石山合戰發生的原因，通常的說法是因爲信長提出了要在石山御坊的寺地築新城的無理要求，但是史料上卻沒有明確的證明。
日本戰國時代元龜元年春，爲了阻止將軍足利義昭再興的行動，織田信長向義昭送去了"五條書(內有五條禁令的條令狀)"。之後，信長親自上洛，前往禁中討伐將軍義昭。當時，德川家康也開始奉命向當時的近鄰各國發送協同上洛的書狀，而當時的越前大名朝倉義景答應了保護將軍義昭，作爲將軍的後援。爲此，信長於4月19日在禁中獲得了討伐朝倉家的"勅命"，並很快於翌20日組成了所謂的"官軍"，與家康一起出陣。但是，由於信長的妹妹--嫁給近江淺井長政的阿市向信長泄露了淺井家背叛的消息，信長於28日收陣歸京，並於5月9日退回岐阜城。6月28日，織田·德川聯合軍近江出陣，在近江的姉川附近擊破淺井·朝倉聯合軍，史稱"姉川之戰"。
7月27日，被追放出京的三好三人衆與三好康長以管領家嫡流的細川六郎爲盟主，於攝津國的野田·福島出陣，鈴木孫一等當時也加入了三好家(《足利季世記》、《細川兩家記》)。三好勢不久便加入了淺井·朝倉的殘黨，在野田和福島築城並在中之島、天滿森佈陣(《足利季世記》中記載:"……在陣前挖掘了壕溝、建築了屏障、射擊孔，在河流的淺水處以大樹遮擋並建築屏障……)。8月17日，三好勢進入河內國古橋城。
趁着這個機會，石山本願寺的法主顯如聯結三好軍，發動各國的門徒衆紛紛舉兵對抗信長。9月12日，本願寺的門徒衆向信長的本陣發動了攻擊，拉開了曠日持久的"石山合戰"的序幕。
9月13日、14日兩日，本願寺勢向信長髮動了猛烈的攻擊;18日，鈴木伊賀守等在中島擊退了信長的部隊;20日，雜賀衆出擊，在滓上江擊退了信長軍。在這一戰中，信長勢的野村越中守定常討死。《細川兩家記》中記載孫市與本願寺方一起以3000挺鐵炮向信長髮動猛烈攻擊，兩軍發生了鐵炮對射戰(《信長公記》中有10萬"敵我雙方的鐵炮射擊聲日夜不停地響徹天地"的記載)。這一戰信長可謂充滿了艱難。(野田·福島合戰)
但是，雜賀衆的一部分--雜賀三組的社家(宮)鄉、中鄉、南鄉三組，由於受"新義真言宗"根來寺影響的根來衆，據說卻是從屬於信長方。這種複雜而奇怪的關係，也是當時時代的代表。
在9月18日鈴木伊賀守在中島的"鐵炮戰"，在組織方面實施了每25人配置一個小頭目，50人爲一組的管理方法，在當時已經屬於比較先進的組織方法(《陰德太平記》)。
