈，躬行節儉，不近聲色，勤於政事，重視司法。孝宗皇帝的勤政終於得到了回報，弘治朝吏治清明，任賢使能，抑制官宦，勤於務政，倡導節約，與民休息，是明朝歷史上經濟繁榮、人民安居樂業的和平時期。被史家稱爲“弘治中興”。
統治後期
由於孝宗多難的童年使得他的身體一直不好，他希望通過佛道之術能改變自己的身體狀況。因此一些奸佞之輩再次混入宮中，再次禍亂朝政。宦官李廣就是其中之一，深得孝宗的寵信。後來李廣畏罪自殺，孝宗以爲李廣家中有天書，命人搜尋，卻搜出了李廣貪污、受賄的賬本，孝宗這才醒悟。
李廣事件喚醒了那個沉睡多年的勵精圖治的孝宗皇帝，他開始了生命中第二個，也是最後一個勤政時期。朱佑樘開始不斷反思自己以前的所作所爲，重新遠佞臣而重用劉大夏、戴珊等賢臣，大力整頓朝綱，可是過大的工作強度也徹底拖垮了他的身體。
公元1505年，即大明弘治18年，一代英主朱佑樘病逝於乾清宮，得年僅36歲。他在彌留之際召劉健、李東陽、謝遷等入乾清宮接受顧命，命傳位於皇太子朱厚照，並叮囑諸卿說：“太子人很聰明，但是年齡還小，又好逸樂，諸卿要好好輔佐他，使他擔當起大任，朕死也瞑目了。”最後給太子朱厚照的最後囑咐是“任用賢臣”。
